Die Kleine Eiszeit mag die Population der Großen Auk reduziert haben, indem sie mehr ihrer Brutinseln der Räuberei durch Eisbären aussetzte, aber die massive Ausbeutung für ihre Existenz reduzierte die Population drastisch. Mitte des 16.Jahrhunderts wurden die Nistkolonien entlang der europäischen Seite des Atlantiks fast alle von Menschen beseitigt, die diesen Vogel wegen seiner Daunen töteten, aus denen Kissen hergestellt wurden. 1553 erhielt die Auk ihren ersten offiziellen Schutz, und 1794 verbot Großbritannien die Tötung dieser Art wegen ihrer Federn. In St. Johns, Personen, die gegen ein Gesetz von 1775 verstoßen, das die Jagd auf den Großen Auk wegen seiner Federn oder Eier verbietet, wurden öffentlich ausgepeitscht, obwohl die Jagd als Fischköder weiterhin erlaubt war.Auf der nordamerikanischen Seite wurde Eiderdaune anfangs bevorzugt, aber als die Eider in den 1770er Jahren fast vom Aussterben bedroht waren, wechselten die Daunensammler zur Auk, während die Jagd nach Nahrung, Fischködern und Öl abnahm.Mit seiner zunehmenden Seltenheit wurden Exemplare des Großen Auk und seiner Eier von reichen Europäern Sammlerstücke und hoch geschätzt, und der Verlust einer großen Anzahl seiner Eier zur Sammlung trug zum Untergang der Art bei. Eggers, Personen, die die Nistplätze der Großen Auk besuchten, um ihre Eier zu sammeln, stellten schnell fest, dass die Vögel nicht alle ihre Eier am selben Tag legten, so dass sie die gleiche Brutkolonie wieder besuchen konnten. Eggers sammelten nur Eier ohne Embryonen, die in ihnen wuchsen, und verwarfen die Eier typischerweise mit Embryonen.
Im Juli 1844 wurde auf der Insel Stac an Armin in St. Kilda, Schottland, der letzte Große Auk gefangen und getötet, der auf den britischen Inseln gesichtet wurde. Drei Männer aus St. Kilda fingen ein einzelnes „Garefowl“ und bemerkten seine kleinen Flügel und den großen weißen Fleck auf seinem Kopf. Sie fesselten es und hielten es drei Tage lang am Leben, bis ein großer Sturm aufkam. Im Glauben, dass der Auk eine Hexe und die Ursache des Sturms war, töteten sie ihn dann, indem sie ihn mit einem Stock schlugen. Es ist der einzige britische Vogel, der in historischen Zeiten ausgestorben ist.
Die letzte Kolonie der Great Auks lebte auf Geirfuglasker (dem „Great Auk Rock“) vor Island. Diese Insel war ein Vulkangestein, das von Klippen umgeben war, die sie für Menschen unzugänglich machten, aber 1830 tauchte die Insel nach einem Vulkanausbruch unter und die Vögel zogen auf die nahe gelegene Insel Eldey, die von einer einzigen Seite aus zugänglich war. Als die Kolonie 1835 entdeckt wurde, waren fast fünfzig Vögel anwesend. Museen, die die Häute der Auk zur Erhaltung und zur Schau stellen wollten, begannen schnell, Vögel aus der Kolonie zu sammeln. Das letzte Paar, das ein Ei brütete, wurde dort am 3. Juli 1844 auf Anfrage eines Händlers getötet, der Exemplare wollte, wobei Jón Brandsson und Sigurður Ísleifsson die Erwachsenen erwürgten und Ketill Ketilsson das Ei mit seinem Stiefel zerschmetterte.
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