az 1990-es évek óta drámai változások történtek a gombák osztályozásában. A hagyományosan a phyla Chytridiomycotába és a Zygomycotába helyezett gombák kapcsolatainak jobb megértése az elavult taxonok feloldását és az új taxonok generálását eredményezte. A Chytridiomycota megmarad, de korlátozott értelemben. A Chytridiomycota egyik hagyományos rendje, a Blastocladiales, phylum státuszra emelték, mint a Blastocladiomycota. Hasonlóképpen, az anaerob bendő chytrids csoportját, amelyet korábban neocallimastigales rendnek hívtak, különálló törzsként, a Neocallimastigomycotaként ismerik el. A phylum Zygomycota nem fogadható el a gombák filogenetikai osztályozásában, mivel továbbra is kétségei vannak a hagyományosan ebbe a törzsbe helyezett csoportok közötti kapcsolatokkal kapcsolatban. E határozat következményei a phylum Glomeromycota és a négy subphyla incertae sedis (latinul: “bizonytalan helyzet”)felismerése: Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina és Entomophthoromycotina.

a valódi gombák, amelyek a Királyság gombáknak nevezett monofiletikus kládot alkotják, hét phylát tartalmaznak: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Ascomycota és Basidiomycota (utóbbi kettő a Dikarya alcsaládba tartozik). Úgy gondolják, hogy az ősi gombák csoportját a mai Chytridiomycota képviseli, bár a Microsporidia ugyanolyan ősi testvércsoport lehet. A magasabb gombák evolúciójának első jelentős lépései a chytrid flagellum elvesztése és az elágazó, aszeptátos gombaszálak kialakulása voltak, amelyek a szárazföldi gombák 600 millió-800 millió évvel ezelőtt eltértek a vízformáktól. A Septate filamentumok úgy fejlődtek ki, hogy a Glomeromycota mintegy 500 millió évvel ezelőtt a pre-basidiomycota és a pre-ascomycota gombák egyesített kládjától különbözött. A modern Basidiomycota jellegzetes megjelenésével rendelkező Hyphae a növényi fosszíliák legkorábbi ismert példányaiban látható. Ezért az Ascomycota és a Basidiomycota valószínűleg úgynevezett testvércsoportként különbözött egymástól, amelyeket körülbelül 300 millió évvel ezelőtt a subkingdom Dikarya-ban helyeztek el. A könnyen felismerhető gomba gombák valószínűleg 130-200 millió évvel ezelőtt diverzifikáltak, nem sokkal azután, hogy a virágzó növények a növényvilág fontos részévé váltak, jóval a dinoszauruszok kora előtt. Az anaerob Chytridiomycota viszonylag új evolúciós sugárzása, talán 60 millió-80 millió évvel ezelőtt, a füvek és a legeltető Emlősök gazdagabbá váltak; a chytrid gombák szimbiontaként szolgálnak az ilyen állatok bendőjében, ezáltal lehetővé téve a legelő emlősök számára a füvek emésztését.

David Moore