începând cu anii 1990, au avut loc schimbări dramatice în clasificarea ciupercilor. Îmbunătățirea înțelegerii relațiilor de ciuperci plasate în mod tradițional în phyla Chytridiomycota și Zygomycota a dus la dizolvarea taxonilor învechiți și la generarea de noi taxoni. Chytridiomycota este reținută, dar într-un sens restrâns. Unul dintre ordinele tradiționale ale Chytridiomycota, Blastocladiales, a fost ridicat la statutul de filum ca Blastocladiomycota. În mod similar, grupul de chytride rumene anaerobe, cunoscut anterior sub numele de ordinul Neocallimastigales, a fost recunoscut ca un filum distinct, Neocallimastigomycota. Filumul Zygomycota nu este acceptat în clasificarea filogenetică a ciupercilor din cauza îndoielilor rămase cu privire la relațiile dintre grupurile care au fost plasate în mod tradițional în acest filum. Consecințele acestei decizii sunt recunoașterea filului Glomeromycota și a patru subphyla incertae sedis (Latină pentru „poziție incertă”): Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina și Entomophthoromycotina.
ciupercile adevărate, care alcătuiesc clada monofiletică numită ciuperci ale Regatului, cuprind șapte filuri: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Ascomycota și Basidiomycota (ultimele două fiind combinate în subregatul dikarya). Se crede că grupul de ciuperci ancestrale este reprezentat de Chytridiomycota actuală, deși Microsporidia poate fi un grup suror la fel de vechi. Primii pași majori în evoluția ciupercilor superioare au fost pierderea flagelului chytrid și dezvoltarea filamentelor fungice ramificate, aseptate, care au avut loc pe măsură ce ciupercile terestre s-au abătut de la mucegaiurile de apă acum 600 de milioane până la 800 de milioane de ani. Filamentele Septate au evoluat pe măsură ce Glomeromycota s-a abătut de la o cladă combinată de ciuperci pre-basidiomycota și pre-ascomycota în urmă cu aproximativ 500 de milioane de ani. Hifele cu aspectul caracteristic al Basidiomycota moderne pot fi văzute în unele dintre cele mai vechi exemplare cunoscute de fosile de plante. Prin urmare, Ascomycota și Basidiomycota s-au divergent probabil ca așa-numitele grupuri surori, care sunt plasate împreună în Subregatul Dikarya, acum aproximativ 300 de milioane de ani. Ciupercile de ciuperci ușor de recunoscut s-au diversificat probabil cu 130 de milioane până la 200 de milioane de ani în urmă, la scurt timp după ce plantele cu flori au devenit o parte importantă a florei și cu mult înainte de epoca dinozaurilor. O radiație evolutivă relativ recentă, probabil cu 60 de milioane până la 80 de milioane de ani în urmă, a Chytridiomycota anaerobă a apărut pe măsură ce ierburile și mamiferele care pășunau au devenit mai abundente; ciupercile chytrid servesc ca simbionți în rumenul acestor animale, permițând astfel mamiferelor care pășunează să digere ierburile.
David Moore