Mikrobiologen arbeiten im Allgemeinen auf irgendeine Weise, um das wissenschaftliche Wissen zu erweitern oder dieses Wissen auf eine Weise zu nutzen, die die Ergebnisse in der Medizin oder in einer Industrie verbessert. Für viele Mikrobiologen umfasst diese Arbeit die Planung und Durchführung experimenteller Forschungsprojekte in einer Art Laborumgebung. Andere haben möglicherweise eine eher administrative Rolle, beaufsichtigen Wissenschaftler und bewerten ihre Ergebnisse. Mikrobiologen, die im medizinischen Bereich arbeiten, wie klinische Mikrobiologen, können Patienten oder Patientenproben sehen und verschiedene Tests durchführen, um krankheitsverursachende Organismen nachzuweisen.Für Mikrobiologen, die in der Wissenschaft arbeiten, gehören zu den Aufgaben die Durchführung von Forschung in einem akademischen Labor, das Schreiben von Förderanträgen zur Finanzierung der Forschung sowie einige Lehr- und Designkurse. Mikrobiologen in Industrierollen können ähnliche Aufgaben haben, außer dass Forschung in industriellen Labors durchgeführt wird, um kommerzielle Produkte und Prozesse zu entwickeln oder zu verbessern. Branchenjobs können auch ein gewisses Maß an Vertriebs- und Marketingarbeit sowie regulatorische Compliance-Pflichten umfassen. Mikrobiologen, die in der Regierung arbeiten, können eine Vielzahl von Aufgaben haben, einschließlich Laborforschung, Schreiben und Beraten, Entwicklung und Überprüfung von Regulierungsprozessen und Überwachung von Zuschüssen, die externen Institutionen angeboten werden. Einige Mikrobiologen arbeiten auf dem Gebiet des Patentrechts, entweder bei nationalen Patentämtern oder bei privatrechtlichen Praxen. Zu ihren Aufgaben gehören die Recherche und Navigation von Vorschriften zum geistigen Eigentum. Klinische Mikrobiologen neigen dazu, in Regierungs- oder Krankenhauslabors zu arbeiten, wo ihre Aufgaben die Analyse klinischer Proben zum Nachweis von Mikroorganismen umfassen, die für Krankheiten verantwortlich sind. Einige Mikrobiologen arbeiten stattdessen im Bereich der wissenschaftlichen Öffentlichkeitsarbeit, wo sie Programme und Material entwickeln, um Studenten und Nichtwissenschaftler auszubilden und das Interesse an der Mikrobiologie zu wecken.