De film werd opgenomen op verschillende locaties in Ciudad Acuña, Coahuila in het noordoosten van Mexico, grenzend aan Del Rio, Texas. Rodriguez had een $ 7,000 budget, bijna de helft van die hij verhoogd door deel te nemen aan experimentele klinische drug testen terwijl het leven in Austin, Texas. De openingsscènes bevatten een schietpartij in een gevangenis. Het was de lokale gevangenis Acuña gelegen aan de rand van de stad. Ook, de vrouwelijke directeur en de mannelijke bewaker waren de real-life directeur en bewaker; Rodriguez dacht dat het handig omdat het bespaart hem de kosten van het huren van acteurs en het huren van kleding. De intro bar scène werd opgenomen in de Corona Club en exterieur straat scènes werden opgenomen op Hidalgo Street. De shoot out werd gefilmd buiten in “Boy’ s Town”, de lokale rosse buurt.niet iedereen in Acuña was eerst tevreden. De lokale journalisten Ramiro Gómez en Jesús López Viejo waren vooral kritisch over de opnames, en om hen voor zich te winnen, gaf Rodriguez hen kleine rollen in de film. Door het hoge aantal doden van de film (mensen van wie de personages waren neergeschoten konden duidelijk niet terugkeren), had Rodriguez steeds meer moeite om volwassen mannen te vinden om misdadigers te spelen.; om die reden, wanneer de Mariachi ontmoet Moco ‘ s bende in de eindscene, de bende bestaat voornamelijk uit Tieners.op de El Mariachi DVD wijdt Rodriguez zowel een DVD-commentaar als een “extra’ s ” – sectie aan het uitleggen van de trucs van het filmen van een langspeelfilm met slechts $7.000. Rodriguez benadrukt de noodzaak van kostenbesparing, ” want als je begint te besteden, kun je niet meer stoppen.”Daarom bezuinigt hij bij elke mogelijke gelegenheid op de kosten. Hij maakte geen gebruik van een lei; de acteurs, in plaats daarvan, signaleerde het aantal scène en het aantal take met hun vingers. Hij gebruikte geen dolly, maar hield de camera vast terwijl hij in een rolstoel werd geduwd. Hij gebruikte geen gesynchroniseerd geluid. In plaats daarvan, hij schoot de film silent, vervolgens opgenomen op-set audio, zodat het kon worden gesynchroniseerd in post-productie. Professionele verlichting werd vervangen door twee 200 watt clip-on bureaulampen. Er werd geen filmploeg ingehuurd; acteurs die niet in de scènes zaten hielpen mee. Rodriguez geloofde ook in het filmen van scènes opeenvolgend in een lange opname met een enkele camera; om de paar seconden bevroor hij de actie, zodat hij de camerahoek kon veranderen en het leek alsof hij meerdere camera ‘ s tegelijkertijd gebruikte. Ook, bloopers werden gehouden in om de film te redden: opgemerkt door Rodriguez waren scènes wanneer de Mariachi springt op een bus, waar Rodriguez zichtbaar is; de Mariachi stoten zijn wapen in een straat paal; hem niet te gooien zijn gitaar geval op een balkon en Dominó trillen haar gezicht als ze al dood is. Rodriguez spaarde kosten door te schieten op 16 mm film in tegenstelling tot 35 mm, en de film over te brengen naar video Voor het bewerken, het vermijden van de kosten van het snijden op film. Uiteindelijk gebruikte hij slechts 24 rollen film en bracht slechts $7.225 uit van de $9.000 die hij had gepland.Rodriguez gaf ook inzicht in zijn low budget aanpak om machinegeweren te simuleren. Het probleem was dat bij het gebruik van echte wapens, in tegenstelling tot de speciaal ontworpen blanco vuurwapens die in de meeste films worden gebruikt, de losse flodders het wapen zouden vastzetten na een keer te zijn afgevuurd. Om dit op te lossen, filmde Rodriguez het afvuren van een lege vanuit verschillende hoeken, nagesynchroniseerde ingeblikte Machinegeweer geluiden erover, en liet de acteurs kogelhulzen op de grond laten vallen om het te laten lijken alsof meerdere kogels waren geschoten. Daarnaast gebruikte hij af en toe waterpistolen in plaats van echte geweren om geld te besparen. Rodriguez onthult ook dat de squibs gebruikt in shootout scènes waren gewoon condooms gevuld met nep bloed en vaste over gewichtheffen riemen.

Rodriguez merkte ook het gebruik van improvisatie op. De schildpad die kruipt voor de Mariachi was niet gepland, maar werd gehouden in als een goed idee. Ook is er een scène waarin de Mariachi koopt een kokosnoot, maar Rodriguez vergat hem te laten zien betalen voor het fruit; in plaats van terug te rijden naar de plaats om extra scènes te schieten, Rodriguez besloten om te bouwen in een voice-over waarin de Mariachi beweert dat de kokosnoten waren gratis. Improvisatie was ook nuttig om continuïteitsfouten te verdoezelen: aan het einde van de film heeft de Mariachi zijn linkerhand geschoten, maar Rodriguez vergat de metalen handschoen mee te nemen om de hand van de acteur te bedekken; hij loste het op door zijn hand in te pakken met zwarte duct tape.in het DVD-commentaar beschrijft Rodriguez het acteren van Peter Marquardt die gangster boss Moco speelde. Omdat de taal van de film Spaans was, die Marquardt niet onder de knie had, moest hij zijn tekst leren zonder te begrijpen wat Hij zei. De running gag, waarin Moco zijn wedstrijd verlicht met behulp van de snor van zijn handlanger Bigotón, werd door Rodriguez beschreven als een middel om de film te starten en te beëindigen: de eindscène is een parodie op deze scène. Marquardt leed ook fysiek ongemak bij de laatste schietpartij. Toen Moco in de borst werd geraakt, ontplofte zijn bloedspuit met zo ‘ n kracht dat hij echt verfrommelde op de grond van de pijn.oorspronkelijk was de film bedoeld om te worden verkocht op de Latino video markt als financiering voor een ander groter en beter project dat Rodriguez overwoog. Nadat Rodriguez echter werd afgewezen bij verschillende Latino rechtstreeks naar video distributeurs, besloot hij zijn film (het was in de vorm van een trailer op dat moment) naar grotere distributiebedrijven te sturen, waar hij de aandacht begon te trekken.toen het vervolg Desperado werd geproduceerd, verving Antonio Banderas Gallardo als acteur voor het hoofdpersonage van de serie. De filmmakers heropnamen de laatste showdown van El Mariachi als een flashback sequentie voor Banderas ‘ karakter in Desperado.voor de scène waarin The Mariachi een lied aflevert voor Dominó, huurde Rodriguez Juan Francisco Suarez Vidaurri in, een lokale entertainer. Het opnemen van het nummer met weinig meer dan een microfoon naast de muzikant, Rodriguez gooide de stem aan de stem van Mariachi acteur Carlos Gallardo.het verhaal van de productie van de film inspireerde Rodriguez om het boek Rebel Without a Crew te schrijven: Or How a 23-Year-Old Filmmaker with $7,000 Became a Hollywood Player.