De chondrocyt in kraakbeenmatrix heeft een afgeronde of veelhoekige structuur. De uitzondering treedt op bij weefselgrenzen, bijvoorbeeld de gewrichtsoppervlakken van gewrichten, waarin chondrocyten kunnen worden afgevlakt of discoïde. Intracellulaire kenmerken zijn kenmerkend voor een synthetisch actieve cel. De celdichtheid van menselijk, volwassen, femoraal condylkraakbeen met volledige dikte wordt gehandhaafd op 14,5 (±3,0) × 103 cellen/ mm2 vanaf de leeftijd van 20 tot 30 jaar. Hoewel chondrocyte senescentie optreedt bij veroudering, worden mitotische cijfers niet gezien in normaal volwassen gewrichtskraakbeen. De structuur, dichtheid en synthetische activiteit van een volwassen chondrocyt zijn verschillend naargelang de positie. Afgeplatte cellen worden parallel aan het oppervlak, samen met de collageenvezels, in de oppervlakkige zone, het gebied met de hoogste celdichtheid georiënteerd. In de middenzone, zijn chondrocyten groter en meer afgerond en tonen een willekeurige verdeling, waarin de collageenvezels ook meer willekeurig worden gerangschikt. In de diepere zones vormen chondrocyten kolommen die loodrecht op het kraakbeenoppervlak zijn gericht, samen met de collageenvezels. Verschillende gedragingen kunnen door chondrocyten afhankelijk van hun positie binnen de verschillende lagen worden tentoongesteld. In primaire chondrocytenculturen kunnen deze zonale verschillen in synthetische eigenschappen blijven bestaan. De primaire trilharen zijn significant voor ruimtelijke oriëntatie van cellen in het ontwikkelen van de groeiplaat en zijn sensorische organellen in chondrocyten. Primaire cilia werken als centra voor vleugelloze type (Wnt) en egel signalering en bevatten mechanosensitieve receptoren.