Seit den 1990er Jahren haben sich dramatische Veränderungen in der Klassifizierung von Pilzen ergeben. Ein verbessertes Verständnis der Beziehungen von Pilzen, die traditionell in der Phyla Chytridiomycota und Zygomycota platziert sind, hat zur Auflösung veralteter Taxone und zur Erzeugung neuer Taxone geführt. Die Chytridiomycota bleibt erhalten, aber in eingeschränktem Sinne. Eine der traditionellen Ordnungen von Chytridiomycota, die Blastocladiales, wurde zum Stammstatus als Blastocladiomycota erhoben. In ähnlicher Weise wurde die Gruppe der anaeroben Pansen-Chytriden, die früher als Ordnung Neocallimastigales bekannt war, als eigenständiges Phylum, die Neocallimastigomycota, anerkannt. Das Phylum Zygomycota wird in der phylogenetischen Klassifikation von Pilzen nicht akzeptiert, da weiterhin Zweifel an den Beziehungen zwischen den Gruppen bestehen, die traditionell in dieses Phylum aufgenommen wurden. Die Folgen dieser Entscheidung sind die Anerkennung des Stammes Glomeromycota und von vier Subphyla incertae sedis (lateinisch für „unsichere Position“): Mucoromycotina, Coxellomycotina, Zoopagomycotina und Entomophthoromycotina.

Die wahren Pilze, aus denen die monophyletische Klade kingdom Fungi besteht, umfassen sieben Phyla: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Ascomycota (Ascomycota), und Basidiomycota (Basidiomycota) (die letzten zwei, die im subkingdom Dikarya (Dikarya) vereinigt werden). Es wird angenommen, dass die Gruppe der Ahnenpilze durch die heutigen Chytridiomycota repräsentiert wird, obwohl die Mikrosporidien eine ebenso alte Schwestergruppe sein können. Die ersten großen Schritte in der Evolution höherer Pilze waren der Verlust des Chytrid-Flagellums und die Entwicklung verzweigter, aseptischer Pilzfilamente, die auftraten, als terrestrische Pilze vor 600 Millionen bis 800 Millionen Jahren von Wasserformen abwichen. Septierte Filamente entwickelten sich, als die Glomeromycota vor etwa 500 Millionen Jahren von einer kombinierten Gruppe von Prä-Basidiomycota- und Prä-Ascomycota-Pilzen abwich. Hyphen mit dem charakteristischen Aussehen moderner Basidiomycota sind in einigen der frühesten bekannten Exemplare von Pflanzenfossilien zu sehen. Daher gingen Ascomycota und Basidiomycota wahrscheinlich als sogenannte Schwestergruppen auseinander, die vor etwa 300 Millionen Jahren im Subkingdom Dikarya zusammengelegt wurden. Die leicht erkennbaren Pilzpilze diversifizierten sich wahrscheinlich vor 130 Millionen bis 200 Millionen Jahren, kurz nachdem Blütenpflanzen ein wichtiger Teil der Flora wurden und lange vor dem Zeitalter der Dinosaurier. Eine relativ junge evolutionäre Evolution, vielleicht 60 Millionen zu 80 vor Millionen Jahren, Von anaeroben Chytridiomycota trat auf, als Gräser und weidende Säugetiere häufiger vorkamen; die Chytridpilze dienen als Symbionten im Pansen solcher Tiere, wodurch die weidenden Säugetiere Gräser verdauen können.David Moores