De Alchemist vertelt het verhaal van een jonge herder genaamd Santiago die in staat is om een schat te vinden die zijn wildste dromen te boven gaat. Onderweg leert hij naar zijn hart te luisteren en, nog belangrijker, realiseert hij zich dat zijn dromen, of zijn persoonlijke legende, niet alleen van hem zijn, maar deel uitmaken van de ziel van het universum. Santiago is een nederige herder wiens verlangens weinig zijn-hij wil vrij zijn om rond te zwerven met zijn schapen, om wat wijn in zijn wijnvel en een boek in zijn tas te hebben. Het lot grijpt echter in in de vorm van de terugkerende droom van een grote schat die duizenden kilometers verderop aan de voet van de Egyptische piramides is verborgen. Wanneer Santiago Melchizedek ontmoet, een vreemde wijze man die beweert dat hij een koning is uit een ver land, besluit hij zijn schat te zoeken. De volgende dag verkoopt Santiago zijn schapen en vertrekt naar Afrika om zijn droom na te streven.

bij aankomst in Afrika wordt het echter duidelijk dat het niet zo gemakkelijk zal zijn als hij dacht. Op de eerste dag dat Santiago in Tanger is, wordt hij beroofd en helemaal alleen gelaten, niet in staat om een enkel woord Arabisch te spreken. In eerste instantie overweegt Santiago om op te geven en om te draaien. Hij herinnert zich de woorden van de wijze man, hoewel, en besluit om door te gaan–het krijgen van een baan bij een lokale crystal winkel. Na een jaar in de crystal shop te hebben gewerkt en veel te hebben geleerd over het leven en over zijn persoonlijke legende, verdient Santiago genoeg geld om een nieuwe kudde schapen te kopen en naar huis terug te keren. Op het laatste moment besluit Santiago om alles op het spel te zetten en zich aan te sluiten bij een karavaan naar Egypte. eenmaal in de karavaan ontmoet Santiago een Engelsman die helemaal naar Afrika is gekomen om een gerenommeerde alchemist te zoeken. Terwijl ze door de woestijn reizen, vertelt de Engelsman Santiago over de geheimen van de alchemie. Santiago vindt de ideeën van de Engelsman zeer vergelijkbaar met die van Melchizedek. ze spreken beiden van een ziel van de wereld waarmee we allemaal verbonden zijn en van de noodzaak om de ware verlangens van ons hart of onze persoonlijke legende te volgen. Santiago leert deze geheimen echter liever door de wereld te observeren, terwijl de Engelsman liever leert uit complexe boeken. Terwijl ze reizen, beginnen ze geruchten te horen van een komende tribale oorlog.wanneer ze eindelijk aankomen bij de al-Fayoum oase–het huis van de titulaire Alchemist–ontmoet Santiago een mooi meisje genaamd Fatima op wie hij onmiddellijk verliefd wordt. Hij ontdekt dat liefde, net als de persoonlijke legende, rechtstreeks uit de ziel van de wereld komt. Tijdens het wandelen in de woestijn, Santiago heeft een visie van een komende strijd. Hij snelt Terug om de ouderen te waarschuwen bij de oase en, wanneer zijn visie is bevestigd, bieden ze hem een positie als raadgever. Santiago overweegt om bij Fatima in de oase te blijven, maar de Alchemist vindt Santiago en vertelt hem dat hij Santiago naar zijn schat zal leiden.

opnieuw in beweging leert de Alchemist Santiago naar zijn hart te luisteren. Harten kunnen verraderlijk zijn, maar de beste manier om te voorkomen dat ze je voor de gek houden is om aandachtig naar hen te luisteren. Bijna bij de piramides worden Santiago en de Alchemist gevangen genomen door een strijdende stam. De Alchemist vertelt de stamleden dat Santiago een machtige tovenaar is die zichzelf in de wind kan veranderen. De stamleden zijn onder de indruk en zullen het leven van de mannen sparen als Santiago het kan. Het enige probleem is dat Santiago geen idee heeft wat hij doet. Na drie dagen mediteren gebruikt Santiago zijn kennis van de ziel van de wereld om de elementen te vragen hem te helpen. Eerst vraagt hij de woestijn, dan vraagt hij de wind, dan vraagt hij de zon en tenslotte vraagt hij de ziel van de wereld. Onmiddellijk, de wind zweept op, en Santiago verdwijnt en verschijnt weer aan de andere kant van het kamp. de Alchemist neemt afscheid van Santiago, die verder gaat naar de piramides. Daar wordt Santiago aangevallen door rovers. Op de vraag wat hij daar doet, antwoordt Santiago dat hij een droom had van een schat begraven aan de voet van de piramides. Een van de overvallers lacht hem uit en zegt dat hij precies dezelfde droom heeft gehad, behalve dat in zijn schat in Spanje is begraven. Santiago beseft dat de schat de hele tijd in Spanje was.

Het verhaal springt dan vooruit in de tijd en vindt Santiago graven een gat aan de voet van de boom waar hij zijn eerste droom had gehad. Zeker, Hij vindt een koffer vol goud-genoeg voor hem en Fatima om lang gelukkig te leven.