icke-patogena organismer är de som inte orsakar sjukdom, skada eller död för en annan organism och används vanligtvis för att beskriva bakterier. Det beskriver en egenskap hos en bakterie-dess förmåga att orsaka sjukdom. De flesta bakterier är icke-patogena. Det kan beskriva förekomsten av icke-sjukdomsframkallande bakterier som normalt ligger på ytan av ryggradsdjur och ryggradslösa djur som kommensaler. Vissa icke-patogena mikroorganismer är kommensaler på och inuti djurens kropp och kallas mikrobiota. Några av dessa samma icke-patogena mikroorganismer har potential att orsaka sjukdom eller vara patogena om de kommer in i kroppen, multiplicerar och orsakar symtom på infektion. Immunkompromitterade individer är särskilt sårbara för bakterier som vanligtvis är icke-patogena men på grund av ett komprometterat immunsystem uppstår sjukdom när dessa bakterier får tillgång till kroppens inre. Gener har identifierats som predisponerar sjukdom och infektion med icke-patogena bakterier av ett litet antal personer. Nonpatogenic E.coli-stammar som normalt finns i mag-tarmkanalen har förmågan att stimulera immunsvaret hos människor, även om ytterligare studier behövs för att bestämma kliniska tillämpningar.

Kommensaler vs patogener mekanism. Mekanismer som ligger till grund för inflammation i kol. Luftvägsepitel har komplex struktur: består av minst sju olika celltyper som interagerar med varandra med hjälp av snäva korsningar. Dessutom kan epitelsamtal leverera signalerna till de underliggande vävnaderna som deltar i mekanismerna för medfödd och adaptiv immunförsvar. De viktigaste sändarna för signalerna är dendritiska celler. När patogen bakterie (t.ex. S. pneumoniae, P. aeruginosa) har aktiverat särskilda mönsterigenkänningsreceptorer på/i epitelceller aktiveras de proinflammatoriska signalvägarna. Detta resulterar främst i IL-1, IL-6 och IL-8 produktion. Dessa cytokiner inducerar kemotaxi till infektionsstället i dess målceller (t.ex. neutrofiler, dendritiska celler och makrofager). Å andra sidan orsakar representanter för standardmikrobiota endast svag signalering som förhindrar inflammationen. Mekanismen för att skilja mellan ofarliga och skadliga bakterier på molekylära såväl som fysiologiska nivåer är inte helt förstådd.

en särskild bakteriestam kan vara icke-patogen hos en art men patogen i en annan. En bakterieart kan ha många olika typer eller stammar. En stam av en bakterieart kan vara icke-patogen och en annan stam av samma bakterie kan vara patogen.