A Nempatogén organizmusok azok, amelyek nem okoznak betegséget, kárt vagy halált egy másik szervezetben, és általában a baktériumok leírására használják. Egy baktérium tulajdonságát írja le-a betegség kialakulásának képességét. A legtöbb baktérium nem patogén. Leírhatja a gerincesek és gerinctelenek felszínén normálisan élő, Nem betegséget okozó baktériumok jelenlétét. Néhány nempatogén mikroorganizmus az állatok testén belül és belül található, és mikrobiotának nevezik. Ezek közül a nem patogén mikroorganizmusok közül néhány potenciálisan betegséget okozhat, vagy patogén lehet, ha belépnek a szervezetbe, szaporodnak és fertőzés tüneteit okozzák. Az immunhiányos egyének különösen érzékenyek a baktériumokra, amelyek általában nem patogének, de a sérült immunrendszer miatt a betegség akkor fordul elő, amikor ezek a baktériumok bejutnak a test belsejébe. Olyan géneket azonosítottak, amelyek kis számú személynél hajlamosítanak a betegségre és a nem patogénbaktériumokkal való fertőzésre. Nempatogén E.a gasztrointesztinális traktusban általában megtalálható coli törzsek képesek stimulálni az immunválaszt emberekben, bár további vizsgálatokra van szükség a klinikai alkalmazások meghatározásához.

A COPD gyulladásának alapjául szolgáló mechanizmusok. A légúti hám összetett szerkezetű: legalább hét különböző sejttípusból áll, amelyek szoros csomópontok révén kölcsönhatásba lépnek egymással. Emellett a hámsejtek képesek a jeleket a veleszületett és adaptív immunvédelem mechanizmusaiban részt vevő szövetekbe juttatni. A jelek legfontosabb adói a dendritikus sejtek. Miután a patogén baktérium (pl. S. pneumoniae, P. aeruginosa) aktiválta az epitheliális sejteken/azokon található speciális mintafelismerő receptorokat, aktiválódnak a proinflammatorikus jelátviteli utak. Ez elsősorban IL-1, IL-6 és IL-8 gyártást eredményez. Ezek a citokinek a kemotaxist a célsejtekben (pl. neutrofilek, dendritikus sejtek és makrofágok) a fertőzés helyére indukálják. Másrészt a standard mikrobioták képviselői csak gyenge jelzést okoznak, ami megakadályozza a gyulladást. Az ártalmatlan és káros baktériumok molekuláris, valamint fiziológiai szinten történő megkülönböztetésének mechanizmusa nem teljesen ismert.

egy adott baktériumtörzs nem patogénes lehet az egyik fajban, de patogén a másikban. Az egyik baktériumfajnak sokféle típusa vagy törzse lehet. Egy baktériumfaj egyik törzse nem patogénes, egy másik baktériumtörzs pedig patogén lehet.