A Horizon Air 1981 májusában alakult Milt Kuolt, Joe Clark és Bruce McCaw vezetésével, az eredeti tervek szerint Hawaiira repültek volna, de később Washington állam szolgálatára változtatták. A légitársaság 1981.szeptember 1-jén kezdte meg működését három Fairchild F-27 repülőgéppel. Székhelye egy olyan területen volt, amely jelenleg a washingtoni Seatacon belül található.
A Horizon Air első útja Yakimából Seattle-be, egy héttel később pedig Pascóból Seattle-be vezetett. A Horizon Air általános irodáit egy régi házból működtették a Sea-Tac repülőtér mögött. A Horizon 1982.június 17-én szerezte meg az Air Oregont, Miután mindkét légitársaság havi több százezer dollárt veszített működési hiányának konszolidálása és csökkentése érdekében. A Horizon 1983 szeptemberében megállapodott a Utah-i Transwestern Airlines megvásárlásáról, hogy ismét megpróbálja csökkenteni a légitársaság működési hiányát.
egy Fokker F28 Fellowship twin jet, amelyet 1984 júliusában vásároltak meg egy afrikai fuvarozótól, volt az első jet tulajdonában Horizon Air (azonban az első jet által működtetett Horizon volt nedves bérelt Douglas DC-9-10).
1985-ben nyilvános ajánlattétel történt a működési tőke biztosítására, amely az alapítás óta csak egy nyereséges év után volt szükséges a légitársaság felszínen tartásához. Azon a nyáron, a Horizont lépett az első codeshare megállapodás a United Airlines, majd szeptember 8-án, a Horizont alá megállapodást de Havilland Canada kezdődik megvásárolta a társaság első új repülőgép, a de Havilland Canada Dash 8-100 twin turbólégcsavaros.
1985 végén a Horizon megállapodást kötött fő versenytársuk megvásárlásáról Washingtonban, a Cascade Airways-ben, de 1986 elejére felszabadultak a megállapodásból. A kettő közötti fúziós tárgyalások 1982 végén kezdődtek.
1986 januárjában a légitársaság nemzetközi fuvarozóvá vált, amikor az Alberta-i Calgary-ba indult, a Cascade Airways-szel együttműködve.
az Alaska Airlines 1986 novemberében kötött megállapodást a Horizon Air megvásárlásáról. Az előző évben Alaszka jelentős vállalati szerkezetátalakításon ment keresztül, mivel a légitársaság jelenleg az Alaska Air Group tulajdonában van, egy légitársaság holdingtársaság. A megállapodás értelmében az Alaska Air Group A Horizon Air tulajdonosa lett, miután a Közlekedési Minisztérium December végén jóváhagyta. Az Alaska Air Group továbbra is működik Horizon, mint egy külön márkás légitársaság, egy codesharing megállapodást az új testvér légitársaság, Alaszka, míg véget a codeshare United Airlines.
1988-ban a Horizon kódmegosztási megállapodást írt alá a Northwest Airlines-szal.
a nemzetközi szolgáltatást 1989 májusában kibővítették Vancouverbe és Victoria-ba a Brit Columbia-ban, mind a Dash 8-100s, mind a Fairchild Swearingen Metroliner turboproporp repülőgépekkel.
Horizon volt a dob ügyfél a Dornier 328 turbopropper, azzal a szándékkal, hogy cserélje ki a Metroliners ezzel az új repülőgép, amely megígérte sebesség és kényelem par jetliners. A rend elismeréseként Dornier a 328 második prototípusát Horizont színekben festette. Tizenkét repülőgépet szállítottak 1993 novembere és 1995 novembere között, de 1997-ben gyorsan megszüntették őket a flotta szabványosítása érdekében a Dash 8 turboprops sorozatra.
története során a Horizon vagy önálló fuvarozóként vagy az Alaska Airlines regionális leányvállalataként működött a történelem nagy részében, kivéve 2004 és 2007 között, amikor Bombardier CRJ-700 repülőgépet üzemeltetett a Frontier Airlines nevében.
2010 végén, a Horizont anyavállalata, az Alaszkai Levegő Csoport, elhatározta, hogy többé már nem működnek a Horizont, mint önálló regionális légitársaság. 2011. január 1-jétől a horizont egy kapacitásvásárlási megállapodás (CPA) üzleti modellre váltott, amely addigra a regionális légiközlekedési ágazat szabványává vált. A CPA keretében a Horizon üzemelteti és üzemelteti repülőgépeit, míg az Alaska Airlines felelős az összes járat ütemezéséért, marketingjéért és árazásáért. Az új üzleti modell megváltoztatásának részeként a Horizon Air márkát visszavonták, az összes Horizon síkot pedig egy “Alaska Horizon” társmárkával festették át.
az Alaska Airlines 2011 májusában hasonló kapacitásvásárlási megállapodást kötött a SkyWest légitársasággal. A megállapodás részeként az Alaska Air Group vezetői megállapodtak abban, hogy a Horizon öt Bombardier CRJ-700 regionális sugárhajtású repülőgépből álló flottáját eladják a Skywestnek, amely a repülőgépet hat Nyugati Parti útvonal működtetésére használta, mint “Alaska SkyWest”. A mozgás bal horizonton egy flotta álló egyetlen típusú repülőgép; a Bombardier Dash 8-Q400 turbopropot.
Horizon 2016 áprilisában bejelentette, hogy bővíti flottáját, és ismét regionális szinten működik Jets, megrendelést 30 Embraer 175 repülőgépek. A megrendelés a legnagyobb a légitársaság történetében, később 33 fúvókára bővült.
a légitársaság 2017-ben zűrzavaros időszakot tapasztalt. A példátlan növekedés közepette (amelyet az új repülőgép hozzáadása ösztönöz) a Horizon súlyos pilótahiányt tapasztalt, arra kényszerítve a légitársaságot, hogy több száz járatot töröljön, és késleltesse az új repülőgépek szállítását. A pilótahiány az összes regionális légitársaságot érintő szélesebb körű probléma része volt, de különösen keményen sújtotta a Horizont-ot. Miután a légiközlekedési ágazat egy évtizedes visszaesés után 2013-ban fellendülni kezdett, a mainline légi fuvarozók pilótákat kezdtek felvenni, főként olyan regionális fuvarozóktól, amelyek alacsony béreket kínálnak és korlátozott lehetőségeket kínálnak a fejlődésre. A tapasztaltabb regionális fuvarozó pilóták magasabb fizetésű fővonalakra költöztek. A Horizon drasztikusan megnövekedett fizetéssel reagált a hajózószemélyzetekre, és együttműködött alaszkával, a testvér légitársasággal, hogy több lehetőséget teremtsen a fejlődésre. Ennek eredményeként, van egy beáramló új, fiatal pilóták kevesebb tapasztalattal.
a válságra reagálva Alaszka néhány járatát áthelyezte a Horizon-ról a másik regionális partnerére, a SkyWest Airlines-ra. Ez volt a lépés, hogy a Horizon vezérigazgatója le, mint ” disheartening.”A váltás miatt a SkyWest további Embraer 175 repülőgépet rendelt, hogy Alaszkába repül.
a problémás év végén a Horizon vezérigazgatója, Dave Campbell bejelentette, hogy személyes okokból lemond 2018.január 5-én. Gary Beck 2018 januárjában lett vezérigazgató. 2019 novemberében Joe Sprague cég korábbi nyugdíjasja visszatért a Horizon Air-be elnökként.
2020 októberétől a légitársaság székhelye a Seattle-i SeaTac külvárosában, Washingtonban található, nem messze a Seattle-Tacoma nemzetközi repülőtértől, és a légitársaság elsődleges karbantartó bázisa a Portlandi nemzetközi repülőtéren van. A Horizon a Seattle–Tacoma és a Portland repülőtereket is a csomópontjainak tekinti.