Desde la década de 1990, se han producido cambios dramáticos en la clasificación de hongos. Una mejor comprensión de las relaciones de los hongos tradicionalmente colocados en los phyla Chytridiomycota y Zygomycota ha resultado en la disolución de taxones anticuados y la generación de nuevos taxones. La Chytridiomycota se conserva, pero en un sentido restringido. Uno de los órdenes tradicionales de Chytridiomycota, los Blastocladiales, ha sido elevado al estatus de filo como Blastocladiomycota. De manera similar, el grupo de quítridos rumen anaeróbicos, anteriormente conocido como orden Neocallimastigales, ha sido reconocido como un filo distinto, el Neocallimastigomycota. El filo Zygomycota no es aceptado en la clasificación filogenética de hongos debido a las dudas restantes sobre las relaciones entre los grupos que tradicionalmente se han colocado en este filo. Las consecuencias de esta decisión son el reconocimiento del filo Glomeromycota y de cuatro subphyla incertae sedis (en latín, «de posición incierta»): Mucoromicotina, Kickxellomicotina, Zoopagomicotina y Entomoftoromicotina.

Los hongos verdaderos, que componen el clado monofilético llamado Hongos del reino, comprenden siete filos: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Ascomycota y Basidiomycota (estos dos últimos se combinan en el sub-reino Dikarya). Se cree que el grupo de hongos ancestrales está representado por la Chytridiomycota actual, aunque los Microsporidios pueden ser un grupo hermano igualmente antiguo. Los primeros pasos importantes en la evolución de los hongos superiores fueron la pérdida del flagelo quítrido y el desarrollo de filamentos fúngicos aseptados ramificados, que ocurrieron cuando los hongos terrestres divergieron de los mohos de agua hace 600 a 800 millones de años. Los filamentos septados evolucionaron a medida que la Glomeromicota divergía de un clado combinado de hongos pre-basidiomicota y pre-ascomicota hace unos 500 millones de años. Hifas con la apariencia característica de Basidiomicota moderna se pueden ver en algunos de los primeros especímenes conocidos de fósiles de plantas. Por lo tanto, Ascomycota y Basidiomycota probablemente divergieron como los llamados grupos hermanos, que se colocan juntos en el sub-reino Dikarya, hace unos 300 millones de años. Los hongos hongos fácilmente reconocibles probablemente se diversificaron hace 130 a 200 millones de años, poco después de que las plantas con flores se convirtieran en una parte importante de la flora y mucho antes de la era de los dinosaurios. Una radiación evolutiva relativamente reciente, quizás de 60 a 80 millones de años atrás, de Quitridiomicota anaeróbica se produjo a medida que las gramíneas y los mamíferos de pastoreo se hicieron más abundantes; los hongos quítridos sirven como simbiontes dentro del rumen de dichos animales, lo que permite a los mamíferos que pastan digerir las hierbas.

David Moore