Le Petit Âge glaciaire a peut-être réduit la population du Grand Auk en exposant davantage de leurs îles de reproduction à la prédation par les Ours polaires, mais l’exploitation massive de leur duvet a considérablement réduit la population. Au milieu du 16ème siècle, les colonies nicheuses du côté européen de l’Atlantique ont presque toutes été éliminées par les humains tuant cet oiseau pour son duvet, qui servait à fabriquer des oreillers. En 1553, l’auk a reçu sa première protection officielle et, en 1794, la Grande-Bretagne a interdit la mise à mort de cette espèce pour ses plumes. À St. John’s, des individus violant une loi de 1775 interdisant la chasse au Grand Auk pour ses plumes ou ses œufs ont été fouettés publiquement, bien que la chasse pour être utilisée comme appât de pêche soit toujours autorisée.

Du côté nord-américain, le duvet d’eider a d’abord été préféré, mais une fois que les eiders ont failli disparaître dans les années 1770, les collecteurs de duvet se sont tournés vers l’auk en même temps que la chasse à la nourriture, aux appâts de pêche et à l’huile diminuait.

Avec sa rareté croissante, les spécimens du Grand Auk et de ses œufs sont devenus de collection et très prisés des riches Européens, et la perte d’un grand nombre de ses œufs à la collection a contribué à la disparition de l’espèce. Les Eggers, des individus qui ont visité les sites de nidification du Grand Auk pour ramasser leurs œufs, ont rapidement réalisé que les oiseaux ne pondaient pas tous leurs œufs le même jour, de sorte qu’ils pouvaient faire des visites de retour dans la même colonie de reproduction. Les Eggers ne collectaient que des œufs sans que des embryons ne poussent à l’intérieur d’eux et jetaient généralement les œufs avec des embryons.

C’est sur l’îlot de Stac an Armin, à St Kilda, en Écosse, en juillet 1844, que le dernier Grand Auk vu dans les îles britanniques fut capturé et tué. Trois hommes de St Kilda ont attrapé un seul « garefowl », remarquant ses petites ailes et la grande tache blanche sur sa tête. Ils l’ont attaché et l’ont gardé en vie pendant trois jours, jusqu’à ce qu’une grande tempête se lève. Croyant que l’auk était une sorcière et la cause de la tempête, ils l’ont ensuite tué en le battant avec un bâton. C’est le seul oiseau britannique éteint à l’époque historique.

La dernière colonie de Grands Auks vivait sur Geirfuglasker (le « Grand Rocher Auk ») au large de l’Islande. Cet îlot était une roche volcanique entourée de falaises qui le rendait inaccessible aux humains, mais en 1830, l’îlot fut submergé après une éruption volcanique et les oiseaux se déplacèrent vers l’île voisine d’Eldey, accessible d’un seul côté. Lors de la découverte de la colonie en 1835, près d’une cinquantaine d’oiseaux étaient présents. Les musées, désirant que les peaux de l’auk soient conservées et exposées, ont rapidement commencé à collecter des oiseaux de la colonie. Le dernier couple, trouvé en train d’incuber un œuf, y fut tué le 3 juillet 1844, à la demande d’un marchand qui voulait des spécimens, Jón Brandsson et Sigurður Ísleifsson étranglant les adultes et Ketill Ketilsson brisant l’œuf avec sa botte.

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