Horizon Air wurde im Mai 1981 von Milt Kuolt, Joe Clark und Bruce McCaw gegründet, mit anfänglichen Plänen, nach Hawaii zu fliegen, aber später geändert, um Washington State zu dienen. Die Fluggesellschaft nahm ihren Betrieb am 1. September 1981 mit drei Fairchild F-27-Flugzeugen auf. Sein Hauptsitz befand sich in einem Gebiet, das sich jetzt in SeaTac, Washington, befindet.Die erste Route von Horizon Air führte von Yakima nach Seattle und eine Woche später von Pasco nach Seattle. Die Hauptniederlassungen von Horizon Air wurden in einem alten Haus hinter dem Flughafen Sea-Tac betrieben. Horizon erwarb Air Oregon am 17. Juni 1982, nachdem beide Fluggesellschaften monatlich Hunderttausende von Dollar verloren hatten, um ihr Betriebsdefizit zu konsolidieren und zu reduzieren. Horizon stimmte im September 1983 dem Kauf von Transwestern Airlines of Utah zu, um erneut zu versuchen, das Betriebsdefizit der Fluggesellschaft zu verringern.
Ein einzelner Fokker F28 Fellowship Twin Jet, der im Juli 1984 von einer afrikanischen Fluggesellschaft gekauft wurde, war der erste Jet von Horizon Air (jedoch, der erste von Horizon betriebene Jet war ein Nassjet (DC-9-10).
1985 erfolgte ein Börsengang zur Sicherung des Betriebskapitals, das nach nur einem profitablen Jahr seit der Gründung erforderlich war, um die Fluggesellschaft über Wasser zu halten. In diesem Sommer schloss Horizon sein erstes Codeshare-Abkommen mit United Airlines, und am 8. September unterzeichnete Horizon eine Vereinbarung mit de Havilland Canada über den Kauf des ersten brandneuen Flugzeugs der Fluggesellschaft, der de Havilland Canada Dash 8-100 Twin Turboprop.Ende 1985 schloss Horizon eine Vereinbarung über den Kauf ihres Hauptkonkurrenten in Washington, Cascade Airways, aber Anfang 1986 wurden sie aus der Vereinbarung entlassen. Fusionsgespräche zwischen den beiden hatten Ende 1982 begonnen.Im Januar 1986 wurde die Fluggesellschaft eine internationale Fluggesellschaft, als sie in Zusammenarbeit mit Cascade Airways den Dienst nach Calgary, Alberta, aufnahm.Alaska Airlines schloss im November 1986 einen Vertrag zur Übernahme von Horizon Air. Im Jahr zuvor hatte Alaska eine umfassende Unternehmensumstrukturierung durchlaufen, wobei die Fluggesellschaft nun der Alaska Air Group gehörte, einer Airline-Holdinggesellschaft. Im Rahmen der Vereinbarung wurde die Alaska Air Group nach Genehmigung durch die Transportabteilung Ende Dezember Eigentümer von Horizon Air. Die Alaska Air Group betrieb Horizon weiterhin als eigenständige Fluggesellschaft mit einer Codesharing-Vereinbarung mit ihrer neuen Schwesterfluggesellschaft Alaska, während sie ihre Codeshare mit United Airlines beendete.
1988 unterzeichnete Horizon eine Codeshare-Vereinbarung mit Northwest Airlines.Der internationale Service wurde im Mai 1989 mit Flügen nach Vancouver und Victoria in British Columbia erweitert, wobei sowohl Dash 8-100 als auch Fairchild Swearingen Metroliner Turboprop-Flugzeuge eingesetzt wurden.Horizon war der Erstkunde für die Dornier 328 Turboprop und beabsichtigte, die Metroliner durch dieses neue Flugzeug zu ersetzen, das Geschwindigkeit und Komfort auf Augenhöhe mit Jetlinern versprach. In Anerkennung des Auftrags lackierte Dornier seinen zweiten Prototyp des 328 in Horizon-Farben. Zwölf Flugzeuge wurden zwischen November 1993 und November 1995 ausgeliefert, aber sie wurden 1997 zugunsten der Flottenstandardisierung zugunsten der Turboprops der Dash 8-Serie schnell eingestellt.Im Laufe seiner Geschichte hat Horizon entweder als eigenständige Fluggesellschaft oder als regionale Tochtergesellschaft von Alaska Airlines für die meisten seiner Geschichte betrieben, außer zwischen 2004 und 2007, als es Bombardier CRJ-700 Flugzeuge im Auftrag von Frontier Airlines betrieben.
Ende 2010 traf die Muttergesellschaft von Horizon, die Alaska Air Group, die Entscheidung, Horizon separate regionale Fluggesellschaft. Ab dem 1. Januar 2011 wechselte Horizon zu einem Capacity Purchase Agreement (CPA) -Geschäftsmodell, das zu diesem Zeitpunkt zum Standard der regionalen Luftfahrtindustrie geworden war. Im Rahmen des CPA betreibt und wartet Horizon seine Flugzeuge, während Alaska Airlines für die Planung, Vermarktung und Preisgestaltung aller Flüge verantwortlich ist. Im Rahmen der Umstellung auf das neue Geschäftsmodell wurde die Marke Horizon Air zurückgezogen und alle Horizon-Flugzeuge mit einer Co-Branding-Lackierung „Alaska Horizon“ neu lackiert.Alaska Airlines hat im Mai 2011 einen ähnlichen Kapazitätskaufvertrag mit SkyWest Airlines abgeschlossen. Im Rahmen der Vereinbarung einigten sich die Manager der Alaska Air Group darauf, die Flotte von Horizon mit fünf Bombardier CRJ-700-Regionaljets an SkyWest zu verkaufen, die mit dem Flugzeug sechs Westküstenrouten als „Alaska SkyWest“ betrieb. Der Umzug verließ Horizon mit einer Flotte, die aus einem einzigen Flugzeugtyp bestand; der Bombardier Dash 8-Q400 Turboprop.
Horizon kündigte im April 2016 an, seine Flotte zu erweitern und erneut Regionaljets zu betreiben, und bestellte 30 Embraer-Jets 175 flugzeuge. Der Auftrag ist der größte in der Geschichte der Fluggesellschaft und wurde später auf 33 Jets erweitert.
Die Fluggesellschaft erlebte 2017 eine turbulente Zeit. Inmitten eines beispiellosen Wachstums (angetrieben durch die Hinzufügung des neuen Flugzeugs) erlebte Horizon einen schweren Pilotenmangel, der die Fluggesellschaft zwang, Hunderte von Flügen abzusagen und die Auslieferung neuer Flugzeuge zu verzögern. Der Pilotenmangel war Teil eines umfassenderen Problems, das alle regionalen Fluggesellschaften betraf, Horizon jedoch besonders hart traf. Nachdem sich die Luftfahrtindustrie 2013 nach einem jahrzehntelangen Abschwung zu erholen begann, begannen die Hauptfluggesellschaften, Piloten einzustellen, hauptsächlich von regionalen Fluggesellschaften, die niedrige Löhne und begrenzte Aufstiegschancen bieten. Erfahrene Piloten regionaler Fluggesellschaften wechselten zu höher bezahlten Hauptlinien. Horizon reagierte mit drastisch erhöhten Gehältern für Flugbesatzungen und arbeitete mit Alaska, seiner Schwesterfluggesellschaft, zusammen, um mehr Aufstiegschancen zu schaffen. Infolgedessen gibt es einen Zustrom neuer, junger Piloten mit weniger Erfahrung.Als Reaktion auf die Krise verlagerte Alaska einige seiner Flüge von Horizon zu seinem anderen regionalen Partner SkyWest Airlines. Es war ein Schritt, den der CEO von Horizon als „entmutigend“ bezeichnete.“ Aufgrund der Verschiebung hat SkyWest zusätzliche Embraer 175-Flugzeuge bestellt, die für Alaska fliegen werden.Zum Ende des unruhigen Jahres gab Dave Campbell, CEO von Horizon, bekannt, dass er mit Wirkung zum 5. Januar 2018 aus persönlichen Gründen zurücktreten werde. Gary Beck wurde im Januar 2018 CEO. Im November 2019 kehrte der ehemalige Rentner des Unternehmens Joe Sprague als Präsident zu Horizon Air zurück.
Ab Oktober 2020 hat die Fluggesellschaft ihren Hauptsitz im Seattle–Vorort SeaTac, Washington, unweit des Seattle-Tacoma International Airport, und die primäre Wartungsbasis der Fluggesellschaft befindet sich am Portland International Airport. Horizon betrachtet auch die Flughäfen Seattle–Tacoma und Portland als Drehkreuze.