Website designEdit

In oktober 2009 werd een nieuwe PubMed-interface gelanceerd die het gebruik van dergelijke snelle, Google-achtige zoekformules aanmoedigde; ze zijn ook beschreven als “telegram” – zoekopdrachten. Standaard worden de resultaten gesorteerd op meest recente, maar dit kan worden gewijzigd in Best Match, Publicatiedatum, eerste auteur, Laatste auteur, tijdschrift of titel.

Het ontwerp en domein van de PubMed-website werd bijgewerkt in januari 2020 en werd standaard op 15 mei 2020, met de bijgewerkte en nieuwe functies. Er was een kritische reactie van veel onderzoekers die vaak gebruik maken van de site.

PubMed voor handhelds / mobilesEdit

PubMed / MEDLINE is toegankelijk via handheld-apparaten, bijvoorbeeld met behulp van de” PICO ” – optie (voor gerichte klinische vragen) die door het NLM is gecreëerd. Een “PubMed Mobile” – optie, die toegang biedt tot een mobielvriendelijke, vereenvoudigde PubMed-versie, is ook beschikbaar.

SearchEdit

standaard searchEdit

eenvoudige zoekopdrachten op PubMed kunnen worden uitgevoerd door belangrijke aspecten van een onderwerp in het zoekvenster van PubMed in te voeren.

PubMed vertaalt deze eerste zoekformulering en voegt automatisch veldnamen, relevante MeSH (medische Onderwerptitels) termen, Synoniemen, Booleaanse operators, en ‘nesten’ de resulterende termen op passende wijze toe, waardoor de zoekformulering aanzienlijk wordt verbeterd, met name door routinematig tekstwoorden en MeSH termen te combineren (met behulp van de OR operator).

De voorbeelden in een PubMed-tutorial laten zien hoe dit automatische proces werkt:

Oorzaken slaapwandelen wordt vertaald als (“oorsprong” OF “oorsprong” OF “oorzaken” OF “causaliteit” OF “causaliteit”) EN (“somnambulism” OF “somnambulism” OF (“sleep” EN “wandelen”) OF “slaapwandelen”)

Ook

zacht Aanval Aspirine Preventie wordt vertaald als (“myocardinfarct” OF (“myocardinfarct” EN “myocardinfarct”) OF “myocardinfarct” OF”hart” EN “attack”) OF “hartaanval”) EN (“aspirine” OF “aspirine”) EN (“preventie en controle” OF (“preventie” EN “control”) OF “preventie en controle ” of “preventie”)

uitgebreide zoekopdracht

voor optimale zoekopdrachten in PubMed is het noodzakelijk om de kerncomponent, MEDLINE, te begrijpen en vooral de mesh (Medical Subject Headings) gecontroleerde woordenschat die wordt gebruikt om MEDLINE-artikelen te indexeren. Ze kunnen ook complexe zoekstrategieën vereisen, het gebruik van veldnamen (tags), correct gebruik van limieten en andere functies; referentiebibliothecarissen en zoekspecialisten bieden zoekdiensten aan.

het zoeken in het zoekvenster van PubMed wordt alleen aanbevolen voor het zoeken naar eenduidige onderwerpen of nieuwe interventies die nog geen MeSH-kop hebben gemaakt, evenals voor het zoeken naar commerciële merken van geneesmiddelen en eigennamen. Het is ook nuttig wanneer er geen geschikte rubriek is of de descriptor een gedeeltelijk aspect vertegenwoordigt. De zoekopdracht met behulp van de thesaurus MeSH is nauwkeuriger en zal minder irrelevante resultaten geven. Daarnaast bespaart het het nadeel van de vrije tekst zoeken waarbij de spelling, enkelvoud / meervoud of verkorte verschillen in aanmerking moeten worden genomen. Aan de andere kant zullen artikelen die recenter in de databank zijn opgenomen en waaraan nog geen descriptoren zijn toegewezen, niet worden gevonden. Om een uitputtend zoeken te garanderen, moet daarom een combinatie van gecontroleerde taalrubrieken en vrije teksttermen worden gebruikt.

Parametersedit

wanneer een tijdschriftartikel wordt geïndexeerd, worden talrijke artikelparameters geëxtraheerd en opgeslagen als gestructureerde informatie. Dergelijke parameters zijn: Artikel Type (MeSH termen, bijvoorbeeld, “klinische proef”), secundaire identifiers, (MeSH termen), Taal, land van het tijdschrift of publicatie geschiedenis (e-publicatie datum, gedrukte tijdschrift Publicatiedatum).

Publicatietype: klinische queries / systematische reviewsEdit

Publicatietype parameter maakt zoeken naar het type publicatie mogelijk, met inbegrip van rapporten van verschillende soorten klinisch onderzoek.

secundair IDEdit

sinds juli 2005 haalt het Medline-proces voor het indexeren van artikelen identifiers uit de article abstract en plaatst deze in een veld genaamd secundaire Identifier (SI). Het secundaire identificatorgebied moet toetredingsaantallen aan diverse gegevensbestanden van moleculaire opeenvolgingsgegevens, genuitdrukking of chemische samenstellingen en klinische proef-IDs opslaan. Voor klinische studies extraheert PubMed trial ID ‘ s voor de twee grootste onderzoeksregisters: ClinicalTrials.gov (NCT identifier) en het International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (IRCTN identifier).

zie ook edit

een verwijzing die bijzonder relevant wordt geacht, kan worden gemarkeerd en “verwante artikelen” kunnen worden geïdentificeerd. Indien relevant, kunnen verschillende studies worden geselecteerd en gerelateerde artikelen voor alle van hen kunnen worden gegenereerd (op PubMed of een van de andere NCBI Entrez databases) met behulp van de optie ‘zoek gerelateerde gegevens’. De gerelateerde artikelen worden dan opgesomd in volgorde van”verwantschap”. Om deze lijsten van gerelateerde artikelen te maken, PubMed vergelijkt woorden uit de titel en de samenvatting van elke citaat, evenals de MeSH koppen toegewezen, met behulp van een krachtige woord gewogen algoritme. De functie ‘verwante artikelen’ is zo nauwkeurig beoordeeld dat de auteurs van een paper suggereerden dat het kan worden gebruikt in plaats van een volledige zoekopdracht.

Mapping to MeSHEdit

PubMed linkt automatisch naar MeSH-termen en subrubrieken. Voorbeelden zijn: “slechte adem” verwijst naar (en omvat in de zoekopdracht) “halitosis”, “hartaanval” naar “myocardinfarct”, “borstkanker”naar ” borstneoplasmata”. Waar van toepassing, Deze MeSH termen worden automatisch “uitgebreid”, dat wil zeggen, omvatten meer specifieke termen. Termen als” verpleging “worden automatisch gekoppeld aan” verpleging “of “verpleging”. Deze functie wordt Auto Term Mapping genoemd en wordt standaard uitgevoerd in vrije tekst zoeken, maar niet in exacte zin zoeken (dat wil zeggen het omsluiten van de zoekopdracht met dubbele aanhalingstekens). Deze functie maakt PubMed zoekopdrachten gevoeliger en vermijdt vals-negatieve (gemiste) hits door de diversiteit van medische terminologie te compenseren.

PubMed past de term niet automatisch in kaart te brengen in de volgende omstandigheden: door de geciteerde zin te schrijven (bijvoorbeeld “nierallograft”), wanneer afgekapt op het sterretje (bijvoorbeeld nierallograft*), en bij het kijken met veldetiketten (bijvoorbeeld kanker).

mijn NCBIEdit

De optionele faciliteit van PubMed “mijn NCBI” (met gratis registratie) biedt hulpmiddelen voor

• zoekopdrachten opslaan
• zoekresultaten filteren
• automatische updates per e-mail instellen
• referentiesets opslaan die zijn opgehaald als onderdeel van een PubMed-zoekopdracht
• beeldformaten configureren of zoektermen markeren

en een breed scala aan andere opties. Het” Mijn NCBI “gebied is toegankelijk vanaf elke computer met web-access.An eerdere versie van” My NCBI “heette”PubMed Cubby”.

LinkOutEdit

LinkOut, een NLM-faciliteit voor het koppelen (en beschikbaar maken van full-text) van lokale journal holdings. Ongeveer 3.200 sites (voornamelijk academische instellingen) nemen deel aan deze NLM-faciliteit (vanaf maart 2010), van Aalborg University in Denemarken tot Zymogenetics in Seattle. De gebruikers van deze instellingen zien het logo van hun instelling in het gepubliceerde zoekresultaat (indien het tijdschrift bij die instelling wordt bewaard) en hebben toegang tot de volledige tekst. Link out wordt geconsolideerd met Outside Tool vanaf de grote platform update komt in de zomer van 2019.

PubMed CommonsEdit

in 2016 staat PubMed auteurs van artikelen toe commentaar te geven op artikelen die door PubMed zijn geïndexeerd. Deze functie werd in eerste instantie getest in een pilot-modus (sinds 2013) en werd permanent gemaakt in 2016. In februari 2018 werd PubMed Commons stopgezet vanwege het feit dat “het gebruik minimaal is gebleven”.

askMEDLINEEdit

askMEDLINE, een vrije tekst, natuurlijke taal query tool voor MEDLINE / PubMed, ontwikkeld door het NLM, ook geschikt voor handhelds.

PubMed identifierEdit

een PMID (PubMed identifier of PubMed unique identifier) is een unieke integer waarde, beginnend bij 1, toegewezen aan elke PubMed record. Een PMID is niet hetzelfde als een Pmcid (PubMed Central identifier) die de identifier is voor alle werken gepubliceerd in de gratis toegankelijke PubMed Central.

De toewijzing van een PMID of PMCID aan een publicatie vertelt de lezer niets over het type of de kwaliteit van de inhoud. PMIDs worden toegewezen aan brieven aan de editor, redactionele meningen, opinies, en elk ander stuk dat de editor kiest om op te nemen in het tijdschrift, evenals peer-reviewed papers. Het bestaan van het identificatienummer is ook geen bewijs dat de papieren niet zijn ingetrokken voor fraude, incompetentie of wangedrag. De aankondiging over eventuele correcties op originele papers kan worden toegewezen aan een PMID.