Horizon Air byla založena v Květnu roku 1981 Milt Kuolt, Joe Clark a Bruce McCaw, s počáteční plány létat na Havaj, ale později změnil, aby sloužil státu Washington. Letecká společnost zahájila provoz 1. září 1981 se třemi letadly Fairchild F-27. Její sídlo bylo v oblasti, která je nyní v SeaTacu, Washington.
první trasa Horizon Air byla z Yakimy do Seattlu a o týden později Pasco do Seattlu. Generální kanceláře Horizon Air byly provozovány ze starého domu za letištěm Sea-Tac. Horizon získal Air Oregon 17. června 1982 poté, co obě letecké společnosti ztrácely stovky tisíc dolarů měsíčně, aby konsolidovaly a snížily svůj provozní deficit. Horizon se dohodl na koupi Transwestern Airlines of Utah v září 1983, aby se opět pokusil snížit provozní deficit letecké společnosti.
jeden Fokker F28 Společenstva twin jet, zakoupené v červenci 1984 z Afrického dopravce, byl první letadlo ve vlastnictví Horizon Air (nicméně, první letadlo provozované Horizont byla pronajatá Douglas DC-9-10).
v roce 1985 došlo k počáteční veřejné nabídce na zajištění provozního kapitálu, který byl po jediném ziskovém roce od založení potřebný k udržení letecké společnosti nad vodou. To léto, Horizont vstoupil do své první codeshare dohody s United Airlines, a na 8. září, Horizont podepsal dohodu s de Havilland Canada pro zahájení nákupu společnosti první zbrusu nové letadlo de Havilland Canada Dash 8-100 dvojče turbovrtulová.
koncem roku 1985 uzavřela společnost Horizon dohodu o koupi svého hlavního konkurenta ve Washingtonu, společnosti Cascade Airways, ale počátkem roku 1986 byla z dohody propuštěna. Rozhovory o fúzi mezi nimi začaly koncem roku 1982.
v lednu 1986 se letecká společnost stala mezinárodním dopravcem, když zahájila službu do Calgary v Albertě ve spolupráci s Cascade Airways.
Alaska Airlines uzavřely dohodu o koupi Horizon Air v listopadu 1986. Rok předtím, Aljaška prošla významnou firemní restrukturalizací s leteckou společností, která je nyní vlastněna Alaska Air Group, holdingová společnost letecké společnosti. Podle dohody se Alaska Air Group stala vlastníkem Horizon Air po schválení Ministerstvem dopravy koncem prosince. Alaska Air Group nadále působit Horizont jako samostatně značkové letecké společnosti, s codesharové dohody s její novou sestru letecká společnost, Aljaška, zatímco konec jeho codeshare s United Airlines.
v roce 1988 podepsala společnost Horizon smlouvu o sdílení kódu se společností Northwest Airlines.
Mezinárodní služba byla rozšířena v Květnu 1989 s lety do Vancouveru a Victorii v Britské Kolumbii, pomocí obou Dash 8-100s a Fairchild Swearingen Metroliner turbovrtulová letadla.
Horizont byl zákazník startu pro Dornier 328 turbovrtulové, které mají v úmyslu nahradit Metroliners s tento nový letoun, který slíbil, že rychlost a pohodlí na stejné úrovni s jetliners. Jako uznání řádu namaloval Dornier svůj druhý prototyp 328 v barvách Horizon. Mezi listopadem 1993 a listopadem 1995 bylo dodáno dvanáct letadel, ale v roce 1997 byla rychle vyřazena ve prospěch standardizace flotily na řadu turbovrtulových motorů Dash 8.
v Celé jeho historii, Horizont má buď provozovány jako samostatný dopravce, nebo jako regionální pobočka společnosti Alaska Airlines, které pro většinu z jeho historie, s výjimkou let 2004 a 2007, kdy působila Bombardier CRJ-700 letadel jménem Frontier Airlines.
Na konci roku 2010, Horizont mateřské společnosti, Alaska Air Group, rozhodnutí již fungují Horizont jako samostatný regionální letecké společnosti. Počínaje 1. lednem 2011 se Horizon přesunul na obchodní model smlouvy o nákupu kapacit (CPA), který se do té doby stal standardem regionálního leteckého průmyslu. V rámci CPA, Horizon provozuje a udržuje svá letadla, zatímco Alaska Airlines odpovídá za plánování, marketing a oceňování všech letů. V rámci změny nového obchodního modelu, značka Horizon Air byla vyřazena a všechna letadla Horizon byla překreslena společným označením“ Alaska Horizon“.
Alaska Airlines uzavřely podobnou smlouvu o nákupu kapacity se SkyWest Airlines v květnu 2011. V rámci dohody se manažeři Alaska Air Group dohodli na prodeji flotily pěti regionálních proudových letadel Bombardier CRJ-700 společnosti Skywest, která používala letadlo k provozování šesti tras západního pobřeží jako „Aljaška SkyWest“. Pohyb vlevo Horizon s flotilou sestávající z jediného typu letadla; Bombardier Dash 8-Q400 turbovrtulový.
Horizon oznámil v dubnu 2016, že by se rozšířit svůj vozový park a ještě jednou pracovat regionálních letadel, objednávky na 30 Embraer 175 letadel. Objednávka je největší v historii letecké společnosti a později byla rozšířena na 33 letadel.
letecká společnost zažila v roce 2017 období nepokojů. Uprostřed bezprecedentní růst (pobídnutý přidání nových letadel), Horizont zažil těžkou pilot nedostatek, nutí letecké společnosti zrušit stovky letů a zpoždění dodávek nových letadel. Nedostatek pilotů byl součástí širšího problému, který postihl všechny regionální letecké společnosti, ale zasáhl Horizon obzvláště tvrdě. Po leteckém průmyslu, začala v roce 2013 po desetiletí dlouhém poklesu, hlavní letečtí dopravci, kteří začali najímat piloty, převážně z regionálních dopravců, které nabízejí nízké mzdy a omezené možnosti pro rozvoj. Zkušenější piloti regionálních dopravců se přesunuli na vyšší placené hlavní linky. Horizon reagoval drasticky zvýšeným platem za letové posádky a spolupracoval s Aljaškou, její sesterská letecká společnost, vytvořit více příležitostí k postupu. Výsledkem je příliv nových, mladých pilotů s menšími zkušenostmi.
Aljaška v reakci na krizi přesunula část svých letů z horizontu na svého dalšího regionálního partnera, SkyWest Airlines. Byl to krok, který generální ředitel Horizon popsal jako “ skličující.“Vzhledem k posunu, SkyWest objednal další Embraer 175 letadla, která bude létat na Aljašku.
na konci neklidného roku generální ředitel Horizon Dave Campbell oznámil, že odstoupí s účinností od 5.ledna 2018 z osobních důvodů. Gary Beck se stal generálním ředitelem v lednu 2018. V listopadu 2019 se bývalý důchodce společnosti Joe Sprague vrátil do Horizon Air jako prezident.
v říjnu roku 2020, letecká společnost se sídlem v Seattle předměstí SeaTac, Washington, nedaleko od Seattle–Tacoma Mezinárodní Letiště a letecké společnosti základní údržbu základna je na Portland Mezinárodní Letiště. Horizon také považuje letiště Seattle-Tacoma a Portland za své uzly.