pepszin, a gyomornedv erőteljes enzimje, amely emészti a fehérjéket, például a húsban, a tojásban, a magban vagy a tejtermékekben. A pepszin a zymogén (inaktív fehérje) pepszinogén Érett aktív formája.

a pepszint először 1836-ban ismerte el Theodor Schwann német fiziológus. 1929-ben a kristályosodás és a fehérje természetéről John Howard Northrop amerikai biokémikus számolt be a Rockefeller Orvostudományi Kutatóintézetben. (Northrop később megkapta az 1946-os kémiai Nobel-Díj egy részét az enzimek sikeres tisztításában és kristályosításában végzett munkájáért.)

a gyomor nyálkahártyáján lévő mirigyek pepszinogént termelnek és tárolnak. A vagus ideg impulzusai, valamint a gastrin és a secretin hormonális váladékai serkentik a pepszinogén felszabadulását a gyomorba, ahol sósavval keverik, és gyorsan átalakítják az aktív pepszin enzimre. A pepszin emésztési ereje a legnagyobb a normál gyomornedv savasságában (pH 1,5–2,5). A bélben a gyomorsavakat semlegesítik (pH 7), a pepszin pedig már nem hatékony.

az emésztőrendszerben a pepszin csak a fehérjék részleges lebomlását eredményezi kisebb peptideknek nevezett egységekké, amelyek ezután vagy a bélből felszívódnak a véráramba, vagy tovább bomlanak a hasnyálmirigy enzimek által.

kis mennyiségű pepszin jut át a gyomorból a véráramba, ahol lebontja a nagyobb, vagy még mindig részben emésztetlen fehérje fragmentumokat, amelyeket a vékonybél felszívhatott.

a pepszin, sav és egyéb anyagok krónikus visszaáramlása a gyomorból a nyelőcsőbe képezi a reflux állapotok, különösen a gastrooesophagealis reflux betegség és a laryngopharyngealis reflux (vagy extraesophagealis reflux) alapját. Az utóbbi, pepszin, valamint savas utazási egészen a gége, ahol okozhat kárt a gége nyálkahártya produkál tüneteket, kezdve a rekedtség, illetve a krónikus köhögés hogy laryngospazmust (akaratlan összehúzódása a hangszalagok), valamint a gégerák.

a pepszint kereskedelmi forgalomban sertés gyomrából állítják elő. A nyers pepszint a bőriparban arra használják, hogy a szőrt és a maradék szövetet az állati bőrből a cserzés előtt eltávolítsák. Azt is használják az ezüst visszanyerésére az eldobott fényképészeti filmekből az ezüstvegyületet tartalmazó zselatinréteg emésztésével.