Az alkimista egy Santiago nevű fiatal pásztor történetét meséli el, aki képes kincset találni legvadabb álmain túl. Útközben megtanulja hallgatni a szívét, és ami még fontosabb, rájön, hogy álmai vagy személyes legendája nem csak az ő, hanem az univerzum Lelkének része.

Santiago egy szerény pásztor, akinek kevés vágya van–szabadon akar barangolni a juhaival, bort a borosbőrében, könyvet a táskájában. A sors azonban beavatkozik egy nagy kincs ismétlődő álma formájában, amely több ezer mérföldre van az egyiptomi piramisok alján. Amikor Santiago találkozik Melkizedekkel, egy furcsa bölcs emberrel, aki azt állítja, hogy király egy távoli földről, úgy dönt, hogy kincsét keresi. Másnap Santiago eladja juhait és Afrikába indul, hogy megvalósítsa álmát.

Afrikába érkezéskor azonban nyilvánvalóvá válik, hogy a dolgok nem lesznek olyan könnyűek, mint gondolta. Az első nap Santiago Tangierben van, kirabolják és teljesen egyedül hagyják, egyetlen arab szót sem tudnak beszélni. Santiago először azt fontolgatja, hogy feladja és visszafordul. Emlékszik azonban a bölcs ember szavaira, és úgy dönt, hogy folytatja–munkát szerez egy helyi kristályüzletben. Miután egy évig a crystal shopban dolgozott, sokat tanult az életről és a személyes legendájáról, Santiago elég pénzt keres ahhoz, hogy új juhállományt vásároljon és hazatérjen. Az utolsó pillanatban azonban Santiago úgy dönt, hogy mindent kockára tesz, és csatlakozik egy karavánhoz Egyiptomba.

egyszer a karavánban Santiago találkozik egy angol emberrel, aki egészen Afrikába jött, hogy híres alkimistát keressen. Ahogy áthaladnak a sivatagban, az angol elmondja Santiagónak az alkímia titkait. Santiago rájön, az Angol ötletek, hogy nagyon hasonló Melkisédeki van. Mindketten beszélnek egy Lélek a Világon, amelynek mindannyian kapcsolatban, illetve a szükséges követően a szívem igazi vágyak vagy a Személyes Legenda. Santiago azonban inkább a világ megfigyelésével tanulja meg ezeket a titkokat, míg az angol inkább összetett könyvekből tanul. Miközben utaznak, elkezdenek hallani pletykákat egy közelgő törzsi háborúról.

amikor végül megérkeznek az Al-Fayoum oázisba–a címzetes alkimista otthonába–Santiago találkozik egy gyönyörű Fatima nevű lánygal, akivel azonnal beleszeret. Rájön, hogy a szeretet, mint a személyes legenda, közvetlenül a világ Lelkéből származik. Miközben a sivatagban sétál, Santiago elképzelése van egy közelgő csatáról. Visszarohan, hogy figyelmeztesse a véneket az oázisban, és amikor látomása megerősítést nyer, tanácsadói pozíciót kínálnak neki. Santiago úgy véli, hogy az oázisban marad Fatimával, de az alkimista megtalálja Santiagót, és elmondja neki, hogy elvezeti Santiagót a kincséhez.

ismét útközben Az alkimista megtanítja Santiagót, hogy hallgassa meg a szívét. A szívek árulók lehetnek, de a legjobb módja annak, hogy megakadályozzák őket, hogy becsapjanak téged, ha figyelmesen hallgatják őket. Majdnem a piramisokig, Santiagót és az alkimistát foglyul ejti egy háborúzó törzs. Az alkimista azt mondja a törzseknek, hogy Santiago egy hatalmas bűvész, aki szélré változtathatja magát. A törzseket lenyűgözi, és megkíméli az emberek életét, Ha Santiago meg tudja csinálni. Az egyetlen probléma az, hogy Santiago fogalma sincs, mit csinál. Három napos meditáció után Santiago felhasználja a világ Lelkének tudását, hogy kérje az elemeket, hogy segítsenek neki. Először megkérdezi a sivatagot, aztán megkérdezi a szélet, majd megkérdezi a napot, végül megkérdezi a világ lelkét. Azonnal felpattan a szél, Santiago eltűnik, és újra megjelenik a tábor másik oldalán.

Az alkimista elhagyja Santiagót, aki folytatja a piramisokat. Amint ott van, Santiagót rablók támadják meg. Arra a kérdésre, hogy mit csinál ott, Santiago azt válaszolja, hogy álma volt a piramisok alján eltemetett kincsről. Az egyik rabló nevet rajta, és azt mondja, hogy pontosan ugyanaz az álma volt, kivéve, hogy a kincsében Spanyolországban temették el. Santiago rájön, hogy a kincs egész idő alatt visszatért Spanyolországba.

a történet ezután időben előre ugrik, és megtalálja Santiago-t, aki egy lyukat ás a fa tövében, ahol az első álma volt. Elég biztos, hogy talál egy láda tele arany-elég neki és Fatima élni boldogan sokáig.