een enkele Fokker F28 Fellowship twin jet, gekocht in juli 1984 van een Afrikaanse luchtvaartmaatschappij, was de eerste jet die eigendom was van Horizon Air (echter, de eerste horizon was een wet geleased Douglas DC-9-10).
in 1985 vond een eerste openbare aanbieding plaats om bedrijfskapitaal te verkrijgen, dat na slechts één winstgevend jaar sinds de oprichting nodig was om de luchtvaartmaatschappij overeind te houden. Op 8 September tekende Horizon een overeenkomst met de Havilland Canada om het eerste gloednieuwe vliegtuig van de luchtvaartmaatschappij te kopen, de De Havilland Canada Dash 8-100 twin turboprop.eind 1985 sloot Horizon Een overeenkomst om hun belangrijkste concurrent in Washington, Cascade Airways, over te nemen, maar begin 1986 werd deze overeenkomst ontbonden. Eind 1982 waren de fusiebesprekingen tussen de twee begonnen.in januari 1986 werd Cascade Airways een internationale luchtvaartmaatschappij, toen het in samenwerking met Cascade Airways begon te vliegen naar Calgary, Alberta.In November 1986 sloot Alaska Airlines een overeenkomst om Horizon Air over te nemen. Het jaar ervoor, Alaska had een grote zakelijke herstructurering ondergaan met de luchtvaartmaatschappij nu eigendom van de Alaska Air Group, een luchtvaartmaatschappij holding. Onder de overeenkomst werd de Alaska Air Group eigenaar van Horizon Air na goedkeuring door de Transportation Department eind December. De Alaska Air Group bleef Horizon exploiteren als een aparte luchtvaartmaatschappij, met een codesharing-overeenkomst met haar nieuwe zusterluchtvaartmaatschappij, Alaska, terwijl de codeshare met United Airlines werd beëindigd.in 1988 ondertekende Horizon een code share-overeenkomst met Northwest Airlines.de internationale dienst werd in mei 1989 uitgebreid met vluchten naar Vancouver en Victoria in Brits-Columbia, met zowel Dash 8-100s als Fairchild Swearingen Metroliner turboprop vliegtuigen.
Horizon was de lanceerklant voor de Dornier 328 turboprop, die van plan was om de Metroliners te vervangen door dit nieuwe vliegtuig dat snelheid en comfort beloofde op gelijke voet met jetliners. Ter erkenning van de orde schilderde Dornier zijn tweede prototype van de 328 in Horizonkleuren. Twaalf toestellen werden geleverd tussen november 1993 en November 1995, maar ze werden snel uitgefaseerd in 1997 ten gunste van de standaardisatie van de vloot op de Dash 8-serie turboprops.in de loop van haar geschiedenis heeft Horizon het grootste deel van haar geschiedenis als zelfstandige luchtvaartmaatschappij of als regionale partner van Alaska Airlines gevlogen, behalve tussen 2004 en 2007, toen het voor rekening van Frontier Airlines Bombardier CRJ-700 gebruikte.
eind 2010 besloot de moedermaatschappij van Horizon, De Alaska Air Group, Horizon niet langer te exploiteren als een aparte regionale luchtvaartmaatschappij. Vanaf 1 januari 2011 is Horizon verschoven naar een capacity purchase agreement (CPA) businessmodel, dat tegen die tijd de regionale standaard voor de luchtvaartindustrie was geworden. In het kader van de CPA exploiteert en onderhoudt Horizon zijn vliegtuigen, terwijl Alaska Airlines verantwoordelijk is voor de planning, marketing en prijsstelling van alle vluchten. Als onderdeel van de overstap naar het nieuwe businessmodel werd het merk Horizon Air met pensioen gegaan en werden alle Horizon vliegtuigen herschilderd met een co-branded “Alaska Horizon” kleurstelling.
Alaska Airlines heeft in Mei 2011 een soortgelijke capaciteitsaankoopovereenkomst gesloten met SkyWest Airlines. Als onderdeel van de overeenkomst, Alaska Air Group managers overeengekomen om Horizon ‘ s vloot van vijf Bombardier CRJ-700 regional jet vliegtuigen te verkopen aan SkyWest, die het toestel gebruikt om zes West Coast routes te exploiteren als “Alaska SkyWest”. De beweging links Horizon met een vloot bestaande uit een enkel type vliegtuig; de Bombardier Dash 8-Q400 turboprop.
Horizon kondigde in April 2016 aan dat het zijn vloot zou uitbreiden en opnieuw regionale jets zou exploiteren. De order is de grootste in de geschiedenis van de luchtvaartmaatschappij en werd later uitgebreid tot 33 jets.
de luchtvaartmaatschappij kende een periode van onrust in 2017. Te midden van een ongekende groei (gestimuleerd door de toevoeging van de nieuwe vliegtuigen), ondervond Horizon een ernstig tekort aan piloten, waardoor de luchtvaartmaatschappij honderden vluchten moest annuleren en de levering van nieuwe vliegtuigen moest uitstellen. Het tekort aan piloten maakte deel uit van een breder probleem dat alle regionale luchtvaartmaatschappijen trof, maar raakte Horizon bijzonder hard. Nadat de luchtvaartsector zich in 2013 na een tien jaar durende neergang begon te herstellen, begonnen de belangrijkste luchtvaartmaatschappijen piloten in te huren, voornamelijk van regionale luchtvaartmaatschappijen die lage lonen en beperkte kansen voor vooruitgang bieden. Meer ervaren regionale carrierpiloten verhuisden naar hoogbetaalde hoofdlijnen. Horizon reageerde met drastisch hogere lonen voor de bemanning en werkte samen met Alaska, haar zusterluchtvaartmaatschappij, om meer kansen voor vooruitgang te creëren. Hierdoor is er een instroom van nieuwe, jonge piloten met minder ervaring.in reactie op de crisis verplaatste Alaska een deel van zijn vluchten van Horizon naar zijn andere regionale partner, SkyWest Airlines. Het was een beweging die Horizon ’s CEO beschreef als” ontmoedigend.”Vanwege de verschuiving bestelde SkyWest extra Embraer 175 vliegtuigen die naar Alaska zouden vliegen.aan het einde van het onrustige jaar kondigde Horizon ‘ s CEO Dave Campbell aan dat hij zou aftreden met ingang van 5 januari 2018, om persoonlijke redenen. Gary Beck werd CEO in januari 2018. In November 2019 keerde voormalig gepensioneerde van het bedrijf Joe Sprague terug naar Horizon Air als president.vanaf oktober 2020 is het hoofdkantoor van de luchtvaartmaatschappij gevestigd in SeaTac, Washington, niet ver van Seattle-Tacoma International Airport. Horizon beschouwt ook de luchthavens Seattle-Tacoma en Portland als zijn hubs.