Website designEdit

Une nouvelle interface PubMed a été lancée en octobre 2009 et a encouragé l’utilisation de formulations de recherche rapides de type Google ; elles ont également été décrites comme des recherches  » télégrammes ». Par défaut, les résultats sont triés par Plus récent, mais cela peut être changé en Meilleure correspondance, Date de publication, Premier Auteur, Dernier Auteur, Journal ou Titre.

La conception et le domaine du site Web PubMed ont été mis à jour en janvier 2020 et sont devenus par défaut le 15 mai 2020, avec les nouvelles fonctionnalités mises à jour. Il y a eu une réaction critique de la part de nombreux chercheurs qui utilisent fréquemment le site.

PubMed pour ordinateurs portables / mobilesEdit

PubMed/MEDLINE est accessible via des appareils portables, en utilisant par exemple l’option « PICO » (pour les questions cliniques ciblées) créée par le NLM. Une option « PubMed Mobile », donnant accès à une version PubMed simplifiée et conviviale pour les mobiles, est également disponible.

SearchEdit

searchEdit standard

Des recherches simples sur PubMed peuvent être effectuées en saisissant les aspects clés d’un sujet dans la fenêtre de recherche de PubMed.

PubMed traduit cette formulation de recherche initiale et ajoute automatiquement des noms de champs, des termes de maillage pertinents (En-têtes de sujets médicaux), des synonymes, des opérateurs booléens et « niche » les termes résultants de manière appropriée, améliorant considérablement la formulation de recherche, en particulier en combinant systématiquement (à l’aide de l’opérateur OR) des mots de texte et des termes de maillage.

Les exemples donnés dans un tutoriel PubMed démontrent le fonctionnement de ce processus automatique:

Causes La marche du sommeil se traduit par (« étiologie » OU »étiologie » OU « causes » OU « causalité » OU « causalité ») ET (« somnambulisme » OU « somnambulisme » OU (« sommeil » ET « marche ») OU « marche du sommeil »)

De même,

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Attaque douce La prévention de l’aspirine se traduit par (« infarctus du myocarde » OU (« myocarde » ET »infarctus ») OU « infarctus du myocarde » OU (« cœur » ET « attaque ») OU « crise cardiaque ») ET (« aspirine » OU « aspirine ») ET (« prévention et contrôle » OU (« prévention » ET « contrôle ») OU « prévention ET contrôle ».

Recherche Comprehensive

Pour des recherches optimales dans PubMed, il est nécessaire de comprendre son composant de base, MEDLINE, et surtout le vocabulaire contrôlé MeSH (Medical Subject Headings) utilisé pour indexer les articles MEDLINE. Ils peuvent également nécessiter des stratégies de recherche complexes, l’utilisation de noms de champs (balises), l’utilisation appropriée des limites et d’autres caractéristiques; les bibliothécaires de référence et les spécialistes de la recherche offrent des services de recherche.

La recherche dans la fenêtre de recherche de PubMed n’est recommandée que pour la recherche de sujets sans équivoque ou de nouvelles interventions qui n’ont pas encore d’en-tête de maillage créé, ainsi que pour la recherche de marques commerciales de médicaments et de noms propres. Il est également utile lorsqu’il n’y a pas de titre approprié ou que le descripteur représente un aspect partiel. La recherche à l’aide du maillage du thésaurus est plus précise et donnera moins de résultats non pertinents. De plus, il évite l’inconvénient de la recherche en texte libre dans laquelle les différences orthographiques, singulières / plurielles ou abrégées doivent être prises en compte. D’autre part, on ne trouvera pas d’articles incorporés plus récemment dans la base de données auxquels des descripteurs n’ont pas encore été attribués. Par conséquent, pour garantir une recherche exhaustive, une combinaison de titres en langue contrôlée et de termes en texte libre doit être utilisée.

Paramètres d’article de journaledit

Lorsqu’un article de revue est indexé, de nombreux paramètres d’article sont extraits et stockés sous forme d’informations structurées. Ces paramètres sont : Le type d’article (termes maillés, par exemple, « Essai clinique »), les identifiants secondaires (termes maillés), la langue, le Pays de la Revue ou l’historique de la publication (date de publication électronique, date de publication de la revue imprimée).

Type de publication: Requêtes cliniques / revues systématiques

Le paramètre Type de publication permet de rechercher par type de publication, y compris les rapports de divers types de recherche clinique.

IDEdit secondaire

Depuis juillet 2005, le processus d’indexation des articles MEDLINE extrait les identifiants du résumé de l’article et les place dans un champ appelé Identificateur secondaire (SI). Le champ d’identification secondaire permet de stocker les numéros d’accession dans diverses bases de données de données de séquences moléculaires, d’expression génique ou de composés chimiques et d’identifiants d’essais cliniques. Pour les essais cliniques, PubMed extrait les ID d’essai pour les deux plus grands registres d’essais : ClinicalTrials.gov (Identifiant NCT) et le Registre International Standard des Numéros d’Essais Contrôlés Randomisés (identifiant IRCTN).

Voir aussIdit

Une référence jugée particulièrement pertinente peut être marquée et des « articles connexes » peuvent être identifiés. Le cas échéant, plusieurs études peuvent être sélectionnées et des articles connexes à chacune d’entre elles peuvent être générés (sur PubMed ou l’une des autres bases de données NCBI Entrez) en utilisant l’option « Rechercher des données connexes ». Les articles connexes sont ensuite listés par ordre de « relation ». Pour créer ces listes d’articles connexes, PubMed compare les mots du titre et du résumé de chaque citation, ainsi que les titres de maillage attribués, à l’aide d’un puissant algorithme pondéré par mots. La fonction « articles connexes » a été jugée si précise que les auteurs d’un article ont suggéré qu’elle puisse être utilisée au lieu d’une recherche complète.

Mappage vers MeSHEdit

PubMed se connecte automatiquement aux termes et sous-titres de maillage. Des exemples seraient: « mauvaise haleine » liens vers (et inclut dans la recherche) « halitose », « crise cardiaque » à « infarctus du myocarde », « cancer du sein » à « néoplasmes du sein ». Le cas échéant, ces termes maillés sont automatiquement « développés », c’est-à-dire qu’ils incluent des termes plus spécifiques. Des termes comme « soins infirmiers » sont automatiquement liés à « Soins infirmiers » ou « Soins infirmiers ». Cette fonctionnalité est appelée Mappage automatique des termes et est implémentée, par défaut, dans la recherche de texte libre, mais pas dans la recherche de phrases exactes (c’est-à-dire en plaçant la requête de recherche avec des guillemets doubles). Cette fonctionnalité rend les recherches PubMed plus sensibles et évite les résultats faussement négatifs (manqués) en compensant la diversité de la terminologie médicale.

PubMed n’applique pas de mappage automatique du terme dans les circonstances suivantes: en écrivant la phrase citée (par exemple, « allogreffe de rein »), lorsqu’elle est tronquée sur l’astérisque (par exemple, allogreffe de rein *), et en regardant avec des étiquettes de champ (par exemple, Cancer).

My NCBIEdit

La fonction optionnelle de PubMed « My NCBI » (avec inscription gratuite) fournit des outils pour

• enregistrer les recherches
• filtrer les résultats de recherche
• configurer les mises à jour automatiques envoyées par e-mail
• enregistrer les ensembles de références récupérées dans le cadre d’une recherche PubMed
• configurer les formats d’affichage ou mettre en évidence les termes de recherche

et un large éventail de autres options. La zone « Mon NCBI » est accessible depuis n’importe quel ordinateur avec web-access.An la version antérieure de « My NCBI » s’appelait « PubMed Cubby ».

LinkOutEdit

LinkOut, un outil de gestion de la langue NLM permettant de lier (et de mettre à disposition du texte intégral) les fonds de revues locales. Quelque 3 200 sites (principalement des établissements universitaires) participent à cette installation de NLM (en mars 2010), de l’Université d’Aalborg au Danemark à ZymoGenetics à Seattle. Les utilisateurs de ces établissements voient le logo de leur établissement dans le résultat de la recherche PubMed (si la revue est tenue dans cet établissement) et peuvent accéder au texte intégral. Link out est en cours de consolidation avec Outside Tool à compter de la mise à jour majeure de la plate-forme prévue pour l’été 2019.

PubMed CommonsEdit

En 2016, PubMed permet aux auteurs d’articles de commenter les articles indexés par PubMed. Cette fonctionnalité a d’abord été testée en mode pilote (depuis 2013) et a été rendue permanente en 2016. En février 2018, PubMed Commons a été interrompu en raison du fait que « l’utilisation est restée minime ».

askMEDLINEEdit

askMEDLINE, un outil de requête en texte libre et en langage naturel pour MEDLINE/PubMed, développé par le NLM, convient également aux ordinateurs de poche.

PubMed identifierEdit

Un PMID (identifiant PubMed ou identifiant unique PubMed) est une valeur entière unique, commençant à 1, attribuée à chaque enregistrement PubMed. Un PMID n’est pas le même qu’un PMCID (PubMed Central identifier) qui est l’identifiant de toutes les œuvres publiées dans le PubMed Central en accès libre.

L’affectation d’un PMID ou d’un PMCID à une publication n’indique rien au lecteur sur le type ou la qualité du contenu. Les PMID sont affectés aux lettres à l’éditeur, aux opinions éditoriales, aux colonnes d’opinion et à tout autre article que l’éditeur choisit d’inclure dans la revue, ainsi qu’aux articles évalués par des pairs. L’existence du numéro d’identification n’est pas non plus la preuve que les papiers n’ont pas été rétractés pour fraude, incompétence ou faute. L’annonce de toute correction aux documents originaux peut se voir attribuer un PMID.