Der Chondrozyt in der Knorpelmatrix hat eine abgerundete oder polygonale Struktur. Die Ausnahme tritt an Gewebegrenzen auf, beispielsweise an den Gelenkflächen von Gelenken, in denen Chondrozyten abgeflacht oder diskusförmig sein können. Intrazelluläre Merkmale sind charakteristisch für eine synthetisch aktive Zelle. Die Zelldichte des menschlichen, adulten Femurkondylus-Knorpels in voller Dicke wird im Alter von 20 bis 30 Jahren bei 14,5 (± 3,0) × 103 Zellen / mm2 gehalten. Obwohl die Chondrozytenseneszenz mit zunehmendem Alter auftritt, werden bei normalem adultem Gelenkknorpel keine mitotischen Zahlen beobachtet. Die Struktur, Dichte und synthetische Aktivität eines erwachsenen Chondrozyten sind je nach Position unterschiedlich. Abgeflachte Zellen sind parallel zur Oberfläche ausgerichtet, zusammen mit den Kollagenfasern, in der Oberflächenzone, der Region mit der höchsten Zelldichte. In der mittleren Zone sind Chondrozyten größer und runder und zeigen eine zufällige Verteilung, in der auch die Kollagenfasern zufälliger angeordnet sind. In den tieferen Zonen bilden Chondrozyten zusammen mit den Kollagenfasern Säulen, die senkrecht zur Knorpeloberfläche ausgerichtet sind. Abhängig von ihrer Position innerhalb der verschiedenen Schichten können Chondrozyten ein unterschiedliches Verhalten aufweisen. In primären Chondrozytenkulturen können diese zonalen Unterschiede in den synthetischen Eigenschaften bestehen bleiben. Die primären Zilien sind für die räumliche Orientierung von Zellen in der sich entwickelnden Wachstumsplatte von Bedeutung und sind sensorische Organellen in Chondrozyten. Primäre Zilien arbeiten als Zentren für Wingless Type (Wnt) und Hedgehog Signaling und enthalten mechanosensitive Rezeptoren.