Op 21 mei 1607, een week nadat de kolonisten Jamestown begonnen te bezetten, nam Newport vijf kolonisten (waaronder Smith) en 18 matrozen mee op een expeditie om de rivieren te verkennen die in de Chesapeake uitmonden en een weg naar de Grote Oceaan te zoeken. Toen ze terugkeerden, ontdekten ze dat de kolonie een verrassingsaanval had doorstaan en dat ze erin geslaagd waren de aanvallers alleen met kanonvuur van de schepen weg te jagen. Toen Newport echter op 22 Juni met de Susan Constant en de Godspeed naar Engeland vertrok—waardoor de kleinere ontdekking achterbleef voor de kolonisten—bracht hij een positief rapport mee van de Raad in Jamestown aan de Virginia Company. De leiders van de kolonie schreven, en geloofden waarschijnlijk, dat de kolonie in goede conditie was en op weg naar succes.

Het verslag bleek te optimistisch. De kolonisten hadden niet het werk uitgevoerd in de lente die nodig was voor de lange termijn, zoals het opbouwen van de voedselvoorraden en het graven van een zoetwaterput. De eerste massale slachtoffers van de kolonie vonden plaats in Augustus 1607, toen een combinatie van slecht water uit de rivier, ziektes dragende muggen en beperkte voedselrantsoenen een golf van dysenterie, ernstige koorts en andere ernstige gezondheidsproblemen veroorzaakten. Talrijke kolonisten stierven, en soms slechts vijf gezonde kolonisten werden achtergelaten om de doden te begraven. In de nasleep, drie leden van de Raad—John Smith, John Martin, en John Ratcliffe—gehandeld om Edward-Maria Wingfield uit zijn presidentschap op September 10. Ratcliffe nam Wingfield ‘ s plaats in. Het was blijkbaar een wettige overdracht van de macht, toegestaan door de regels van het bedrijf dat de Raad in staat stelde om de president te verwijderen voor een goede reden.kort nadat Newport begin januari 1608 terugkeerde met nieuwe kolonisten en voorraden, begon een van de nieuwe kolonisten per ongeluk een brand die alle woonvertrekken van de kolonie plat legde. Het vuur maakte de kolonie nog afhankelijker van de Indianen voor voedsel. In overeenstemming met de doelstellingen van de Virginia Company, waren veel van de inspanningen van de kolonie in 1608 gewijd aan het zoeken naar goud. Newport had twee experts in goudraffinage meegenomen (om te bepalen of ertsmonsters echt goud bevatten), evenals twee goudsmeden. Met de steun van de meeste leiders van de kolonie begonnen de kolonisten Een lange inspanning om rond de rivieroevers van het gebied te graven. Raadslid John Smith maakte bezwaar, omdat hij geloofde dat de zoektocht naar goud een afleiding was van het noodzakelijke praktische werk. “Er was geen talke, geen hoop, geen worke, maar goud graven, goud verfijnen, goud Laden,” herinnerde een kolonist zich.tijdens de tweede zomer van de kolonie gaf president Ratcliffe opdracht tot de bouw van een Capitool. Deze structuur symboliseerde het wanbeleid van de kolonie in de hoofden van sommige kolonisten. Met groeiende ontevredenheid over zijn leiderschap, Ratcliffe verliet het kantoor; of hij ontslag nam of werd omvergeworpen is onduidelijk. John Smith nam zijn plaats in op 10 September 1608. Om discipline op te leggen aan malingerende kolonisten, kondigde Smith een nieuwe regel aan: “Hij die niet zal worke zal niet eate (behalve door sicknesse hij worden uitgeschakeld).”Toch bleef de kolonie voor een groot deel van haar voedselvoorziening afhankelijk van de handel met de Indianen. Tijdens Smiths regering stierven geen kolonisten van de honger, en de kolonie overleefde de winter met minimale verliezen. Eind September 1608 bracht een schip een nieuwe groep kolonisten, waaronder Jamestown ‘ s eerste vrouwen: Meesteres Forrest en haar dienstmeid, Anne Burras.

in Londen kreeg het bedrijf op 23 mei 1609 een nieuw royal charter, dat de kolonie een nieuwe vorm van beheer gaf, waardoor de president en de Raad werden vervangen door een gouverneur. Het bedrijf besloot dat Sir Thomas Gates die positie zou behouden voor het eerste jaar van de nieuwe charter. Hij zeilde naar Virginia in Juni met een vloot van negen schepen en honderden nieuwe kolonisten. De vloot werd echter gevangen in een orkaan onderweg, en Gates ‘ schip werd gesloopt bij Bermuda. Andere schepen van de vloot arriveerden in Virginia in Augustus, en de nieuwkomers eisten dat Smith zou aftreden. Smith verzette zich, en uiteindelijk werd overeengekomen dat hij in functie zou blijven tot het verstrijken van zijn termijn de volgende maand. Zijn presidentschap eindigde echter vroeg. Terwijl hij nog steeds het bevel voerde, raakte Smith ernstig gewond toen zijn buskruit in brand vloog door mysterieuze oorzaken. Hij zeilde begin September terug naar Engeland. Een edelman genaamd George Percy, de achtste zoon van een graaf, nam zijn plaats in als leider van de kolonie.