Nonpatogene organismer er dem, der ikke forårsager sygdom, skade eller død for en anden organisme og bruges normalt til at beskrive bakterier. Det beskriver en egenskab af en bakterie – dens evne til at forårsage sygdom. De fleste bakterier er ikke-patogene. Det kan beskrive tilstedeværelsen af ikke-sygdomsfremkaldende bakterier, der normalt befinder sig på overfladen af hvirveldyr og hvirvelløse dyr som kommensaler. Nogle ikke-patogene mikroorganismer er kommensaler på og inde i dyrenes krop og kaldes mikrobiota. Nogle af disse samme ikke-patogene mikroorganismer har potentialet til at forårsage sygdom eller være patogene, hvis de kommer ind i kroppen, formere sig og forårsage symptomer på infektion. Immunkompromitterede individer er særligt sårbare over for bakterier, der typisk er ikke-patogene, men på grund af et kompromitteret immunsystem opstår sygdom, når disse bakterier får adgang til kroppens indre. Gener er blevet identificeret, der prædisponerer sygdom og infektion med ikke-patogene bakterier af et lille antal personer. Ikke-Patogen E.coli-stammer, der normalt findes i mave-tarmkanalen, har evnen til at stimulere immunresponset hos mennesker, selvom der er behov for yderligere undersøgelser for at bestemme kliniske anvendelser.

Kommensaler vs patogener mekanisme. Mekanismer, der ligger til grund for betændelsen i KOL. Luftvejsepitel har kompleks struktur: består af mindst syv forskellige celletyper, der interagerer med hinanden ved hjælp af stramme kryds. Desuden kan epitelopkald levere signalerne ind i de underliggende væv, der deltager i mekanismerne for medfødt og adaptivt immunforsvar. De vigtigste sendere af signalerne er dendritiske celler. S. pneumoniae, P. aeruginosa) har aktiveret bestemte mønstergenkendelsesreceptorer på/i epitelceller, aktiveres de proinflammatoriske signalveje. Dette resulterer hovedsageligt i IL-1, IL-6 og IL-8 produktion. Disse cytokiner inducerer kemotaksen til infektionsstedet i dets målceller (f.eks. neutrofiler, dendritiske celler og makrofager). På den anden side forårsager repræsentanter for standardmikrobiota kun svag signalering, der forhindrer betændelsen. Mekanismen til at skelne mellem harmløse og skadelige bakterier på molekylære såvel som fysiologiske niveauer forstås ikke fuldstændigt.

en bestemt bakteriestamme kan være ikke-patogen i en art, men patogen i en anden. En bakterieart kan have mange forskellige typer eller stammer. En stamme af en bakterieart kan være ikke-patogen, og en anden stamme af den samme bakterie kan være patogen.