Il y avait des Baptistes parmi les premiers colons anglo-américains du Texas, mais sous l’Espagne (et plus tard au Mexique), le culte religieux non catholique était interdit. Le premier sermon baptiste prêché au Texas a été prêché par Joseph Bays du Missouri dès 1820. La première école du dimanche au Texas a été organisée par un baptiste, Thomas J. Pilgrim, à San Felipe de Austin en 1829. Les autorités mexicaines ont forcé la dissolution de l’école du dimanche et ont entravé les tentatives des premiers prédicateurs baptistes.
La première église baptiste du Texas a été organisée dans l’Illinois par l’aîné Daniel Parker. Parker visite le Texas en 1832 et conclut que les lois mexicaines interdisent clairement l’organisation d’une église au Texas. Il a également décidé que l’immigration d’une église organisée dans l’État ne violerait pas les lois de colonisation. À cette fin, lui et plusieurs autres ont constitué une église dans l’Illinois, puis se sont rendus au Texas en wagon-train, arrivant à la colonie d’Austin le 20 janvier 1834. Parker avait une théologie prédestinaire stricte, ainsi que sa théologie controversée à deux graines. Comme ces voyageurs, l’église s’appelait Pilgrim. Cette église, et les églises de même foi qui ont suivi, sont restées à l’écart de la majorité des baptistes du Texas. Pilgrim Church est la plus ancienne église baptiste du Texas et survit aujourd’hui en tant qu’église baptiste primitive.
La première église baptiste missionnaire du Texas a été organisée à Washington-on-the-Brazos par Z. N. Morrell en 1837. L’année suivante, Isaac Reed et R. G. Green forment l’Union Baptist Church, à environ 5 miles au nord de Nacogdoches, au Texas. Cette église, maintenant connue sous le nom de Old North Church, est la plus ancienne église baptiste missionnaire survivante au Texas et coopère avec la Convention générale baptiste du Texas. Après que les Texans aient obtenu leur indépendance du Mexique, les Baptistes ont commencé à prospérer au Texas. De nombreuses églises se sont formées à l’époque de la République du Texas. Avec la multiplication des églises vint aussi l’organisation d’associations. La première association fut l’Union Baptist Association, organisée en 1840.