Construido entre 1941 y 1943, el Pentágono tenía la intención de consolidar las oficinas del Departamento de Guerra, que había ocupado 17 instalaciones separadas en todo Washington. Aunque el presidente Franklin D. Roosevelt inicialmente favoreció un edificio sin ventanas para protegerlo de posibles ataques aéreos, más tarde fue convencido por los ingenieros de construcción de que tal instalación sería poco práctica. Finalmente apoyó un diseño de cinco caras de George Edwin Bergstrom, aunque Gilmore Clarke, el presidente de la Comisión de Bellas Artes, cuya oficina estaba encargada de asesorar al presidente y al Congreso sobre estructuras artísticas y públicas financiadas por el gobierno federal, lo criticó como «uno de los ataques más graves y peores al plan de Washington».»El sitio seleccionado era en su mayoría un páramo pantanoso cuya única estructura era el pequeño y obsoleto Aeropuerto de Washington. Con el fin de estabilizar el área, unos 5,5 millones de yardas cúbicas (4.2 millones de metros cúbicos) de tierra fueron transportados en camiones, y 41.492 pilotes de concreto fueron colocados para apoyar los cimientos del edificio. Para proteger la vista del vecino Cementerio Nacional de Arlington, la altura del Pentágono se limitó estrictamente a 24 metros (77 pies y 3,5 pulgadas). Con la entrada del país en la Segunda Guerra Mundial en diciembre de 1941, solo tres meses después del inicio de la construcción en septiembre, la finalización del edificio se convirtió en una prioridad nacional. Más de 13.000 trabajadores trabajaron día y noche, y en solo ocho meses de la inauguración, el secretario de Guerra Henry Stimson trasladó sus oficinas a las nuevas instalaciones.

En su finalización a un costo de 8 83 millones en enero de 1943, el Pentágono era el edificio de oficinas más grande del mundo, con una superficie de 29 acres (12 hectáreas), incluida una cancha central de 5 acres (2 hectáreas), y que contenía aproximadamente 3,700,000 pies cuadrados (344,000 metros cuadrados) de espacio útil para aproximadamente 25,000 personas. Los planes para convertir el edificio en un hospital u otra instalación en tiempos de paz después de la guerra fueron abandonados con el rápido inicio de la Guerra Fría, que requirió un alto grado de preparación militar. El Pentágono sigue siendo uno de los edificios de oficinas más grandes del mundo.