există, de asemenea, biserici „autonome” (păstrând o dependență canonică simbolică de un scaun mamă) în Creta, Finlanda și Japonia. Primele nouă biserici autocefale sunt conduse de” patriarhi”, celelalte de arhiepiscopi sau mitropoliți. Aceste titluri sunt strict onorifice.ordinea de prioritate în care sunt enumerate bisericile autocefale nu reflectă influența lor reală sau importanța numerică. Patriarhiile Constantinopolului, Alexandriei și Antiohiei, de exemplu, prezintă doar umbre ale gloriei lor trecute. Cu toate acestea, rămâne un consens că primatul de onoare al Constantinopolului, recunoscut de canoanele antice pentru că a fost capitala imperiului antic, ar trebui să rămână ca simbol și instrument al unității și cooperării Bisericii. Conferințele panortodoxe moderne au fost astfel convocate de Patriarhul Ecumenic al Constantinopolului. Mai multe dintre bisericile autocefale sunt de facto biserici naționale, Biserica Rusă fiind de departe cea mai mare. Cu toate acestea, nu criteriul naționalității, ci mai degrabă principiul teritorial este norma de organizare în Biserica Ortodoxă.

de la Revoluția Rusă au existat multe tulburări și conflicte administrative în cadrul Bisericii Ortodoxe. În Europa de Vest și în America, în special, au fost înființate jurisdicții suprapuse, iar pasiunile politice au dus la formarea organizațiilor ecleziastice fără un statut canonic clar. Deși a provocat controverse, înființarea Bisericii ortodoxe autocefale în America (1970) de către Patriarhul Moscovei are ca scop declarat reluarea unității teritoriale normale în emisfera vestică. În octombrie 2018, Biserica Ortodoxă Rusă și-a rupt legăturile cu Patriarhia Ecumenică a Constantinopolului după ce aceasta din urmă a aprobat independența unei biserici autocefale a Ucrainei; Bartolomeu I, Patriarhul Ecumenic, a recunoscut oficial independența Bisericii Ortodoxe a Ucrainei față de Biserica Ortodoxă Rusă în ianuarie 2019.