alkymisten fortæller historien om en ung hyrde ved navn Santiago, der er i stand til at finde en skat ud over hans vildeste drømme. Undervejs lærer han at lytte til sit hjerte og, vigtigere, indser, at hans drømme eller hans personlige legende ikke kun er hans, men en del af universets sjæl.

Santiago er en ydmyg hyrde, hvis ønsker er få–han ønsker at være fri til at strejfe med sine får, at have noget vin i sin vinskind og en bog i sin taske. Skæbnen griber imidlertid ind i form af den tilbagevendende drøm om en stor skat skjult tusinder af miles væk ved bunden af de egyptiske pyramider. Da Santiago møder Melkisedek, en mærkelig klog mand, der hævder, at han er en konge fra et fjernt land, beslutter han at søge sin skat. Den næste dag sælger Santiago sine får og begiver sig ud til Afrika for at forfølge sin drøm.

Ved ankomsten til Afrika bliver det dog tydeligt, at tingene ikke vil være så lette, som han troede. Den første dag Santiago er i Tanger, han er røvet og efterladt helt alene, ude af stand til at tale et enkelt ord arabisk. Først overvejer Santiago At give op og vende sig om. Han husker ordene fra den kloge mand, selvom, og beslutter at fortsætte–at få et job på en lokal krystal butik. Efter at have arbejdet på crystal shop i et år, lære meget om livet og om hans personlige legende, Santiago tjener penge nok til at købe en ny flok får og vende hjem. I sidste øjeblik, selvom, Santiago beslutter at risikere det hele og slutte sig til en campingvogn til Egypten. en gang i campingvognen møder Santiago en englænder, der er kommet hele vejen til Afrika for at søge en berømt alkymist. Da de rejser gennem ørkenen, fortæller englænderen Santiago om alkymiens hemmeligheder. Santiago finder englænderens ideer meget lig Melkisedeks. de taler begge om en sjæl i verden, som vi alle er forbundet med, og om nødvendigheden af at følge vores hjertes sande ønsker eller vores personlige legende. Santiago foretrækker dog at lære disse hemmeligheder ved at observere verden, mens englænderen foretrækker at lære af komplekse bøger. Mens de rejser, begynder de at høre rygter om en kommende stammekrig.

når de endelig ankommer til al-Fayoum–oasen–hjemmet til den titulære alkymist-møder Santiago en smuk pige ved navn Fatima, som han straks forelsker sig i. Han opdager, at kærlighed, som den personlige legende, kommer direkte fra verdens sjæl. Mens du går i ørkenen, Santiago har en vision om en kommende kamp. Han skynder sig tilbage for at advare de Ældste Ved oasen, og når hans vision bekræftes, tilbyder de ham en stilling som rådgiver. Santiago overvejer at bo på oasen med Fatima, men alkymisten finder Santiago og fortæller ham, at han vil føre Santiago til sin skat.

endnu en gang på farten lærer alkymisten Santiago at lytte til sit hjerte. Hjerter kan være forræderiske, men den bedste måde at forhindre dem i at narre dig er at lytte opmærksomt til dem. Næsten til pyramiderne bliver Santiago og alkymisten taget til fange af en krigende stamme. Alkymisten fortæller stammefolkene, at Santiago er en magtfuld tryllekunstner, der kan gøre sig til vinden. Stammefolkene er imponerede og vil skåne mænds liv, hvis Santiago kan gøre det. Det eneste problem er, at Santiago ikke aner, hvad han laver. Efter tre dages meditation bruger Santiago sin viden om verdens sjæl til at bede elementerne om at hjælpe ham. Først spørger han ørkenen, så spørger han vinden, så spørger han Solen og endelig spørger han verdens sjæl. Straks pisker vinden op, og Santiago forsvinder og dukker op igen på den anden side af lejren. alkymisten tager afsked med Santiago, som fortsætter til pyramiderne. En gang der bliver Santiago angrebet af røvere. På spørgsmålet om, hvad han laver der, svarer Santiago, at han havde en drøm om en skat begravet ved bunden af pyramiderne. En af røverne griner ad ham, og siger, at han har haft nøjagtig samme drøm, bortset fra at i hans skatten blev begravet i Spanien. Santiago indser, at skatten var tilbage i Spanien hele tiden. historien springer derefter frem i tiden og finder Santiago grave et hul ved bunden af træet, hvor han havde haft sin første drøm. Helt sikkert finder han en kuffert fuld af guld–nok til, at han og Fatima kan leve lykkeligt i lang tid.