Horizon Air bildades i maj 1981 av Milt Kuolt, Joe Clark och Bruce McCaw, med initiala planer på att flyga till Hawaii men senare ändras för att tjäna Washington state. Flygbolaget startade sin verksamhet den 1 September 1981 med tre Fairchild F-27-flygplan. Dess huvudkontor var i ett område som nu ligger inom SeaTac, Washington.Horizon Airs första rutt var från Yakima till Seattle och en vecka senare, Pasco till Seattle. Horizon Airs allmänna kontor drevs ut ur ett gammalt hus bakom Sea-Tac airport. Horizon förvärvade Air Oregon den 17 juni 1982, efter att båda flygbolagen förlorade hundratusentals dollar varje månad för att konsolidera och minska sitt driftsunderskott. Horizon gick med på att köpa Transwestern Airlines i Utah i September 1983, återigen för att försöka minska flygbolagets driftsunderskott.
en enda Fokker F28 Fellowship twin jet, köpt i juli 1984 från en afrikansk transportör, var den första strålen som ägdes av Horizon Air (den första strålen som drivs av Horizon var dock en våt hyrd Douglas DC-9-10).
ett börsintroduktionserbjudande inträffade 1985 för att säkra operativt kapital, vilket efter bara ett lönsamt år sedan grundandet behövdes för att hålla flygbolaget flytande. Den sommaren ingick Horizon sitt första codeshare-avtal med United Airlines, och den 8 September tecknade Horizon ett avtal med de Havilland Canada om att börja köpa flygbolagets första helt nya flygplan, de Havilland Canada Dash 8-100 twin turboprop.i slutet av 1985 ingick Horizon ett avtal om att köpa sin huvudkonkurrent i Washington, Cascade Airways, men i början av 1986 släpptes de från avtalet. Samtalen mellan de två hade inletts i slutet av 1982.
i januari 1986 blev flygbolaget ett internationellt flygbolag när det började service till Calgary, Alberta, i samarbete med Cascade Airways.Alaska Airlines slöt ett avtal om att förvärva Horizon Air i November 1986. Året innan hade Alaska genomgått en stor företagsomstrukturering med flygbolaget som nu ägs av Alaska Air Group, ett flygbolag holdingbolag. Enligt avtalet blev Alaska Air Group ägare till Horizon Air efter godkännande av transportavdelningen i slutet av December. Alaska Air Group fortsatte att driva Horizon som ett separat märkt flygbolag, med ett codesharingavtal med sitt nya systerflygbolag, Alaska, samtidigt som det avslutade sin codeshare med United Airlines.1988 tecknade Horizon ett code share-avtal med Northwest Airlines.
internationell service utvidgades i maj 1989 med flyg till Vancouver och Victoria i British Columbia, med både Dash 8-100s och Fairchild Swearingen Metroliner turboprop flygplan.Horizon var lanseringskunden för Dornier 328 turboprop, som avser att ersätta Metroliners med detta nya flygplan som lovade hastighet och komfort i nivå med jetliners. Som ett erkännande av ordern målade Dornier sin andra prototyp av 328 i Horizon colors. Tolv flygplan levererades mellan November 1993 och November 1995, men de fasades snabbt ut 1997 till förmån för flottans standardisering till Dash 8-serien turboprops.under hela sin historia har Horizon antingen fungerat som ett fristående flygbolag eller som ett regionalt dotterbolag till Alaska Airlines under större delen av sin historia, utom mellan 2004 och 2007 när det opererade Bombardier CRJ-700-flygplan på uppdrag av Frontier Airlines.
i slutet av 2010, Horizon moderbolag, Alaska Air Group, fattade beslutet att inte längre driva Horizon som ett separat regionalt flygbolag. Från och med den 1 januari 2011 flyttades Horizon till en affärsmodell för kapacitetsköpsavtal (CPA), som vid den tiden hade blivit den regionala flygbranschstandarden. Under CPA driver och underhåller Horizon sitt flygplan, medan Alaska Airlines ansvarar för schemaläggning, marknadsföring och prissättning av alla flygningar. Som en del av förändringen av den nya affärsmodellen gick Horizon Air-varumärket i pension och alla Horizon-plan målades om med en co-branded ”Alaska Horizon” – färg.Alaska Airlines ingick ett liknande kapacitetsavtal med SkyWest Airlines i maj 2011. Som en del av avtalet gick Alaska Air Group-Chefer med på att sälja Horizons flotta med fem Bombardier CRJ-700 regionala jetflygplan till SkyWest, som använde flygplanet för att driva sex Västkustvägar som ”Alaska SkyWest”. Flytten lämnade horisonten med en flotta bestående av en enda typ av flygplan; Bombardier Dash 8-Q400 turboprop.
Horizon meddelade i April 2016 att det skulle expandera sin flotta och återigen driva regionala Jets, placera en order på 30 Embraer 175 flygplan. Ordern är den största i flygbolagets historia och utvidgades senare till 33 jets.
flygbolaget upplevde en period av oro i 2017. Mitt i oöverträffad tillväxt (sporrad av tillägget av det nya flygplanet) upplevde Horizon en allvarlig pilotbrist, vilket tvingade flygbolaget att avbryta hundratals flygningar och försena leveransen av nya flygplan. Pilotbristen var en del av ett bredare problem som drabbade alla regionala flygbolag, men drabbade Horizon särskilt hårt. Efter att flygbranschen började återhämta sig 2013 efter en årtionde lång nedgång började mainline-lufttrafikföretag anställa piloter, främst från regionala flygbolag som erbjuder låga löner och begränsade möjligheter till framsteg. Mer erfarna regionala transportörpiloter flyttade till högre betalande huvudlinjer. Horizon svarade med drastiskt ökad lön för flygbesättningar och arbetade med Alaska, dess systerflygbolag, för att skapa fler möjligheter till framsteg. Som ett resultat är det en tillströmning av nya, unga piloter med mindre erfarenhet.som svar på krisen flyttade Alaska några av sina flygningar från Horizon till sin andra regionala partner, SkyWest Airlines. Det var ett drag som Horizon VD beskrivs som ” nedslående.”På grund av skiftet beställde SkyWest ytterligare Embraer 175 flygplan som det kommer att flyga till Alaska.
i slutet av det oroliga året meddelade Horizons VD Dave Campbell att han skulle avgå från och med den 5 januari 2018 av personliga skäl. Gary Beck blev VD i januari 2018. I November 2019 återvände tidigare pensionär i företaget Joe Sprague till Horizon Air som president.från och med oktober 2020 har flygbolaget sitt huvudkontor i Seattle–förorten SeaTac, Washington, inte långt från Seattle-Tacoma International Airport, och flygbolagets primära underhållsbas är på Portland International Airport. Horizon anser också att flygplatserna Seattle-Tacoma och Portland är dess nav.