verkkosivujen designEdit

lokakuussa 2009 lanseerattiin uusi PubMed-käyttöliittymä, joka rohkaisi käyttämään tällaisia nopeita, Googlen kaltaisia hakuformuloita; niitä on myös luonnehdittu ”telegram” – hauiksi. Oletusarvoisesti tulokset on lajiteltu viimeisimmän mukaan, mutta tämä voidaan muuttaa parhaaseen vastaavuuteen, julkaisupäivään, ensimmäiseen tekijään, viimeiseen tekijään, lehteen tai otsikkoon.

Pubmedin Verkkosivujen suunnittelu ja verkkotunnus päivitettiin tammikuussa 2020 ja siitä tuli Oletus 15.toukokuuta 2020 päivitettyjen ja uusien ominaisuuksien myötä. Monet sivustoa usein käyttävät tutkijat suhtautuivat siihen kriittisesti.

PubMed for handhelds/mobilesEdit

PubMed / MEDLINEA voi käyttää kämmentietokoneiden kautta, käyttäen esimerkiksi NLM: n luomaa ”Pico” – vaihtoehtoa (kohdennettuihin kliinisiin kysymyksiin). Saatavilla on myös” PubMed Mobile ” – vaihtoehto, joka tarjoaa pääsyn mobiiliystävälliseen, yksinkertaistettuun PubMed-versioon.

SearchEdit

Standard searchEdit

yksinkertaiset haut Pubmedista voidaan suorittaa syöttämällä kohteen keskeiset näkökohdat Pubmedin hakuikkunaan.

PubMed kääntää tämän alkuperäisen hakumuodon ja lisää automaattisesti tuloksena olevat termit, asiaankuuluvat MeSH-termit, synonyymit, Boolen-operaattorit ja ”pesit”, parantaen hakumuotoa merkittävästi, erityisesti yhdistämällä rutiininomaisesti (käyttämällä operaattoria tai operaattoria) tekstisanoja ja MeSH-termejä.

PubMed-tutoriaalissa annetut esimerkit osoittavat, miten tämä automaattinen prosessi toimii:

aiheuttaa unissakävelyä on suomennettu (”etiologia” tai ”etiologia” tai ”aiheuttaa” tai ”syysuhde” tai ”syysuhde”) ja (”unissakävely” tai ”unissakävely” tai (”uni” ja ”kävely”) tai ”unissakävely”)

samoin,

soft attack Aspirin prevention is translated as (”myocardial infarkt” or (”myocardial” and ”infarkt”) or ”myocardial infarkt” or (”heart” and ”attack”) or ”heart attack”) and (”Aspirin” or ”Aspirin”) and (”prevention and control” or (”prevention” and ”control”) or ”prevention and control ” tai ”prevention”)

Comprehensive searchEdit

optimaalisiin hakuihin Pubmedissa on tarpeen ymmärtää sen ydinosa, MEDLINE, ja erityisesti Medline-artikkeleiden indeksointiin käytetty MeSH (Medical Subject Headings) – kontrolloitu sanasto. Ne voivat myös vaatia monimutkaisia hakustrategioita, kenttien nimien (tagien) käyttöä, rajojen ja muiden ominaisuuksien asianmukaista käyttöä; viitekirjastonhoitajat ja hakuasiantuntijat tarjoavat hakupalveluja.

Pubmedin hakuikkunan hakua suositellaan vain sellaisten yksiselitteisten aiheiden tai uusien interventioiden etsimiseen, joihin ei ole vielä luotu Verkkootsikkoa, sekä kaupallisten lääkkeiden ja erisnimien etsimiseen. Se on hyödyllinen myös silloin, kun sopivaa otsikkoa ei ole tai asiasana edustaa osittaista aspektia. Haku tesaurusverkkoa käyttäen on tarkempi ja antaa vähemmän merkityksettömiä tuloksia. Lisäksi se säästää haittapuolena vapaan tekstihaun, jossa oikeinkirjoitus, yksikkö/monikko tai lyhennetty erot on otettava huomioon. Toisaalta tietokantaan äskettäin liitettyjä artikkeleita, joihin Asiasanoja ei ole vielä liitetty, ei löydy. Tämän vuoksi täydellisen haun takaamiseksi on käytettävä valvotun kielen otsikoiden ja vapaan tekstin ilmaisujen yhdistelmää.

lehtiartikkelin parametersEdit

kun lehtiartikkeli indeksoidaan, lukuisat artikkeliparametrit poimitaan ja tallennetaan strukturoiduiksi tiedoiksi. Tällaisia muuttujia ovat artikkelityyppi (MeSH-termit, esim. ”kliininen tutkimus”), toissijaiset tunnisteet (MeSH-termit), kieli, lehden maa tai julkaisuhistoria (verkkojulkaisupäivä, painetun lehden Julkaisupäivä).

julkaisutyyppi: Clinical queries/systematic reviewsEdit

Publication type-parametri mahdollistaa haun julkaisutyypin mukaan, mukaan lukien raportit erilaisista kliinisistä tutkimuksista.

toissijainen IDEdit

heinäkuusta 2005 lähtien MEDLINE article indexing process poimii tunnisteet artikkelista abstrakti ja asettaa ne kenttään nimeltä Secondary Identifier (SI). Toissijainen tunnistekenttä on tallentaa liittymisnumerot eri tietokantoihin molekyylisekvenssitiedoista, geeniekspressiosta tai kemiallisista yhdisteistä sekä kliinisten tutkimusten tunnuksista. Kliinisiin kokeisiin PubMed ottaa trial ID: t kahdesta suurimmasta tutkimusrekisteristä: ClinicalTrials.gov (NCT identifier) ja International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (IRCTN identifier).

Katso myös edit

viittaus, jota pidetään erityisen merkityksellisenä, voidaan merkitä ja ”aiheeseen liittyvät artikkelit” voidaan tunnistaa. Tarvittaessa voidaan valita useita tutkimuksia ja luoda niihin liittyviä artikkeleita (Pubmedissa tai missä tahansa muussa NCBI Entrez-tietokannassa) käyttämällä ”Etsi liittyviä tietoja” – vaihtoehtoa. Siihen liittyvät artikkelit luetellaan sitten ”relatedness” – järjestyksessä. Näiden aiheeseen liittyvien artikkelien luetteloiden luomiseksi PubMed vertaa sanoja kunkin sitaatin otsikosta ja abstraktista tekstistä sekä annetuista MeSH-otsikoista käyttäen voimakasta sanapainotteista algoritmia. ”Related articles” – funktio on arvioitu niin tarkaksi, että erään paperin laatijat ehdottivat, että sitä voidaan käyttää täyden haun sijasta.

Mapping to MeSHEdit

PubMed linkittyy automaattisesti MeSH-termeihin ja alanimikkeisiin. Esimerkkejä olisivat: ”pahanhajuinen hengitys ”linkit (ja sisältää haussa)” pahanhajuinen hengitys”,” sydänkohtaus ”ja” sydäninfarkti”,” rintasyöpä ”ja”rintojen kasvaimet”. Tarvittaessa näitä MeSH-termejä ”laajennetaan” automaattisesti, eli niihin sisällytetään tarkempia termejä. Termit kuten ” hoitotyö ”liittyvät automaattisesti” hoitotyöhön ”tai ”hoitotyöhön”. Tätä ominaisuutta kutsutaan automaattiseksi Termikartoitukseksi, ja se on oletusarvoisesti käytössä vapaassa tekstihaussa, mutta ei eksaktissa fraasihaussa (eli hakukyselyn liittämisessä kaksoissidoksilla). Tämä ominaisuus tekee PubMed-hauista herkempiä ja välttää vääriä negatiivisia (hukattuja) osumia kompensoimalla lääketieteellisen terminologian moninaisuutta.

PubMed ei käytä automaattista termin kartoitusta seuraavissa tilanteissa: kirjoittamalla lainattu lause (esim. ”munuaissiirre”), kun se on lyhennetty tähdellä (esim. munuaissiirre*), ja kun sitä etsitään kenttämerkinnöillä (esim. syöpä).

My NCBIEdit

Pubmedin valinnainen toiminto ”My NCBI” (ilmaisella rekisteröinnillä) tarjoaa työkalut

• tallennushakujen
• suodatushakujen
• automaattisten, sähköpostitse lähetettyjen päivitysten perustamiseen
• Tallennussarjojen tallentamiseen, jotka haetaan osana PubMed-hakua
• näyttömuotojen määrittämiseen tai hakutermien korostamiseen

ja laaja valikoima muita vaihtoehtoja. ”Oma NCBI” – alue voidaan käyttää mistä tahansa tietokoneesta, jossa web-access.An aikaisempi versio ”My NCBI: stä” oli nimeltään ”PubMed Cubby”.

LinkOutEdit

LinkOut, NLM: n väline, jolla linkitetään (ja asetetaan saataville koko teksti) paikallislehden omistuksia. NLM-laitokseen osallistuu noin 3 200 toimipaikkaa (pääasiassa akateemisia laitoksia) maaliskuusta 2010 alkaen Aalborgin yliopistosta Tanskasta Seattlen Zymogenetiikkaan. Näiden laitosten käyttäjät näkevät Oman toimielimensä logon PubMed-hakutuloksessa (jos lehti on kyseisessä laitoksessa) ja pääsevät käsiksi koko tekstiin. Link out konsolidoidaan Outside Toolin kanssa kesällä 2019 tulevasta suuresta alustapäivityksestä lähtien.

PubMed CommonsEdit

vuonna 2016 PubMed sallii artikkelien tekijöiden kommentoida Pubmedin indeksoimia artikkeleita. Ominaisuutta testattiin aluksi pilottitilassa (vuodesta 2013) ja siitä tehtiin pysyvä vuonna 2016. Helmikuussa 2018 PubMed Commons lopetettiin, koska ”käyttö on pysynyt minimaalisena”.

askMEDLINEEdit

askMEDLINE on NLM: n kehittämä vapaan tekstin luonteva kyselytyökalu MEDLINE / Pubmedille, joka soveltuu myös kannettaville.

PubMed identifierEdit

PMID (PubMed identifier tai PubMed unique identifier) on jokaiselle PubMed-tietueelle annettu yksilöllinen kokonaislukuarvo, joka alkaa 1. PMID ei ole sama kuin Pmcid (PubMed Central identifier), joka on kaikkien vapaasti saatavilla olevassa PubMed Centralissa julkaistujen teosten tunniste.

pmid-tai PMCID-tunnuksen antaminen julkaisulle ei kerro lukijalle mitään sisällön tyypistä tai laadusta. Pmid: t jaetaan toimittajalle osoitettuihin kirjeisiin, toimituksellisiin mielipiteisiin, op-ed-palstoihin ja mihin tahansa muuhun artikkeliin, jonka päätoimittaja haluaa sisällyttää lehteen, sekä vertaisarvioituihin papereihin. Tunnusnumeron olemassaolo ei myöskään todista, etteikö papereita olisi vedetty takaisin petoksen, epäpätevyyden tai väärinkäytösten vuoksi. Ilmoitukselle alkuperäisiin papereihin tehdyistä korjauksista voidaan antaa pmid-tunnus.