od lat 90.XX wieku zaszły dramatyczne zmiany w klasyfikacji grzybów . Lepsze zrozumienie związków grzybów tradycyjnie umieszczanych w phyla Chytridiomycota i Zygomycota doprowadziło do rozpadu przestarzałych taksonów i powstania nowych taksonów. Chytridiomycota jest zachowana, ale w ograniczonym sensie. Jeden z tradycyjnych rzędów Chytridiomycota, Blastocladiales, został podniesiony do statusu kladu jako Blastocladiomycota. Podobnie, Grupa beztlenowych chytrydów żwaczowatych, wcześniej znana jako rząd Neocallimastigales, została uznana za odrębny Klad, neocallimastigomycota. Phylum Zygomycota nie jest akceptowana w filogenetycznej klasyfikacji grzybów z powodu pozostających wątpliwości co do relacji między grupami, które tradycyjnie były umieszczane w tym typie. Konsekwencją tej decyzji jest uznanie filum Glomeromycota i czterech subphyla Incertae sedis (łac. „o niepewnej pozycji”).: Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina i Entomophthoromycotina.

do prawdziwych grzybów, które tworzą klad monofiletyczny zwany grzybami królestwa, należy siedem rodzajów: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, „Ascomycota” i „Basidiomycota” (dwie ostatnie połączone w podrodzinę „dikarya”). Uważa się, że grupa przodków grzybów jest reprezentowana przez dzisiejszą Chytridiomycota, chociaż Microsporidia może być równie starożytną grupą siostrzaną. Pierwszym ważnym krokiem w ewolucji grzybów wyższych była utrata wici chytrydzkiej i rozwój rozgałęzień, aseptycznych włókien grzybowych, które wystąpiły jako grzyby lądowe odbiegające od form wodnych 600 milionów do 800 milionów lat temu. Septate filaments ewoluował, gdy Glomeromycota oddzieliła się od połączonego kladu grzybów Pre-basidiomycota i pre-ascomycota około 500 milionów lat temu. Hyphae o charakterystycznym wyglądzie współczesnego Basidiomycota można zobaczyć u jednych z najwcześniejszych znanych okazów skamieniałości roślin. Dlatego Ascomycota i Basidiomycota prawdopodobnie oddzieliły się od tak zwanych grup siostrzanych, które są umieszczone razem w subkultury Dikarya, około 300 milionów lat temu. Łatwo rozpoznawalne grzyby prawdopodobnie rozrosły się 130 milionów do 200 milionów lat temu, wkrótce po tym, jak rośliny kwitnące stały się ważną częścią flory i na długo przed erą dinozaurów. Stosunkowo niedawne promieniowanie ewolucyjne, prawdopodobnie 60 milionów do 80 milionów lat temu, beztlenowych Chytridiomycota wystąpiło jako trawy, a wypasające się Ssaki stały się bardziej obfite; grzyby chytrid służą jako symbionty w żwaczu takich zwierząt, umożliwiając tym samym wypasanym ssakom trawę.

David Moore