Horizon Air a été formé en mai 1981 par Milt Kuolt, Joe Clark et Bruce McCaw, avec des plans initiaux pour voler à Hawaï, mais a ensuite changé pour desservir l’État de Washington. La compagnie aérienne a commencé ses opérations le 1er septembre 1981, avec trois Fairchild F-27. Son siège se trouvait dans une zone qui se trouve maintenant à SeaTac, dans l’État de Washington.
La première route d’Horizon Air était de Yakima à Seattle et une semaine plus tard, Pasco à Seattle. Les bureaux généraux d’Horizon Air ont été exploités dans une vieille maison derrière l’aéroport Sea-Tac. Horizon a acquis Air Oregon le 17 juin 1982, après que les deux compagnies aériennes aient perdu des centaines de milliers de dollars par mois, afin de consolider et de réduire leur déficit d’exploitation. Horizon a accepté d’acheter Transwestern Airlines of Utah en septembre 1983, une fois de plus pour essayer de réduire le déficit d’exploitation de la compagnie aérienne.
Un seul biréacteur Fokker F28 Fellowship, acheté en juillet 1984 auprès d’un transporteur africain, était le premier jet appartenant à Horizon Air (cependant, le premier jet exploité par Horizon était un Douglas DC-9-10 loué par voie humide).
Un premier appel public à l’épargne a eu lieu en 1985 pour sécuriser le capital d’exploitation, qui après seulement une année rentable depuis sa création, était nécessaire pour maintenir la compagnie aérienne à flot. Cet été-là, Horizon a conclu son premier accord de partage de codes avec United Airlines, et le 8 septembre, Horizon a signé un accord avec de Havilland Canada pour commencer à acheter le premier avion tout neuf de la compagnie aérienne, le bimoteur Dash 8-100 de Havilland Canada.
À la fin de 1985, Horizon a conclu un accord pour acheter son principal concurrent à Washington, Cascade Airways, mais au début de 1986, ils ont été libérés de l’accord. Les pourparlers de fusion entre les deux avaient commencé à la fin de 1982.
En janvier 1986, la compagnie aérienne est devenue une compagnie internationale lorsqu’elle a commencé à desservir Calgary, en Alberta, en association avec Cascade Airways.
Alaska Airlines a conclu un accord pour acquérir Horizon Air en novembre 1986. L’année précédente, l’Alaska avait subi une importante restructuration d’entreprise, la compagnie étant désormais détenue par Alaska Air Group, une société holding de transport aérien. En vertu de l’accord, le groupe aérien Alaska est devenu propriétaire d’Horizon Air après approbation par le Département des Transports fin décembre. Alaska Air Group a continué d’exploiter Horizon en tant que compagnie aérienne de marque distincte, avec un accord de partage de codes avec sa nouvelle compagnie aérienne sœur, Alaska, tout en mettant fin à son partage de codes avec United Airlines.
En 1988, Horizon a signé un accord de partage de codes avec Northwest Airlines.
Le service international a été élargi en mai 1989 avec des vols vers Vancouver et Victoria en Colombie-Britannique, utilisant à la fois des Dash 8-100 et des avions à turbopropulseurs Fairchild Swearingen Metroliner.
Horizon était le client de lancement du turbopropulseur Dornier 328, avec l’intention de remplacer les Métroliners par ce nouvel avion qui promettait une vitesse et un confort à la hauteur des avions à réaction. En reconnaissance de la commande, Dornier a peint son deuxième prototype de la 328 aux couleurs de l’Horizon. Douze appareils ont été livrés entre novembre 1993 et novembre 1995, mais ils ont été rapidement supprimés en 1997 au profit de la normalisation de la flotte à la série de turbopropulseurs Dash 8.
Tout au long de son histoire, Horizon a opéré en tant que transporteur autonome ou en tant que filiale régionale d’Alaska Airlines pendant la majeure partie de son histoire, sauf entre 2004 et 2007 lorsqu’elle a exploité des avions Bombardier CRJ-700 pour le compte de Frontier Airlines.
À la fin de 2010, la société mère d’Horizon, Alaska Air Group, a fabriqué la décision de ne plus exploiter Horizon en tant que compagnie aérienne régionale distincte. À partir du 1er janvier，2011, Horizon est passé à un modèle commercial de contrat d’achat de capacité (CPA), qui était alors devenu la norme régionale de l’industrie du transport aérien. En vertu de la CPA, Horizon exploite et entretient ses aéronefs, tandis qu’Alaska Airlines est responsable de la planification, de la commercialisation et de la tarification de tous les vols. Dans le cadre du changement au nouveau modèle d’affaires, la marque Horizon Air a été retirée et tous les avions Horizon ont été repeints avec une livrée co-marquée « Alaska Horizon ».
Alaska Airlines a conclu un accord d’achat de capacité similaire avec SkyWest Airlines en mai 2011. Dans le cadre de l’accord, les dirigeants d’Alaska Air Group ont convenu de vendre la flotte de cinq avions à réaction régionaux CRJ-700 de Bombardier d’Horizon à SkyWest, qui l’utilisait pour exploiter six routes de la côte ouest sous le nom de » Alaska SkyWest « . L’horizon gauche se déplace avec une flotte composée d’un seul type d’avion; le turbopropulseur Bombardier Dash 8-Q400.
Horizon a annoncé en avril 2016 qu’il élargirait sa flotte et opérerait à nouveau en région jets, passant commande de 30 avions Embraer 175. La commande est la plus importante de l’histoire de la compagnie aérienne et a ensuite été étendue à 33 avions.
La compagnie aérienne a connu une période de turbulences en 2017. Au milieu d’une croissance sans précédent (stimulée par l’ajout de nouveaux appareils), Horizon a connu une grave pénurie de pilotes, forçant la compagnie aérienne à annuler des centaines de vols et à retarder la livraison de nouveaux appareils. La pénurie de pilotes faisait partie d’un problème plus large touchant toutes les compagnies aériennes régionales, mais a particulièrement touché Horizon. Après que l’industrie du transport aérien a commencé à rebondir en 2013 après une récession de dix ans, les transporteurs aériens de grandes lignes ont commencé à embaucher des pilotes, principalement des transporteurs régionaux qui offrent de faibles salaires et des possibilités d’avancement limitées. Les pilotes de transporteurs régionaux plus expérimentés sont passés à des lignes principales plus payantes. Horizon a réagi en augmentant considérablement la rémunération des équipages de conduite et a travaillé avec Alaska, sa compagnie aérienne sœur, pour créer plus de possibilités d’avancement. En conséquence, il y a un afflux de nouveaux pilotes jeunes avec moins d’expérience.
En réponse à la crise, l’Alaska a transféré certains de ses vols d’Horizon à son autre partenaire régional, SkyWest Airlines. C’était une décision que le PDG d’Horizon a décrite comme « décourageante. »En raison du changement, SkyWest a commandé des avions Embraer 175 supplémentaires qu’il volera pour l’Alaska.
À la fin de cette année troublée, Dave Campbell, PDG d’Horizon, a annoncé qu’il quitterait ses fonctions à compter du 5 janvier 2018 pour des raisons personnelles. Gary Beck est devenu PDG en janvier 2018. En novembre 2019, l’ancien retraité de la société Joe Sprague est revenu chez Horizon Air en tant que président.
En octobre 2020, la compagnie aérienne a son siège social dans la banlieue de Seattle, à SeaTac, dans l’État de Washington, non loin de l’aéroport international de Seattle–Tacoma, et la base de maintenance principale de la compagnie aérienne se trouve à l’aéroport international de Portland. Horizon considère également les aéroports de Seattle–Tacoma et de Portland comme ses plaques tournantes.