Alchimistul spune povestea unui tânăr păstor pe nume Santiago care este capabil să găsească o comoară dincolo de cele mai sălbatice vise ale sale. Pe parcurs, el învață să-și asculte inima și, mai important, își dă seama că visele sale sau legenda sa personală nu sunt doar ale sale, ci o parte a sufletului Universului. Santiago este un păstor umil ale cărui dorințe sunt puține–vrea să fie liber să hoinărească cu oile sale, să aibă niște vin în burduf și o carte în geantă. Soarta intervine, totuși, sub forma visului recurent al unei mari comori ascunse la mii de kilometri distanță la baza piramidelor egiptene. Când Santiago îl întâlnește pe Melchizedek, un înțelept ciudat care pretinde că este un rege dintr-o țară îndepărtată, el decide să-și caute comoara. A doua zi, Santiago își vinde oile și se îmbarcă în Africa pentru a-și urmări visul.

la sosirea în Africa, totuși, devine evident că lucrurile nu vor fi atât de ușoare pe cât credea el. În prima zi, Santiago este în Tanger, este jefuit și lăsat complet singur, incapabil să vorbească un singur cuvânt în arabă. La început, Santiago se gândește să renunțe și să se întoarcă. El își amintește cuvintele înțeleptului, totuși, și decide să continue–obținerea unui loc de muncă la un magazin local de cristal. După ce a lucrat la magazinul de cristal timp de un an, învățând multe despre viață și despre legenda sa personală, Santiago câștigă destui bani pentru a cumpăra o nouă turmă de oi și a se întoarce acasă. În ultimul moment, însă, Santiago decide să riște totul și să se alăture unei rulote în Egipt. Odată ajuns în caravană, Santiago întâlnește un englez care a venit până în Africa pentru a căuta un renumit alchimist. În timp ce călătoresc prin deșert, englezul îi spune lui Santiago despre secretele alchimiei. Santiago consideră că ideile englezului sunt foarte asemănătoare cu cele ale lui Melchizedek. ambele vorbesc despre un suflet al lumii la care suntem cu toții conectați și despre necesitatea de a urma adevăratele dorințe ale inimii noastre sau legenda noastră personală. Santiago, totuși, preferă să învețe aceste secrete observând lumea, în timp ce englezul preferă să învețe din cărți complexe. În timp ce călătoresc, încep să audă zvonuri despre un război tribal care vine.

când ajung în sfârșit la oaza Al-Fayoum–casa alchimistului titular–Santiago întâlnește o fată frumoasă pe nume Fatima de care se îndrăgostește imediat. El descoperă că dragostea, ca și legenda personală, vine direct din sufletul lumii. În timp ce merge în deșert, Santiago are o viziune a unei bătălii viitoare. El se grăbește să-i avertizeze pe bătrânii de la oază și, când viziunea lui este confirmată, îi oferă o poziție de consilier. Santiago se gândește să rămână la oază cu Fatima, dar Alchimistul îl găsește pe Santiago și îi spune că îl va conduce pe Santiago la comoara sa.

încă o dată în mișcare, Alchimistul îl învață pe Santiago să-și asculte inima. Inimile pot fi trădătoare, dar cel mai bun mod de a le împiedica să vă păcălească este să le ascultați cu atenție. Aproape de piramide, Santiago și Alchimistul sunt luați prizonieri de un trib războinic. Alchimistul le spune triburilor că Santiago este un magician puternic care se poate transforma în vânt. Membrii tribului sunt impresionați și vor cruța viețile oamenilor dacă Santiago o poate face. Singura problemă este că Santiago habar nu are ce face. După trei zile de meditație, Santiago își folosește cunoștințele despre sufletul lumii pentru a cere elementelor să-l ajute. Mai întâi întreabă deșertul, apoi întreabă vântul, apoi întreabă soarele și, în cele din urmă, întreabă sufletul lumii. Imediat, vântul bate, iar Santiago dispare și reapare de cealaltă parte a taberei.

Alchimistul pleacă din Santiago, care continuă spre Piramide. Odată ajuns acolo, Santiago este atacat de hoți. Întrebat ce face acolo, Santiago răspunde că a visat o comoară îngropată la baza piramidelor. Unul dintre tâlhari râde de el și spune că a avut exact același vis, cu excepția faptului că în el comoara a fost îngropată în Spania. Santiago își dă seama că comoara a fost din nou în Spania tot timpul.

povestea sare apoi înainte în timp și îl găsește pe Santiago săpând o gaură la baza copacului unde a avut primul său vis. Destul de sigur, el găsește un portbagaj plin de aur–suficient pentru el și Fatima pentru a trăi fericit mult timp.