a mikrobiológusok általában valamilyen módon dolgoznak a tudományos ismeretek növelésére, vagy arra, hogy ezt a tudást olyan módon használják fel, amely javítja az orvostudomány vagy az ipar eredményeit. Sok mikrobiológus számára ez a munka magában foglalja a kísérleti kutatási projektek tervezését és lebonyolítását valamilyen laboratóriumi környezetben. Mások adminisztratív szerepet tölthetnek be, felügyelhetik a tudósokat és értékelhetik eredményeiket. Az orvosi területen dolgozó mikrobiológusok, például a klinikai mikrobiológusok láthatják a betegeket vagy a betegmintákat, és különböző vizsgálatokat végezhetnek a betegséget okozó organizmusok kimutatására.

az akadémián dolgozó mikrobiológusok feladatai közé tartozik a tudományos laboratóriumban végzett kutatás elvégzése, a kutatás finanszírozására vonatkozó támogatási javaslatok írása, valamint bizonyos mennyiségű tanítás és tanfolyamok tervezése. Az ipari szerepekben dolgozó mikrobiológusoknak hasonló feladataik lehetnek, kivéve, ha ipari laboratóriumokban végeznek kutatást a kereskedelmi termékek és folyamatok fejlesztése vagy javítása érdekében. Az ipari munkahelyek magukban foglalhatnak bizonyos fokú értékesítési és marketingmunkát, valamint szabályozási megfelelési kötelezettségeket is. A kormányban dolgozó mikrobiológusoknak számos feladatuk lehet, beleértve a laboratóriumi kutatást, az írást és a tanácsadást, a szabályozási folyamatok kidolgozását és felülvizsgálatát, valamint a külső intézményeknek nyújtott támogatások felügyeletét. Néhány mikrobiológus a szabadalmi jog területén dolgozik, akár nemzeti szabadalmi hivatalokkal, akár magánjogi gyakorlatokkal. Itt a feladatok közé tartozik a szellemi tulajdonra vonatkozó szabályok kutatása és navigálása. A klinikai mikrobiológusok általában kormányzati vagy kórházi laboratóriumokban dolgoznak, ahol feladataik közé tartozik a klinikai minták elemzése a betegségért felelős mikroorganizmusok kimutatására. Egyes mikrobiológusok ehelyett a tudományos ismeretterjesztés területén dolgoznak, ahol programokat és anyagokat fejlesztenek ki a hallgatók és a nem tudósok oktatására, valamint a mikrobiológia iránti érdeklődés ösztönzésére.