El Alquimista cuenta la historia de un joven pastor llamado Santiago que es capaz de encontrar un tesoro más allá de sus sueños más salvajes. En el camino, aprende a escuchar a su corazón y, lo que es más importante, se da cuenta de que sus sueños, o su Leyenda Personal, no son solo suyos, sino parte del Alma del Universo.

Santiago es un humilde pastor cuyos deseos son pocos–quiere ser libre para vagar con sus ovejas, a poco de vino en su odre y un libro en su bolsa. El destino interviene, sin embargo, en la forma del sueño recurrente de un gran tesoro escondido a miles de kilómetros de distancia en la base de las pirámides egipcias. Cuando Santiago se encuentra con Melquisedec, un extraño hombre sabio que afirma ser un rey de una tierra lejana, decide buscar su tesoro. Al día siguiente, Santiago vende sus ovejas y se embarca en África para perseguir su sueño.

Al llegar a África, sin embargo, se hace evidente que las cosas no serán tan fáciles como pensaba. El primer día que Santiago está en Tánger, le roban y lo dejan completamente solo, sin poder hablar una sola palabra de árabe. Al principio Santiago contempla darse por vencido y dar la vuelta. Sin embargo, recuerda las palabras del sabio, y decide continuar: conseguir un trabajo en una tienda de cristal local. Después de trabajar en la tienda de cristal durante un año, aprendiendo mucho sobre la vida y sobre su Leyenda Personal, Santiago gana suficiente dinero para comprar un nuevo rebaño de ovejas y regresar a casa. En el último minuto, sin embargo, Santiago decide arriesgarlo todo y unirse a una caravana a Egipto.

Una vez en la caravana, Santiago conoce a un inglés que ha venido hasta África en busca de un alquimista de renombre. Mientras viajan por el desierto, el inglés le cuenta a Santiago los secretos de la alquimia. Santiago encuentra que las ideas del inglés son muy similares a las de Melquisedek, ambas hablan de un Alma del Mundo al que todos estamos conectados y de la necesidad de seguir los verdaderos deseos de nuestro corazón o nuestra Leyenda Personal. Santiago, sin embargo, prefiere aprender estos secretos observando el mundo, mientras que el inglés prefiere aprender de libros complejos. Mientras viajan, comienzan a escuchar rumores de una próxima guerra tribal.

Cuando finalmente llegan al oasis de Al-Fayoum, la casa del alquimista titular, Santiago conoce a una hermosa chica llamada Fátima, de la que se enamora de inmediato. Descubre que el amor, como la Leyenda Personal, viene directamente del Alma del Mundo. Mientras camina por el desierto, Santiago tiene una visión de una batalla que se avecina. Se apresura a avisar a los ancianos en el oasis y, cuando su visión se confirma, le ofrecen un puesto como consejero. Santiago considera quedarse en el oasis con Fátima, pero el alquimista encuentra a Santiago y le dice que llevará a Santiago a su tesoro.

Una vez más en movimiento, el Alquimista enseña a Santiago a escuchar su corazón. Los corazones pueden ser traicioneros, pero la mejor manera de evitar que te engañen es escucharlos atentamente. Casi a las pirámides, Santiago y el Alquimista son tomados prisioneros por una tribu en guerra. El alquimista le dice a los miembros de la tribu que Santiago es un poderoso mago que puede convertirse en el viento. Los miembros de la tribu están impresionados y perdonarán la vida de los hombres si Santiago puede hacerlo. El único problema es que Santiago no tiene idea de lo que está haciendo. Después de tres días de meditación, Santiago utiliza su conocimiento del Alma del Mundo para pedir ayuda a los elementos. Primero le pregunta al desierto, luego le pregunta al viento, luego le pregunta al sol y, finalmente, le pregunta al Alma del Mundo. Inmediatamente, el viento se levanta, y Santiago desaparece y reaparece al otro lado del campamento.

El Alquimista se despide de Santiago, que continúa hacia las Pirámides. Una vez allí, Santiago es atacado por ladrones. Cuando se le pregunta qué está haciendo allí, Santiago responde que soñó con un tesoro enterrado en la base de las Pirámides. Uno de los ladrones se ríe de él, y dice que ha tenido exactamente el mismo sueño, excepto que en su tesoro estaba enterrado en España. Santiago se da cuenta de que el tesoro estaba de vuelta en España todo el tiempo.

La historia luego salta hacia adelante en el tiempo y encuentra a Santiago cavando un agujero en la base del árbol donde había tenido su primer sueño. Por supuesto, encuentra un baúl lleno de oro, lo suficiente para que él y Fatima vivan felices por mucho tiempo.