desde a década de 1990, mudanças dramáticas ocorreram na classificação de fungos. Uma melhor compreensão das relações dos fungos tradicionalmente colocados nos filos Chytridiomycota e Zygomycota resultou na dissolução dos táxons ultrapassados e na geração de novos táxons. O Chytridiomycota é mantido, mas num sentido restrito. Uma das ordens tradicionais de Chytridiomycota, os Blastocladiales, foi elevada ao estatuto de filo como Blastocladiomycota. Similarmente, o grupo de anaeróbios rumen chytrids, anteriormente conhecido como ordem Neocallimastigales, tem sido reconhecido como um filo distinto, o Neocallimastigomycota. O filo Zygomycota não é aceito na classificação filogenética dos fungos por causa das dúvidas remanescentes sobre as relações entre os grupos que têm sido tradicionalmente colocados neste filo. As consequências desta decisão são o reconhecimento do filo Glomeromycota e de quatro subfyla incertae sedis (latim para “de posição incerta”): Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina, e Entomophthoromycotina.
O verdadeiro fungos, que formam o clado monofilético chamado reino dos Fungos, é composto por sete filos: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Ascomycota e Basidiomycota (os dois últimos sendo combinado na subkingdom Dikarya). Pensa-se que o grupo de fungos ancestrais seja representado pela Chytridiomycota actual, embora a Microsporidia possa ser um grupo irmão igualmente antigo. Os primeiros grandes passos na evolução dos fungos mais elevados foram a perda do filo de chytrid e o desenvolvimento de filamentos de fungos aseptados ramificados, que ocorreram quando os fungos terrestres divergiram dos moldes de água 600 milhões para 800 milhões de anos atrás. Os filamentos septados evoluíram à medida que o Glomeromycota divergia de um clado combinado de fungos pré-basidiomycota e pré-ascomycota há cerca de 500 milhões de anos. Hifas com a aparência característica dos Basidiomycota modernos podem ser vistas em alguns dos mais antigos espécimes conhecidos de fósseis de plantas. Portanto, Ascomycota e Basidiomycota provavelmente divergiram como os chamados grupos irmãos, que são colocados juntos no sub-reino Dikarya, cerca de 300 milhões de anos atrás. Os fungos de cogumelos facilmente reconhecíveis provavelmente diversificaram 130 milhões a 200 milhões de anos atrás, logo após as plantas com flor se tornarem uma parte importante da flora e bem antes da era dos dinossauros. Uma radiação evolutiva relativamente recente, talvez 60 milhões a 80 milhões de anos atrás, de Chytridiomycota anaeróbica ocorreu à medida que as gramíneas e mamíferos herbívoros se tornaram mais abundantes; os fungos chytrid servem como simbiontes dentro do rúmen desses animais, permitindo assim que os mamíferos herbívoros digerem gramíneas.David Moore