Der Alchemist erzählt die Geschichte eines jungen Hirten namens Santiago, der einen Schatz jenseits seiner kühnsten Träume finden kann. Auf dem Weg lernt er, auf sein Herz zu hören und erkennt, was noch wichtiger ist, dass seine Träume oder seine persönliche Legende nicht nur seine sind, sondern Teil der Seele des Universums.

Santiago ist ein bescheidener Hirte, dessen Wünsche wenig sind – er möchte frei sein, um mit seinen Schafen zu wandern, etwas Wein in seinem Weinschlauch und ein Buch in seiner Tasche zu haben. Das Schicksal greift jedoch in Form des wiederkehrenden Traums von einem großen Schatz ein, der Tausende von Kilometern entfernt am Fuße der ägyptischen Pyramiden versteckt ist. Als Santiago Melchisedek trifft, einen seltsamen weisen Mann, der behauptet, er sei ein König aus einem fernen Land, beschließt er, seinen Schatz zu suchen. Am nächsten Tag verkauft Santiago seine Schafe und begibt sich nach Afrika, um seinen Traum zu verwirklichen.

Bei seiner Ankunft in Afrika zeigt sich jedoch, dass es nicht so einfach sein wird, wie er dachte. Am ersten Tag, an dem Santiago in Tanger ist, wird er ausgeraubt und völlig allein gelassen, ohne ein einziges Wort Arabisch sprechen zu können. Zuerst denkt Santiago darüber nach aufzugeben und sich umzudrehen. Er erinnert sich jedoch an die Worte des weisen Mannes und beschließt, weiterzumachen – einen Job in einem örtlichen Kristallladen zu bekommen. Nachdem Santiago ein Jahr lang im Kristallladen gearbeitet und viel über das Leben und seine persönliche Legende gelernt hat, verdient er genug Geld, um eine neue Schafherde zu kaufen und nach Hause zurückzukehren. In letzter Minute beschließt Santiago jedoch, alles zu riskieren und sich einer Karawane nach Ägypten anzuschließen.

In der Karawane trifft Santiago auf einen Engländer, der den ganzen Weg nach Afrika gekommen ist, um einen renommierten Alchemisten zu suchen. Während sie durch die Wüste reisen, erzählt der Engländer Santiago von den Geheimnissen der Alchemie. Santiago findet, dass die Ideen des Engländers denen Melchisedeks sehr ähnlich sind. Beide sprechen von einer Seele der Welt, mit der wir alle verbunden sind, und von der Notwendigkeit, den wahren Wünschen unseres Herzens oder unserer persönlichen Legende zu folgen. Santiago zieht es jedoch vor, diese Geheimnisse durch Beobachtung der Welt zu lernen, während der Engländer es vorzieht, aus komplexen Büchern zu lernen. Während sie reisen, hören sie Gerüchte über einen bevorstehenden Stammeskrieg.Als sie schließlich in der Oase Al-Fayoum ankommen – der Heimat des Titelalchemisten – trifft Santiago ein schönes Mädchen namens Fatima, in das er sich sofort verliebt. Er entdeckt, dass Liebe, wie die persönliche Legende, direkt aus der Seele der Welt kommt. Während er in der Wüste spazieren geht, hat Santiago eine Vision von einer bevorstehenden Schlacht. Er eilt zurück, um die Ältesten in der Oase zu warnen, und als sich seine Vision bestätigt, bieten sie ihm eine Stelle als Berater an. Santiago erwägt, mit Fatima in der Oase zu bleiben, aber der Alchemist findet Santiago und sagt ihm, dass er Santiago zu seinem Schatz führen wird.

Der Alchemist ist wieder in Bewegung und lehrt Santiago, auf sein Herz zu hören. Herzen können tückisch sein, aber der beste Weg, sie davon abzuhalten, dich zu täuschen, ist, ihnen aufmerksam zuzuhören. Fast bis zu den Pyramiden werden Santiago und der Alchemist von einem kriegführenden Stamm gefangen genommen. Der Alchemist erzählt den Stammesangehörigen, dass Santiago ein mächtiger Magier ist, der sich in den Wind verwandeln kann. Die Stammesangehörigen sind beeindruckt und werden das Leben der Männer verschonen, wenn Santiago es kann. Das einzige Problem ist, dass Santiago keine Ahnung hat, was er tut. Nach drei Tagen Meditation nutzt Santiago sein Wissen über die Seele der Welt, um die Elemente um Hilfe zu bitten. Zuerst fragt er die Wüste, dann fragt er den Wind, dann fragt er die Sonne und schließlich fragt er die Seele der Welt. Sofort peitscht der Wind auf, und Santiago verschwindet und erscheint wieder auf der anderen Seite des Lagers.

Der Alchemist verabschiedet sich von Santiago, der weiter zu den Pyramiden geht. Dort angekommen wird Santiago von Räubern angegriffen. Auf die Frage, was er dort mache, antwortet Santiago, dass er von einem Schatz geträumt habe, der am Fuße der Pyramiden vergraben sei. Einer der Räuber lacht ihn aus und sagt, dass er genau den gleichen Traum gehabt hat, außer dass in seinem der Schatz in Spanien begraben wurde. Santiago erkennt, dass der Schatz die ganze Zeit in Spanien war. Die Geschichte springt dann in der Zeit vorwärts und findet Santiago, der ein Loch an der Basis des Baumes gräbt, wo er seinen ersten Traum gehabt hatte. Sicher genug, er findet einen Koffer voller Gold – genug für ihn und Fatima, um lange glücklich zu leben.