Pepsin, das starke Enzym im Magensaft, das Proteine wie Fleisch, Eier, Samen oder Milchprodukte verdaut. Pepsin ist die reife aktive Form des Zymogen (inaktives Protein) Pepsinogen.

Pepsin wurde erstmals 1836 vom deutschen Physiologen Theodor Schwann anerkannt. Im Jahr 1929 wurden seine Kristallisation und Proteinnatur vom amerikanischen Biochemiker John Howard Northrop vom Rockefeller Institute for Medical Research berichtet. (Northrop erhielt später einen Anteil des Nobelpreises für Chemie 1946 für seine Arbeit bei der erfolgreichen Reinigung und Kristallisation von Enzymen.)

Drüsen in der Schleimhaut des Magens bilden und speichern Pepsinogen. Impulse aus dem Vagusnerv und die hormonellen Sekrete von Gastrin und Sekretin stimulieren die Freisetzung von Pepsinogen in den Magen, wo es mit Salzsäure gemischt und schnell in das aktive Enzym Pepsin umgewandelt wird. Die Verdauungskraft von Pepsin ist am größten bei der Acidität von normalem Magensaft (pH 1,5–2,5). Im Darm werden die Magensäuren neutralisiert (pH 7) und Pepsin ist nicht mehr wirksam.

Im Verdauungstrakt bewirkt Pepsin nur einen teilweisen Abbau von Proteinen in kleinere Einheiten, sogenannte Peptide, die dann entweder aus dem Darm in den Blutkreislauf aufgenommen oder durch Pankreasenzyme weiter abgebaut werden.

Kleine Mengen Pepsin gelangen vom Magen in den Blutkreislauf, wo es einige der größeren oder noch teilweise unverdauten Proteinfragmente abbaut, die möglicherweise vom Dünndarm aufgenommen wurden.Chronischer Rückfluss von Pepsin, Säure und anderen Substanzen aus dem Magen in die Speiseröhre bildet die Grundlage für Refluxzustände, insbesondere gastroösophageale Refluxkrankheit und laryngopharyngealer Reflux (oder extraösophagealer Reflux). In letzterem gelangen Pepsin und Säure bis zum Kehlkopf, wo sie die Kehlkopfschleimhaut schädigen und Symptome hervorrufen können, die von Heiserkeit und chronischem Husten bis hin zu Laryngospasmus (unwillkürliche Kontraktion der Stimmbänder) und Kehlkopfkrebs reichen.Pepsin wird kommerziell aus Schweinemägen hergestellt. Rohes Pepsin wird in der Lederindustrie verwendet, um Haare und Restgewebe von Tierhäuten zu entfernen, bevor sie gegerbt werden. Es wird auch bei der Rückgewinnung von Silber aus weggeworfenen fotografischen Filmen verwendet, indem die Gelatineschicht verdaut wird, die die Silberverbindung enthält.