Wie wir in der Speziation gesehen haben, ist der Hauptfaktor bei der Definition von Arten die reproduktive Isolation, ein Mangel an Kreuzung mit anderen Gruppen oder reproduktive Isolation. Dieser entscheidende Schritt kann auf viele verschiedene Arten erfolgen. Einige sind so dramatisch wie Gebirgszüge, die zwischen Populationen aufwachsen, und andere sind so subtil wie die chemische Unverträglichkeit von Gameten.

Es gibt zwei Hauptkategorien der reproduktiven Isolation: präzygot und postzygot. Die präzygotische Isolierung erfolgt, bevor die Bildung einer Zygote stattfinden kann. In den meisten Fällen kommt es nicht einmal zur Paarung. Formen der präzygoten Isolation umfassen räumliche, verhaltensbezogene, mechanische und zeitliche Isolation. Die postzygote Isolation tritt auf, nachdem sich Mitglieder zweier verschiedener Arten gepaart und eine Zygote produziert haben. Die Nachkommen einer solchen Paarung werden als Hybride bezeichnet. Hybride sind häufig nicht in der Lage, sich selbst zu reproduzieren, so dass die Produktion eines Hybriden nicht als erfolgreiche Paarung angesehen wird. Hybride werden daran gehindert, sich durch Entwicklungsstörungen zu vermehren, die sie davon abhalten, sexuell zu reifen, schlechte Gesundheit, die dazu führt, dass die meisten vor Erreichen der Geschlechtsreife sterben, oder durch Sterilität.