siden 1990 ‘ erne er der sket dramatiske ændringer i klassificeringen af svampe. Forbedret forståelse af forhold mellem svampe, der traditionelt er placeret i phyla Chytridiomycota og Gygomycota, har resulteret i opløsning af forældede taksoner og generering af nye taksoner. Chytridiomycota bevares, men i begrænset forstand. En af Chytridiomycotas traditionelle ordrer, Blastocladiales, er hævet til phylum-status som Blastocladiomycota. Tilsvarende er gruppen af anaerobe rumenchytrids, tidligere kendt som orden Neocallimastigales, blevet anerkendt som en særskilt phylum, Neocallimastigomycota. Phylum Gygomycota accepteres ikke i den fylogenetiske klassificering af svampe på grund af resterende tvivl om forholdet mellem de grupper, der traditionelt er blevet placeret i denne phylum. Konsekvenserne af denne beslutning er anerkendelsen af phylum Glomeromycota og af fire subphyla incertae sedis (Latin for “af usikker position”): Entomophthoromycotina, entomophthoromycotina og entomophthoromycotina.
de sande svampe, der udgør den monofyletiske clade kaldet kingdom Fungi, omfatter syv phyla: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, ascomycotaog Basidiomycota (de to sidstnævnte kombineres i underkantdom dikarya). Gruppen af forfædres svampe menes at være repræsenteret af den nuværende Chytridiomycota, selvom Microsporidia kan være en lige så gammel søstergruppe. De første store skridt i udviklingen af højere svampe var tabet af chytrid flagellum og udviklingen af forgrening, aseptate svampefilamenter, der opstod som terrestriske svampe divergerede fra vandforme for 600 millioner til 800 millioner år siden. Septatfilamenter udviklede sig, da Glomeromycota divergerede fra en kombineret klade af pre-basidiomycota og pre-ascomycota svampe for omkring 500 millioner år siden. Hyfer med det karakteristiske udseende af moderne Basidiomycota kan ses i nogle af de tidligste kendte eksemplarer af plantefossiler. Derfor divergerede Ascomycota og Basidiomycota sandsynligvis som såkaldte søstergrupper, der er placeret sammen i underdom Dikarya for omkring 300 millioner år siden. De let genkendelige svampesvampe diversificerede sandsynligvis 130 millioner til 200 millioner år siden, kort efter at blomstrende planter blev en vigtig del af floraen og længe før dinosaurernes alder. En relativt nylig evolutionær stråling, måske 60 millioner til 80 millioner år siden, af anaerob Chytridiomycota opstod, da græs og græsende pattedyr blev mere rigelige; chytrid-svampene tjener som symbionter inden for vommen fra sådanne dyr, hvilket gør det muligt for græssende pattedyr at fordøje græs.David Moore