sinds de jaren negentig hebben zich dramatische veranderingen voorgedaan in de classificatie van schimmels. Een beter begrip van de relaties van schimmels die traditioneel in de phyla Chytridiomycota en Zygomycota worden geplaatst, heeft geresulteerd in de ontbinding van verouderde taxonen en de generatie van nieuwe taxonen. De Chytridiomycota wordt behouden, maar in beperkte zin. Een van Chytridiomycota ‘ s traditionele orden, de Blastocladiales, is verheven tot phylum status als de Blastocladiomycota. Ook de groep van anaerobe penschytriden, voorheen bekend als de orde Neocallimastigales, is erkend als een aparte phylum, de Neocallimastigomycota. De phylum Zygomycota wordt niet geaccepteerd in de fylogenetische classificatie van schimmels vanwege resterende twijfels over de relaties tussen de groepen die traditioneel in deze phylum zijn geplaatst. De gevolgen van dit besluit zijn de erkenning van de phylum Glomeromycota en van vier subphyla incertae sedis (Latijn voor “onzekere positie”).: Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina en Entomophthoromycotina.

De echte schimmels, die de monophyletic clade genoemd koninkrijk Schimmels, bestaat uit zeven stammen: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Ascomycota en Basidiomycota (de laatste twee worden gecombineerd in de subkingdom Dikarya). De groep van voorouderlijke schimmels wordt verondersteld te worden vertegenwoordigd door de huidige Chytridiomycota, hoewel de Microsporidia een even oude zustergroep kan zijn. De eerste belangrijke stappen in de evolutie van hogere schimmels waren het verlies van het flagellum van chytride en de ontwikkeling van vertakte, aseptaat schimmeldraden, die optraden als terrestrische schimmels divergeerden van watervormen 600 miljoen tot 800 miljoen jaar geleden. Gesepteerde filamenten geëvolueerd als Glomeromycota divergeerde van een gecombineerde clade van pre-basidiomycota en pre-ascomycota schimmels ongeveer 500 miljoen jaar geleden. Hyphen met het karakteristieke uiterlijk van de moderne Basidiomycota kan worden gezien in enkele van de vroegst bekende exemplaren van plantenfossielen. Daarom scheidden Ascomycota en Basidiomycota zich waarschijnlijk af als zogenaamde zustergroepen, die ongeveer 300 miljoen jaar geleden in subkingdom Dikarya bij elkaar werden geplaatst. De gemakkelijk herkenbare paddenstoel schimmels waarschijnlijk gediversifieerd 130 miljoen tot 200 miljoen jaar geleden, kort na de bloei planten werden een belangrijk onderdeel van de flora en ruim voor de leeftijd van de dinosaurussen. Een relatief recente evolutionaire straling, misschien 60 miljoen tot 80 miljoen jaar geleden, van anaerobe Chytridiomycota vond plaats toen Grassen en grazende zoogdieren meer overvloedig werden; de chytride schimmels dienen als symbionten in de pens van dergelijke dieren, waardoor de grazende zoogdieren grassen kunnen verteren.

David Moore