microbiologii lucrează în general într-un fel pentru a spori cunoștințele științifice sau pentru a utiliza aceste cunoștințe într-un mod care îmbunătățește rezultatele în medicină sau în anumite industrii. Pentru mulți microbiologi, această lucrare include planificarea și desfășurarea de proiecte de cercetare experimentală într-un fel de cadru de laborator. Alții pot avea un rol mai administrativ, supraveghind oamenii de știință și evaluând rezultatele acestora. Microbiologii care lucrează în domeniul medical, cum ar fi microbiologii clinici, pot vedea pacienți sau probe de pacienți și pot face diverse teste pentru a detecta organismele cauzatoare de boli.

pentru microbiologii care lucrează în mediul academic, sarcinile includ efectuarea de cercetări într-un laborator academic, scrierea de propuneri de granturi pentru finanțarea cercetării, precum și o anumită cantitate de cursuri de predare și proiectare. Microbiologii din industrie pot avea îndatoriri similare, cu excepția cercetării efectuate în laboratoare industriale pentru a dezvolta sau îmbunătăți produsele și procesele comerciale. Locurile de muncă din industrie pot include, de asemenea, un anumit grad de vânzări și activități de marketing, precum și taxe de conformitate cu reglementările. Microbiologii care lucrează în guvern pot avea o varietate de îndatoriri, inclusiv cercetarea de laborator, scrierea și consilierea, dezvoltarea și revizuirea proceselor de reglementare și supravegherea subvențiilor oferite instituțiilor externe. Unii microbiologi lucrează în domeniul dreptului brevetelor, fie cu oficiile naționale de brevete, fie cu practicile de Drept Privat. Aici sarcinile includ cercetarea și navigarea reglementărilor privind proprietatea intelectuală. Microbiologii clinici tind să lucreze în laboratoare guvernamentale sau spitalicești, unde sarcinile lor includ analizarea probelor clinice pentru a detecta microorganismele responsabile de boală. Unii microbiologi lucrează în schimb în domeniul științei, unde dezvoltă programe și materiale pentru educarea studenților și a non-oamenilor de știință și stimularea interesului în domeniul microbiologiei.