sedan 1990-talet har dramatiska förändringar skett i klassificeringen av svampar. Förbättrad förståelse för förhållanden mellan svampar som traditionellt placeras i phyla Chytridiomycota och Zygomycota har resulterat i upplösning av föråldrade taxoner och generering av nya taxoner. Chytridiomycota behålls men i begränsad mening. En av Chytridiomycotas traditionella order, Blastocladiales, har höjts till phylum status som Blastocladiomycota. På samma sätt har gruppen anaeroba rumenchytrider, tidigare känd som order Neocallimastigales, erkänts som en distinkt fylum, Neocallimastigomycota. Phylum Zygomycota accepteras inte i den fylogenetiska klassificeringen av svampar på grund av återstående tvivel om relationer mellan de grupper som traditionellt har placerats i denna fylum. Konsekvenserna av detta beslut är erkännandet av phylum Glomeromycota och av fyra subphyla incertae sedis (Latin för ”av osäker position”): Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina och Entomophthoromycotina.

de sanna svamparna, som utgör den monofyletiska kladen som kallas kingdom svampar, innefattar sju phyla: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Ascomycota, och Basidiomycota (de två senare kombineras i subkingdom dikarya). Gruppen av förfädernas svampar tros representeras av dagens Chytridiomycota, även om Microsporidia kan vara en lika gammal systergrupp. De första stora stegen i utvecklingen av högre svampar var förlusten av chytrid flagellum och utvecklingen av förgrening, aseptat svampfilament, som inträffade när marksvampar divergerade från vattenformar för 600 miljoner till 800 miljoner år sedan. Septatfilament utvecklades när Glomeromycota divergerade från en kombinerad klad av pre-basidiomycota och pre-ascomycota svampar för cirka 500 miljoner år sedan. Hyfer med det karakteristiska utseendet på modern Basidiomycota kan ses i några av de tidigaste kända exemplen på växtfossiler. Därför divergerade Ascomycota och Basidiomycota förmodligen som så kallade systergrupper, som placeras tillsammans i subkingdom Dikarya för cirka 300 miljoner år sedan. De lätt igenkännliga svampsvamparna diversifierade förmodligen 130 miljoner till 200 miljoner år sedan, strax efter att blommande växter blev en viktig del av floran och långt före dinosauriernas ålder. En relativt ny evolutionär strålning, kanske 60 miljoner till 80 miljoner år sedan, av anaerob Chytridiomycota inträffade som gräs och betande däggdjur blev rikligare; chytridsvamparna fungerar som symbionter i vommen hos sådana djur, vilket gör det möjligt för betande däggdjur att smälta gräs.

David Moore