siden 1990-tallet har det skjedd dramatiske endringer i klassifiseringen av sopp. Forbedret forståelse av relasjoner av sopp tradisjonelt plassert i phyla Chytridiomycota og Zygomycota har resultert i oppløsning av utdaterte taxoner og generering av nye taxoner. Chytridiomycota er beholdt, men i begrenset forstand. En Av Chytridiomycotas tradisjonelle ordrer, Blastocladiales, har blitt oppdratt til phylum status Som Blastocladiomycota. På samme måte har gruppen av anaerobe rumenchytrider, tidligere kjent Som order Neocallimastigales, blitt anerkjent Som En distinkt rekke, Neocallimastigomycota. Phylum Zygomycota er ikke akseptert i fylogenetisk klassifisering av sopp på grunn av gjenværende tvil om forholdet mellom gruppene som tradisjonelt har blitt plassert i denne rekke. Konsekvensene av denne beslutningen er anerkjennelsen Av Rekke Glomeromycota og av fire subphyla incertae sedis (Latin for «usikker posisjon»): Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina og Entomophthoromycotina.

Associates

de sanne sopp, som utgjør monofyletisk klade kalt kingdom Sopp, omfatter syv phyla: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, ascomycota, og basidiomycota (de to sistnevnte blir kombinert i subkingdom dikarya). Gruppen av forfedre sopp antas å være representert av dagens Chytridiomycota, selv Om Microsporidia kan være en like gammel søstergruppe. De første store trinnene i utviklingen av høyere sopp var tapet av chytrid flagellum og utviklingen av forgrening, aseptate soppfilamenter, som oppstod som terrestriske sopp divergerte fra vannformer 600 millioner til 800 millioner år siden. Septatfilamenter utviklet seg da Glomeromycota divergerte fra en kombinert klade av pre-basidiomycota og pre-ascomycota sopp for omtrent 500 millioner år siden. Hyphae med det karakteristiske utseendet til moderne Basidiomycota kan ses i noen av de tidligste kjente prøvene av plantefossiler. Derfor Divergerte Ascomycota og Basidiomycota sannsynligvis som såkalte søstergrupper, som er plassert sammen I Subkingdom Dikarya, for 300 millioner år siden. De lett gjenkjennelige soppsvampene varierte sannsynligvis 130 millioner til 200 millioner år siden, kort tid etter at blomstrende planter ble en viktig del av floraen og godt før dinosaurens alder. En relativt ny evolusjonær stråling, kanskje 60 millioner til 80 millioner år siden, av anaerob Chytridiomycota skjedde som gress og beite pattedyr ble mer rikelig; chytrid sopp tjene som symbionter i vommen av slike dyr, og dermed muliggjør beite pattedyr å fordøye gress.David Moore