L’alchimiste raconte l’histoire d’un jeune berger nommé Santiago qui est capable de trouver un trésor au-delà de ses rêves les plus fous. En chemin, il apprend à écouter son cœur et, plus important encore, se rend compte que ses rêves, ou sa Légende personnelle, ne sont pas seulement les siens, mais font partie de l’Âme de l’Univers.

Santiago est un berger humble dont les désirs sont peu nombreux – il veut être libre de se promener avec ses brebis, d’avoir du vin dans sa peau et un livre dans son sac. Le destin intervient cependant sous la forme du rêve récurrent d’un grand trésor caché à des milliers de kilomètres au pied des Pyramides égyptiennes. Lorsque Santiago rencontre Melchizédek, un étrange sage qui prétend être un roi d’un pays lointain, il décide de chercher son trésor. Le lendemain, Santiago vend ses moutons et s’embarque en Afrique pour poursuivre son rêve.

En arrivant en Afrique, cependant, il devient évident que les choses ne seront pas aussi faciles qu’il le pensait. Le premier jour, Santiago est à Tanger, il est volé et laissé complètement seul, incapable de parler un seul mot d’arabe. Au début, Santiago envisage d’abandonner et de se retourner. Il se souvient des paroles du sage, cependant, et décide de continuer – obtenir un emploi dans un magasin de cristal local. Après avoir travaillé à la cristallerie pendant un an, en apprenant beaucoup sur la vie et sur sa légende personnelle, Santiago gagne assez d’argent pour acheter un nouveau troupeau de moutons et rentrer chez lui. Mais à la dernière minute, Santiago décide de tout risquer et de rejoindre une caravane en Égypte.

Une fois dans la caravane, Santiago rencontre un Anglais qui est venu jusqu’en Afrique à la recherche d’un alchimiste de renom. Alors qu’ils voyagent à travers le désert, l’Anglais raconte à Santiago les secrets de l’alchimie. Santiago trouve les idées de l’Anglais très similaires à celles de Melchizédek. Elles parlent toutes deux d’une Âme du Monde à laquelle nous sommes tous connectés et de la nécessité de suivre les vrais désirs de notre cœur ou notre Légende personnelle. Santiago, cependant, préfère apprendre ces secrets en observant le monde, tandis que l’anglais préfère apprendre des livres complexes. Pendant leur voyage, ils commencent à entendre des rumeurs d’une guerre tribale à venir.

Lorsqu’ils arrivent enfin à l’oasis d’Al-Fayoum – la maison de l’alchimiste titulaire – Santiago rencontre une belle fille nommée Fatima dont il tombe immédiatement amoureux. Il découvre que l’amour, comme la Légende personnelle, vient directement de l’Âme du Monde. En marchant dans le désert, Santiago a une vision d’une bataille à venir. Il se précipite pour avertir les anciens de l’oasis et, lorsque sa vision est confirmée, ils lui offrent un poste de conseiller. Santiago envisage de rester à l’oasis avec Fatima, mais l’alchimiste trouve Santiago et lui dit qu’il conduira Santiago à son trésor.

De nouveau en mouvement, l’alchimiste apprend à Santiago à écouter son cœur. Les cœurs peuvent être traîtres, mais la meilleure façon de les empêcher de vous tromper est de les écouter attentivement. Presque aux pyramides, Santiago et l’alchimiste sont faits prisonniers par une tribu en guerre. L’alchimiste dit aux membres de la tribu que Santiago est un puissant magicien qui peut se transformer en vent. Les membres de la tribu sont impressionnés et épargneront la vie des hommes si Santiago peut le faire. Le seul problème est que Santiago n’a aucune idée de ce qu’il fait. Après trois jours de méditation, Santiago utilise sa connaissance de l’Âme du Monde pour demander aux éléments de l’aider. Il demande d’abord le désert, puis il demande le vent, puis il demande le soleil et, enfin, il demande l’Âme du Monde. Immédiatement, le vent se lève, et Santiago disparaît et réapparaît de l’autre côté du camp.

L’alchimiste prend congé de Santiago, qui continue vers les Pyramides. Une fois sur place, Santiago est attaqué par des voleurs. Lorsqu’on lui demande ce qu’il fait là-bas, Santiago répond qu’il a rêvé d’un trésor enterré à la base des Pyramides. L’un des voleurs se moque de lui et dit qu’il a fait exactement le même rêve, sauf que dans son trésor a été enterré en Espagne. Santiago se rend compte que le trésor était de retour en Espagne tout le temps.

L’histoire avance ensuite dans le temps et trouve Santiago creusant un trou à la base de l’arbre où il avait fait son premier rêve. Bien sûr, il trouve une malle pleine d’or – assez pour lui et Fatima pour vivre heureux pendant longtemps.