Nichtpathogene Organismen sind solche, die einem anderen Organismus keine Krankheit, keinen Schaden oder Tod zufügen und werden normalerweise zur Beschreibung von Bakterien verwendet. Es beschreibt eine Eigenschaft eines Bakteriums – seine Fähigkeit, Krankheiten zu verursachen. Die meisten Bakterien sind nicht pathogen. Es kann das Vorhandensein von nicht krankheitsverursachenden Bakterien beschreiben, die sich normalerweise auf der Oberfläche von Wirbeltieren und Wirbellosen als Kommensale befinden. Einige nichtpathogene Mikroorganismen sind Kommensale auf und im Körper von Tieren und werden Mikrobiota genannt. Einige dieser nicht pathogenen Mikroorganismen können Krankheiten verursachen oder pathogen sein, wenn sie in den Körper gelangen, sich vermehren und Infektionssymptome verursachen. Immungeschwächte Personen sind besonders anfällig für Bakterien, die typischerweise nicht pathogen sind, aber aufgrund eines geschwächten Immunsystems treten Krankheiten auf, wenn diese Bakterien Zugang zum Körperinneren erhalten. Es wurden Gene identifiziert, die Krankheiten und Infektionen mit nicht pathogenen Bakterien durch eine kleine Anzahl von Personen prädisponieren. Nichtpathogenes E.coli-Stämme, die normalerweise im Magen-Darm-Trakt gefunden werden, haben die Fähigkeit, die Immunantwort beim Menschen zu stimulieren, obwohl weitere Studien erforderlich sind, um klinische Anwendungen zu bestimmen.

Kommensale vs. Mechanismus. Mechanismen, die der Entzündung bei COPD zugrunde liegen. Atemwegsepithel hat komplexe Struktur: besteht aus mindestens sieben verschiedenen Zelltypen, die über Tight Junctions miteinander interagieren. Darüber hinaus können Epithelzellen die Signale in das darunter liegende Gewebe abgeben und an den Mechanismen der angeborenen und adaptiven Immunabwehr beteiligt sein. Die wichtigsten Sender der Signale sind dendritische Zellen. Sobald pathogene Bakterien (z.B. S. pneumoniae, P. aeruginosa) bestimmte Mustererkennungsrezeptoren auf/in Epithelzellen aktiviert haben, werden die proinflammatorischen Signalwege aktiviert. Dies führt hauptsächlich zur Produktion von IL-1, IL-6 und IL-8. Diese Zytokine induzieren die Chemotaxis zur Infektionsstelle in ihren Zielzellen (z. B. Neutrophile, dendritische Zellen und Makrophagen). Auf der anderen Seite verursachen Vertreter der Standardmikrobiota nur schwache Signale, die die Entzündung verhindern. Der Mechanismus der Unterscheidung zwischen harmlosen und schädlichen Bakterien auf molekularer und physiologischer Ebene ist nicht vollständig verstanden.

Ein bestimmter Bakterienstamm kann bei einer Spezies nicht pathogen, bei einer anderen jedoch pathogen sein. Eine Bakterienart kann viele verschiedene Arten oder Stämme haben. Ein Stamm einer Bakterienart kann nicht pathogen sein und ein anderer Stamm desselben Bakteriums kann pathogen sein.