Le film est librement basé sur le mythe grec de Thésée et du Minotaure et de la Titanomachie. Avant l’aube de l’homme et de la bête, les Immortels se faisaient la guerre au Ciel. Les vainqueurs se sont déclarés dieux tandis que les vaincus ont été renommés Titans et emprisonnés sous le mont Tartare. L’arc d’Épire, une arme d’une puissance immense, a été perdu sur Terre pendant la guerre.
En 1228 av.J.-C., le roi Hypérion d’Héraklion cherche l’arc, dans l’intention de l’utiliser pour libérer les Titans afin de se venger des dieux de ne pas avoir sauvé sa famille de la maladie. Hypérion capture l’oracle vierge Phèdre, croyant qu’elle peut utiliser ses visions pour trouver le lieu de repos de l’arc d’Épire.
Dans un petit village voisin, les habitants se préparent à fuir vers le mont Tartare pour éviter l’armée d’Hypérion. Un habitant nommé Thésée est un guerrier habile entraîné par son mentor, un vieil homme mystérieux. Thésée et sa mère Aethra, sont considérés comme indésirables parce que Thésée est né d’un viol d’Aethra, et ils sont forcés de rester derrière par des soldats athéniens, y compris Lysandre. Thésée est capable de battre plusieurs adversaires jusqu’à ce que l’officier athénien Hélios intervienne et décharge Lysandre de l’armée pour ses actions. Lysandre se rend à Hypérion, offrant son service et l’emplacement du village. Hypérion accepte, mais lui marque le visage et écrase les testicules de Lysandre pour être un traître. Les forces d’Hypérion attaquent le village de Thésée, assassinant les villageois et Aethra, et prenant Thésée en captivité.
Le vieil homme se révèle être Zeus lorsqu’il rencontre ses compagnons dieux Athéna, Poséidon, Arès, Apollon et Héraclès. Zeus les avertit de ne pas s’immiscer dans les affaires des mortels en tant que dieux à moins que les Titans ne soient libérés, et qu’ils doivent avoir foi en l’humanité pour vaincre Hypérion, ayant passé son temps à encadrer Thésée car il reconnaît que le jeune homme a la force d’esprit et l’habileté martiale qui pourrait conduire l’humanité contre les dieux.
Thésée est asservi aux côtés du voleur Stavros. Phèdre, qui est retenue captive à proximité, voit une vision de Thésée. Phèdre organise une révolte, utilisant le chaos pour s’échapper avec Thésée, Stavros, Dareios et le moine qui s’était auparavant coupé la langue pour que la torture ne lui fasse pas dire à Hypérion qui était l’oracle vierge. Thésée décide de poursuivre Hyperion et tente de capturer un bateau, mais lui et ses alliés sont submergés par les forces d’Hyperion. Poséidon désobéit aux ordres de Zeus et plonge de l’Olympe dans l’océan, provoquant un tsunami qui anéantit les hommes d’Hypérion. Phèdre raconte à Thésée sa vision et ensemble, ils croient que le corps enveloppé est sa mère et ils doivent rentrer chez eux pour enterrer Aethra. Même si Thésée ne croit pas aux dieux, sa mère l’a fait et doit donc être correctement enterrée.
En déposant Aethra dans le labyrinthe du village, Thésée découvre l’arc d’Épire encastré dans la roche voisine. Il libère l’arc d’Épire, mais est attaqué par le Minotaure, l’homme de main d’Hyperion. Thésée tue le Minotaure et utilise l’Arc pour sauver ses alliés d’être exécutés avant de s’effondrer des égratignures empoisonnées infligées par le Minotaure. Phèdre tend vers Thésée et tombe plus tard amoureuse de lui. Ils se font l’amour, la dépouillant des visions qu’elle considérait comme une malédiction.
Le groupe retourne au temple de Phèdre pendant qu’Hypérion et ses forces sont au Mont Tartare. Au temple, le moine suivi de Stavros et Thésée sont attirés dans une embuscade et Thésée perd l’arc d’Épire. En infériorité numérique par les hommes d’Hypérion, Arès intervient directement pour sauver Thésée, et Athéna fournit aux hommes des chevaux pour atteindre le mont Tartare. Zeus arrive et tue Arès avec colère pour avoir désobéi à son commandement. Zeus dit à Thésée et à ses alliés de laisser la mort d’Arès être un avertissement pour les dieux et pour eux qu’ils ne recevront plus d’aide des dieux, et il doit justifier la foi que Zeus a en lui seul. Avant de partir avec Athéna, Zeus dit à Thésée de lui donner raison. L’arc d’Épire perdu est amené à Hyperion.
Thésée, Stavros et Phèdre se rendent au mont Tartare. Thésée tente en vain d’avertir le roi des Grecs Cassandre des plans d’Hypérion, mais Cassandre rejette son discours sur les dieux comme un mythe, dans l’intention de négocier la paix avec Hypérion. Le lendemain, Hyperion utilise l’Arc pour détruire la porte apparemment indestructible du Mont Tartare.
Thésée mène l’armée hellénique à la guerre contre les forces d’Hypérion, tuant Lysandre. Hypérion ignore la bataille, traverse le mont Tartare et tue Hélios et Cassandre, en utilisant l’arc d’Épire pour percer la montagne et libérer les Titans avant que Stavros et Thésée ne puissent l’arrêter. La force de la libération renverse les mortels. Frappé dans la voûte et incapable de s’échapper, Stavros récupère l’arc d’Épire et tue un Titan pour gagner du temps à Thésée pour s’enfuir, mais est tué par les autres Titans. Zeus, Poséidon, Athéna, Héraclès et Apollon arrivent et combattent les Titans pendant que Thésée combat Hypérion. Zeus détruit l’Arc d’Épire, et les dieux prouvent plus qu’un match pour les Titans, mais ils sont submergés par le nombre, tous sauf Zeus et Poséidon étant tués. Thésée tue Hypérion tandis que Zeus fait s’effondrer le Mont Tartare sur les Titans. Alors que la montagne s’effondre, Zeus ramasse le corps d’Athéna et monte sur l’Olympe avec un Poséidon gravement blessé. La montagne qui s’effondre anéantit tous les hommes d’Hyperion. Thésée mortellement blessé est également transporté à l’Olympe pour son sacrifice et a une place parmi les dieux.
Plusieurs années plus tard, l’histoire de Thésée est devenue une légende, et Phèdre élève Acamas, le fils de Thésée, un cadeau des dieux. Acamas, un oracle comme l’était sa mère, est rencontré par Zeus dans son personnage de vieil homme, qui informe l’enfant qu’à l’avenir, lui aussi se battra un jour contre le mal et qu’il ne doit pas craindre ses visions. Acamas voit une vision du ciel remplie de milliers de dieux et de Titans se battant (y compris Zeus et un Poséidon complètement guéri) avec Thésée menant la charge.