microbiologen werken in het algemeen op de een of andere manier om de wetenschappelijke kennis te vergroten, of om die kennis te gebruiken op een manier die de resultaten in de geneeskunde of bepaalde industrie verbetert. Voor veel microbiologen, omvat dit werk het plannen en uitvoeren van experimentele onderzoeksprojecten in één of andere laboratoriumsetting. Anderen kunnen een meer administratieve rol spelen, door wetenschappers te begeleiden en hun resultaten te evalueren. Microbiologen die op het medische gebied, zoals klinische microbiologen werken, kunnen patiënten of geduldige steekproeven zien en diverse tests doen om ziekte-veroorzakende organismen te ontdekken.

voor microbiologen die werkzaam zijn in de academische wereld, omvatten de taken het uitvoeren van onderzoek in een academisch laboratorium, het schrijven van subsidievoorstellen om onderzoek te financieren, evenals enige hoeveelheid onderwijs en het ontwerpen van cursussen. Microbiologen in de rol van de industrie kunnen gelijkaardige taken hebben behalve het onderzoek wordt uitgevoerd in industriële laboratoria om commerciële producten en processen te ontwikkelen of te verbeteren. Banen in de industrie kunnen ook een zekere mate van verkoop-en marketingwerk omvatten, evenals verplichtingen op het gebied van naleving van de regelgeving. Microbiologen die in de overheid werken kunnen een verscheidenheid aan taken hebben, waaronder laboratoriumonderzoek, schrijven en adviseren, ontwikkelen en beoordelen van regelgevende processen, en toezicht houden op subsidies die aan externe instellingen worden aangeboden. Sommige microbiologen werken op het gebied van octrooirecht, hetzij met nationale octrooibureaus of privaatrechtelijke praktijken. Hierbij gaat het onder meer om onderzoek naar en navigatie van regelgeving op het gebied van intellectuele eigendom. De klinische microbiologen neigen om in overheid of het ziekenhuislaboratoria te werken waar hun taken het analyseren van klinische specimens omvatten om micro-organismen verantwoordelijk voor ziekte te ontdekken. Sommige microbiologen werken in plaats daarvan op het gebied van wetenschapsbereik, waar ze programma ‘ s en materiaal ontwikkelen om studenten en niet-wetenschappers op te leiden en interesse op het gebied van microbiologie te stimuleren.