Website designEdit

Eine neue PubMed-Oberfläche wurde im Oktober 2009 eingeführt und förderte die Verwendung solcher schnellen, Google-ähnlichen Suchformulierungen. Standardmäßig werden die Ergebnisse nach den neuesten sortiert, Dies kann jedoch in beste Übereinstimmung geändert werden, Veröffentlichungsdatum, Erster Autor, Letzter Autor, Zeitschrift, oder Titel.

Das Design und die Domain der PubMed-Website wurden im Januar 2020 aktualisiert und am 15. Mai 2020 mit den aktualisierten und neuen Funktionen standardmäßig aktiviert. Es gab eine kritische Reaktion von vielen Forschern, die die Website häufig nutzen.

PubMed für Handhelds/mobilesEdit

Auf PubMed/MEDLINE kann über Handheld-Geräte zugegriffen werden, beispielsweise über die vom NLM erstellte Option „PICO“ (für fokussierte klinische Fragen). Eine „PubMed Mobile“ -Option, die Zugriff auf eine mobilfreundliche, vereinfachte PubMed-Version bietet, ist ebenfalls verfügbar.

SearchEdit

Standard searchEdit

Einfache Suchen in PubMed können durchgeführt werden, indem Schlüsselaspekte eines Themas in das Suchfenster von PubMed eingegeben werden.

PubMed übersetzt diese anfängliche Suchformulierung und fügt automatisch Feldnamen, relevante MeSH-Begriffe (medizinische Überschriften), Synonyme, Boolesche Operatoren und ‚verschachtelt‘ die resultierenden Begriffe entsprechend hinzu, wodurch die Suchformulierung erheblich verbessert wird, insbesondere durch routinemäßige Kombination (mit dem Operator ODER) von Textwörtern und MeSH-Begriffen.

Die Beispiele in einem PubMed-Tutorial zeigen, wie dieser automatische Prozess funktioniert:

Ursachen Schlafwandeln wird übersetzt als („Ätiologie“ ODER „Ätiologie“ ODER „Ursachen“ ODER „Kausalität“ ODER „Kausalität“) UND („Somnambulismus“ ODER „Somnambulismus“ ODER („Schlaf“ UND „Gehen“) ODER „Schlafgehen“)

Ebenso

soft Attack Aspirin Prävention wird übersetzt als („Myokardinfarkt“ ODER („Myokardinfarkt“ UND „Infarkt“) ODER „Myokardinfarkt“ ODER („Herz“ UND „Angriff“) ODER „Herzinfarkt“) UND („Aspirin“ ODER „Aspirin“) UND („Prävention und Kontrolle“ ODER („Prävention“ UND „Kontrolle“) ODER „Prävention und Kontrolle“ ODER prävention“)

Comprehensive searchEdit

Für eine optimale Suche in PubMed ist es notwendig, die Kernkomponente MEDLINE und insbesondere das kontrollierte Vokabular MeSH (Medical Subject Headings) zu verstehen, mit dem MEDLINE-Artikel indiziert werden. Sie können auch komplexe Suchstrategien, die Verwendung von Feldnamen (Tags), die ordnungsgemäße Verwendung von Grenzen und anderen Funktionen erfordern; Referenzbibliothekare und Suchspezialisten bieten Suchdienste an.

Die Suche im Suchfenster von PubMed wird nur für die Suche nach eindeutigen Themen oder neuen Interventionen empfohlen, für die noch keine MeSH-Überschrift erstellt wurde, sowie für die Suche nach Handelsmarken von Arzneimitteln und Eigennamen. Es ist auch nützlich, wenn es keine geeignete Überschrift gibt oder der Deskriptor einen Teilaspekt darstellt. Die Suche mit dem Thesaurus MeSH ist genauer und liefert weniger irrelevante Ergebnisse. Zudem erspart sie sich den Nachteil der Freitextsuche, bei der die Rechtschreib-, Singular/Plural- oder abgekürzten Unterschiede berücksichtigt werden müssen. Auf der anderen Seite werden Artikel, die in jüngerer Zeit in die Datenbank aufgenommen wurden und denen noch keine Deskriptoren zugewiesen wurden, nicht gefunden. Um eine erschöpfende Suche zu gewährleisten, muss daher eine Kombination aus kontrollierten Sprachüberschriften und Freitextbegriffen verwendet werden.

Journal article parametersEdit

Bei der Indizierung eines Zeitschriftenartikels werden zahlreiche Artikelparameter extrahiert und als strukturierte Informationen gespeichert. Solche Parameter sind: Artikeltyp (MeSH-Begriffe, z. B. „Klinische Studie“), sekundäre Identifikatoren (MeSH-Begriffe), Sprache, Land der Zeitschrift oder Publikationshistorie (E-Veröffentlichungsdatum, Veröffentlichungsdatum der gedruckten Zeitschrift).

Publication Type: Clinical queries/systematic reviewsEdit

Publication type parameter ermöglicht die Suche nach der Art der Publikation, einschließlich Berichte über verschiedene Arten von klinischer Forschung.

Secondary IDEdit

Seit Juli 2005 extrahiert der MEDLINE Article Indexing Process Bezeichner aus der Artikelzusammenfassung und fügt diese in ein Feld namens Secondary Identifier (SI) ein. Das sekundäre Identifikatorfeld dient zum Speichern von Zugangsnummern zu verschiedenen Datenbanken mit molekularen Sequenzdaten, Genexpression oder chemischen Verbindungen und IDs für klinische Studien. Für klinische Studien extrahiert PubMed Studien-IDs für die beiden größten Studienregister: ClinicalTrials.gov (NCT identifier) und das International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (IRCTN Identifier).

Siehe auchEdit

Eine Referenz, die als besonders relevant eingestuft wird, kann markiert und „verwandte Artikel“ identifiziert werden. Bei Bedarf können mehrere Studien ausgewählt und zugehörige Artikel zu allen Studien (in PubMed oder einer der anderen NCBI Entrez-Datenbanken) mit der Option ‚Verwandte Daten suchen‘ generiert werden. Die verwandten Artikel werden dann in der Reihenfolge der „Verwandtschaft“ aufgelistet. Um diese Listen verwandter Artikel zu erstellen, vergleicht PubMed Wörter aus dem Titel und der Zusammenfassung jedes Zitats sowie die zugewiesenen MeSH-Überschriften mithilfe eines leistungsstarken wortgewichteten Algorithmus. Die Funktion ‚Verwandte Artikel‘ wurde als so präzise eingestuft, dass die Autoren eines Artikels vorschlugen, sie anstelle einer vollständigen Suche zu verwenden.

Mapping zu MeSHEdit

PubMed verlinkt automatisch auf MeSH-Begriffe und Unterüberschriften. Beispiele wären: „Mundgeruch“ verlinkt auf (und schließt in die Suche ein) „Mundgeruch“, „Herzinfarkt“ auf „Myokardinfarkt“, „Brustkrebs“ auf „Brustneoplasmen“. Gegebenenfalls werden diese Netzbegriffe automatisch „erweitert“, d. h. um spezifischere Begriffe erweitert. Begriffe wie „Pflege“ werden automatisch mit „Pflege “ oder „Pflege “ verknüpft. Diese Funktion wird als automatische Termzuordnung bezeichnet und wird standardmäßig bei der Freitextsuche verwendet, jedoch nicht bei der Suche nach exakten Phrasen (dh beim Einschließen der Suchabfrage in doppelte Anführungszeichen). Diese Funktion macht die PubMed-Suche sensibler und vermeidet falsch negative (verpasste) Treffer, indem sie die Vielfalt der medizinischen Terminologie ausgleicht.

PubMed wendet unter folgenden Umständen keine automatische Zuordnung des Begriffs an: durch Schreiben der zitierten Phrase (z. B. „Nieren-Allotransplantat“), beim Abschneiden auf dem Sternchen (z. B. Nieren-Allotransplantat*) und beim Suchen mit Feldbeschriftungen (z. B. Krebs ).

My NCBIEdit

Die optionale PubMed-Funktion „My NCBI“ (mit kostenloser Registrierung) bietet Tools zum

• Speichern von Suchvorgängen
• Filtern von Suchergebnissen
• Einrichten automatischer Updates per E-Mail
• Speichern von Referenzsätzen, die im Rahmen einer PubMed-Suche abgerufen wurden
• Konfigurieren von Anzeigeformaten oder Hervorheben von Suchbegriffen

und eine Vielzahl andere Optionen. Der Bereich „My NCBI“ kann von jedem Computer mit web-access.An eine frühere Version von „My NCBI“ hieß „PubMed Cubby“.

LinkOutEdit

LinkOut, eine NLM-Einrichtung zur Verknüpfung (und Bereitstellung von Volltext) lokaler Zeitschriftenbestände. Etwa 3.200 Standorte (hauptsächlich akademische Einrichtungen) beteiligen sich an dieser NLM-Einrichtung (Stand März 2010), von der Universität Aalborg in Dänemark bis ZymoGenetics in Seattle. Benutzer dieser Institutionen sehen das Logo ihrer Institution im PubMed-Suchergebnis (wenn die Zeitschrift an dieser Institution gehalten wird) und können auf den Volltext zugreifen. Link out wird ab dem großen Plattform-Update im Sommer 2019 mit dem Tool konsolidiert.

PubMed CommonsEdit

Im Jahr 2016 erlaubt PubMed Autoren von Artikeln, Artikel zu kommentieren, die von PubMed indiziert wurden. Diese Funktion wurde zunächst in einem Pilotmodus (seit 2013) getestet und 2016 dauerhaft eingeführt. Im Februar 2018 wurde PubMed Commons eingestellt, da „die Nutzung minimal geblieben ist“.

askMEDLINEEdit

askMEDLINE, ein vom NLM entwickeltes Freitext-Abfragetool in natürlicher Sprache für MEDLINE /PubMed, auch für Handhelds geeignet.

PubMed identifierEdit

Eine PMID (PubMed identifier oder PubMed unique identifier) ist ein eindeutiger ganzzahliger Wert, beginnend bei 1, der jedem PubMed-Datensatz zugewiesen wird. Eine PMID ist nicht dasselbe wie eine PMCID (PubMed Central Identifier), die die Kennung für alle in der frei zugänglichen PubMed Central veröffentlichten Werke darstellt.

Die Zuordnung einer PMID oder PMCID zu einer Publikation sagt dem Leser nichts über die Art oder Qualität des Inhalts aus. PMIDs werden Briefen an den Herausgeber, redaktionellen Meinungen, Op-Ed-Kolumnen und anderen Artikeln zugewiesen, die der Herausgeber in die Zeitschrift aufnehmen möchte, sowie Peer-Review-Artikeln. Das Vorhandensein der Identifikationsnummer ist auch kein Beweis dafür, dass die Papiere nicht wegen Betrugs, Inkompetenz oder Fehlverhaltens zurückgezogen wurden. Der Ankündigung von Korrekturen an Originalarbeiten kann eine PMID zugewiesen werden.