pepsiini, mahanesteen voimakas entsyymi, joka sulattaa proteiineja, kuten lihaa, munia, siemeniä tai maitotuotteita. Pepsiini on tsymogeenin (inaktiivinen proteiini) pepsinogeenin kypsä aktiivinen muoto.
pepsiinin tunnisti ensimmäisenä saksalainen fysiologi Theodor Schwann vuonna 1836. Vuonna 1929 sen kiteytymisestä ja proteiinin luonteesta kertoi yhdysvaltalainen biokemisti John Howard Northrop Rockefeller Institute for Medical Research-instituutista. (Northrop sai myöhemmin osuuden vuoden 1946 Nobelin Kemianpalkinnosta työstään entsyymien puhdistamisessa ja kiteyttämisessä.)
mahan limakalvojen rauhaset valmistavat ja varastoivat pepsinogeeniä. Vagushermon ja gastriinin ja sekretiinin hormonieritteiden impulssit stimuloivat pepsinogeenin vapautumista vatsaan, jossa se sekoittuu suolahappoon ja muuttuu nopeasti aktiiviseksi pepsiini-entsyymiksi. Pepsiinin ruoansulatusvoima on suurin normaalin mahanesteen happamuudessa (pH 1,5–2,5). Suolistossa mahahapot neutralisoituvat (pH 7), eikä pepsiini enää tehoa.
ruoansulatuskanavassa pepsiini vaikuttaa vain proteiinien osittaiseen hajoamiseen pienemmiksi peptideiksi kutsutuiksi yksiköiksi, jotka sitten joko imeytyvät suolesta verenkiertoon tai hajoavat edelleen haimaentsyymien vaikutuksesta.
pienet määrät pepsiiniä kulkeutuvat mahasta verenkiertoon, jossa se hajottaa joitakin suurempia tai vielä osittain sulamattomia proteiininpaloja, jotka ovat saattaneet imeytyä ohutsuoleen.
pepsiinin, hapon ja muiden aineiden krooninen takaisinvirtaus mahasta ruokatorveen muodostaa perustan refluksitaudeille, erityisesti gastroesofageaaliselle refluksitaudille ja laryngopharyngaaliselle refluksitaudille (tai ekstraesofageaaliselle refluksitaudille). Jälkimmäisessä pepsiini ja happo kulkeutuvat aina kurkunpäähän saakka, jossa ne voivat vahingoittaa kurkunpään limakalvoa ja aiheuttaa oireita käheydestä ja kroonisesta yskästä laryngospasmiin (äänihuulten tahaton supistuminen) ja kurkunpään syöpään.
pepsiiniä valmistetaan kaupallisesti sikojen mahoista. Raakaa pepsiiniä käytetään nahkateollisuudessa karvan ja jäännöskudoksen poistamiseen eläinten vuodista ennen niiden parkitsemista. Yhdistettä käytetään myös hopean talteenottoon poisheitetyistä valokuvausfilmeistä sulattamalla hopeayhdistettä pitävä gelatiinikerros.