Comme nous l’avons vu dans la spéciation, le facteur principal dans la définition des espèces est l’isolement de la reproduction, un manque de croisement avec d’autres groupes ou l’isolement de la reproduction. Cette étape cruciale peut se produire de différentes manières. Certaines sont aussi dramatiques que les chaînes de montagnes qui se développent entre les populations et d’autres sont aussi subtiles que l’incompatibilité chimique des gamètes.

Il existe deux catégories principales d’isolement reproductif: prézygotique et postzygotique. L’isolement prézygotique se produit avant la formation d’un zygote. Dans la plupart des cas, l’accouplement ne se produit même pas. Les formes d’isolement prézygotique comprennent l’isolement spatial, comportemental, mécanique et temporel. L’isolement postzygotique se produit après que les membres de deux espèces différentes se sont accouplés et ont produit un zygote. La progéniture d’un tel accouplement s’appelle un hybride. Les hybrides sont souvent incapables de se reproduire, de sorte que la production d’un hybride n’est pas considérée comme un accouplement réussi. Les hybrides sont empêchés de se reproduire par des anomalies du développement qui les empêchent de mûrir sexuellement, une mauvaise santé qui provoque la mort de la plupart avant d’atteindre la maturité sexuelle ou par la stérilité.